Basic Information

Symbol
SLC43A1
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 43 Member 1 PB39 R00504 POV1 Solute Carrier Family 43 (Amino Acid System L Transporter), Member 1 Large Neutral Amino Acids Transporter Small Subunit 3 Prostate Cancer Overexpressed Gene 1 Protein L-Type Amino Acid Transporter 3 LAT3 Prostate Cancer Overexpressed Gene 1
Location (GRCh38)
11:57484064-57515780
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003627.6
Sequence length
2514.0 nt
GC content
0.5800

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-985.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1030.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 618.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198810.2 NCBI
AUCCGCCACCGCUGCCCUUAUAAAGUCAGCAGCCGCCAGACUUCCUGCC… 2384 nt 0.5713
NM_003627.6 NCBI
ACUUCAUCCAAGCCCAGCUUCGCAGACCUCUGGCGCCCGGCGGGUUCCC… 2514 nt 0.5800
Summary

SLC43A1 belongs to the system L family of plasma membrane carrier proteins that transports large neutral amino acids (Babu et al., 2003 [PubMed 12930836]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exposure to α-particles, γ-rays, and neutrons in liver cells induced distinct gene expression profiles, with the SLC43A1 being down-regulated specifically following γ-ray exposure [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].