Basic Information

Symbol
SLC32A1
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 32 Member 1 VGAT Vesicular Inhibitory Amino Acid Transporter VIAAT Solute Carrier Family 32 (GABA Vesicular Transporter), Member 1 GABA And Glycine Transporter Vesicular GABA Transporter BA122O1.1 HVIAAT VIAAT GEFSP12 GEFSP12 DEE114
Location (GRCh38)
20:38724486-38729372
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_080552.3
Sequence length
2550.0 nt
GC content
0.6122

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1068.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1112.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 600.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_080552.3 NCBI
AGUGCACUAGCCACCACCGCCGCCGCCGCCGCUCCGCCAGACCUGCUGC… 2550 nt 0.6122
Summary

The protein encoded by this gene is an integral membrane protein involved in gamma-aminobutyric acid (GABA) and glycine uptake into synaptic vesicles. The encoded protein is a member of amino acid/polyamine transporter family II. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans analyzing postmortem midbrain tissue from chronic cocaine abusers and controls identified a molecular signature of differential gene expression, with transcript abundances for approximately half of these genes being diagnostic for cohort assignment with accuracies ranging from 76% to 93% [Bannon et al. DOI:10.1038/Npp.2014.70].