Basic Information

Symbol
SLC6A4
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 6 Member 4 5-HTT SERT1 HTT Solute Carrier Family 6 (Neurotransmitter Transporter, Serotonin), Member 4 Solute Carrier Family 6 (Neurotransmitter Transporter), Member 4 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Transporter Sodium-Dependent Serotonin Transporter Serotonin Transporter 1 5HT Transporter 5HTT OCD1 SERT Na+/Cl- Dependent Serotonin Transporter Obsessive-Compulsive Disorder 1 5-HTTLPR HSERT
Location (GRCh38)
17:30194312-30238482
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001045.6
Sequence length
6335.0 nt
GC content
0.4436

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1918.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2042.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1542.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001045.6 NCBI
ACAGCCAGCGCCGCCGGGUGCCUCGAGGGCGCGAGGCCAGCCCGCCUGC… 6335 nt 0.4436
Summary

This gene encodes an integral membrane protein that transports the neurotransmitter serotonin from synaptic spaces into presynaptic neurons. The encoded protein terminates the action of serotonin and recycles it in a sodium-dependent manner. This protein is a target of psychomotor stimulants, such as amphetamines and cocaine, and is a member of the sodium:neurotransmitter symporter family. A repeat length polymorphism in the promoter of this gene has been shown to affect the rate of serotonin uptake. There have been conflicting results in the literature about the possible effect, if any, that this polymorphism may play in behavior and depression. [provided by RefSeq, May 2019]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that prenatal exposure to psychostimulants permanently impairs pancreatic beta cell insulin production and glucose homeostasis, specifically linking this effect to serotonin signaling and the SLC6A4 [Korchynska et al. DOI:10.15252/embj.2018100882]. An imaging study in human monozygotic twins found that within-pair differences in acquired obesity, particularly in women, were associated with higher brain SLC6A4 binding in the hypothalamus/thalamus [Koskela et al. DOI:10.1016/j.physbeh.2007.11.043]. Another human study found the A allele of the TPH1 A218C polymorphism was significantly more frequent in suicide attempters than in controls, with sex-specific analyses showing among males, the CC genotype and C allele were more frequent in controls [Beden et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2016.05.005].