Basic Information

Symbol
BACE1
RNA class
mRNA
Alias
Beta-Secretase 1 Aspartyl Protease 2 Asp2 BACE Membrane-Associated Aspartic Protease 2 Beta-Site APP Cleaving Enzyme 1 Beta-Site APP-Cleaving Enzyme EC 3.4.23.46 Memapsin-2 Asp 2 Beta-Site Amyloid Beta A4 Precursor Protein-Cleaving Enzyme Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Transmembrane Aspartic Proteinase Asp2 Beta-Site APP-Cleaving Enzyme 1 APP Beta-Secretase Memapsin 2 EC 3.4.23 KIAA1149 HSPC104 ASP2
Location (GRCh38)
11:117285232-117316286
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012104.6
Sequence length
5835.0 nt
GC content
0.5009

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1994.39 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2099.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1348.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001207048.3 NCBI
AAUAGAUAGGAGAGCAAGCCUCACCAAUGGUUCCCUUCAUCUAUCUGCA… 5100 nt 0.4635
NM_001207049.3 NCBI
AAUAGAUAGGAGAGCAAGCCUCACCAAUGGUUCCCUUCAUCUAUCUGCA… 5025 nt 0.4621
NM_001411039.1 NCBI
AUUGAUUUUCUCUGAAAGCACAGCAUCUGGAGCUGGUGGCUGCCCAGAG… 5188 nt 0.4668
NM_012104.6 NCBI
ACAAGUCUUUCCGCCUCCCCAGCCCGCCCGGGAGCUGCGAGCCGCGAGC… 5835 nt 0.5009
NM_138971.4 NCBI
ACAAGUCUUUCCGCCUCCCCAGCCCGCCCGGGAGCUGCGAGCCGCGAGC… 5703 nt 0.4996
NM_138972.4 NCBI
ACAAGUCUUUCCGCCUCCCCAGCCCGCCCGGGAGCUGCGAGCCGCGAGC… 5760 nt 0.5002
NM_138973.4 NCBI
ACAAGUCUUUCCGCCUCCCCAGCCCGCCCGGGAGCUGCGAGCCGCGAGC… 5628 nt 0.4988
Summary

This gene encodes a member of the peptidase A1 family of aspartic proteases. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature protease. This transmembrane protease catalyzes the first step in the formation of amyloid beta peptide from amyloid precursor protein. Amyloid beta peptides are the main constituent of amyloid beta plaques, which accumulate in the brains of human Alzheimer's disease patients. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that penetrating ballistic-like brain injury (PBBI) induced a time-dependent dysregulation of miRNAs associated with the amyloid precursor protein (APP) processing pathway, leading to increased BACE1 mRNA (peaking at 3 days post-injury) and mature BACE1 protein levels at 3 and 7 days, concomitant with a significant loss of full-length APP protein and a subsequent elevation in Aβ-40 peptide at 7 days post-injury [Thangavelu et al. DOI:10.3389/fnins.2020.00915].