Basic Information

Symbol
SLC4A10
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 4 Member 10 NCBE NBCn2 Solute Carrier Family 4, Sodium Bicarbonate Transporter, Member 10 Sodium-Driven Chloride Bicarbonate Exchanger Solute Carrier Family 4, Sodium Bicarbonate Cotransporter-Like, Member 10 Solute Carrier Family 4, Sodium Bicarbonate Transporter-Like, Member 10 NBCN2
Location (GRCh38)
2:161424332-161985282
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001178015.2
Sequence length
5578.0 nt
GC content
0.3858

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1467.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1582.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1444.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001178015.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5578 nt 0.3858
NM_001178016.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5624 nt 0.3848
NM_001354440.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5539 nt 0.3851
NM_001354441.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5714 nt 0.3868
NM_001354442.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5692 nt 0.3863
NM_001354443.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5583 nt 0.3813
NM_001354444.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5575 nt 0.3857
NM_001354445.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5585 nt 0.3841
NM_001354446.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5449 nt 0.3830
NM_001354447.2 NCBI
AGAGCUACCUGAUCCGAAUACUAAGCAGAGCGAGUGCCGGGCUGAGUGU… 5758 nt 0.3831
Showing 1 to 10 of 19 entries
Summary

This gene belongs to a small family of sodium-coupled bicarbonate transporters (NCBTs) that regulate the intracellular pH of neurons, the secretion of bicarbonate ions across the choroid plexus, and the pH of the brain extracellular fluid. The protein encoded by this gene was initially identified as a sodium-driven chloride bicarbonate exchanger (NCBE) though there is now evidence that its sodium/bicarbonate cotransport activity is independent of any chloride ion countertransport under physiological conditions. This gene is now classified as a member A10 of the SLC4 family of transmembrane solute carriers. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms.[provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in humans identified the SLC4A10 as the most down-regulated differentially expressed mRNA in acute myocardial infarction (AMI) through RNA sequencing of peripheral blood samples [Wang et al. DOI:10.2147/IJGM.S329391]. Another human study using single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from elderly hip fracture patients identified the SLC4A10 as a marker for mucosal-associated invariant T (MAIT) cells [Lu et al. DOI:10.1186/s12979-023-00380-6].