Basic Information

Symbol
SLC8A1
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 8 Member A1 NCX1 Solute Carrier Family 8 (Sodium/Calcium Exchanger), Member 1 Solute Carrier Family 8 Member 1 Na(+)/Ca(2+)-Exchange Protein 1 Sodium/Calcium Exchanger 1 Na+/Ca++ Exchanger Na+/Ca2+ Exchanger CNC
Location (GRCh38)
2:40097270-40611053
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021097.5
Sequence length
21116.0 nt
GC content
0.3793

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5384.49 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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GAAAUUGCUCGGGCUGGUGCGUCUGGGCGUGAGGGUGCCUGCCUGCCUG… 21118 nt 0.3801
NM_001351490.2 NCBI
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NM_001351491.2 NCBI
GCCGCGGCUCCCGCUCGCGCCGGCGCUGCACGGUAGUCAGCCCGCCGCC… 21011 nt 0.3790
NM_001351492.2 NCBI
GAAAUUGCUCGGGCUGGUGCGUCUGGGCGUGAGGGUGCCUGCCUGCCUG… 21046 nt 0.3798
NM_001351493.2 NCBI
GCCGCGGCUCCCGCUCGCGCCGGCGCUGCACGGUAGUCAGCCCGCCGCC… 21089 nt 0.3791
NM_001351494.2 NCBI
GCCGCGGCUCCCGCUCGCGCCGGCGCUGCACGGUAGUCAGCCCGCCGCC… 21008 nt 0.3788
NM_001372263.2 NCBI
CUUUCUGGUAAAUUUAGAGAAGGCAUCAUACUGGGAUCUUUUUUCACAU… 21016 nt 0.3775
NM_001394103.1 NCBI
CUUUCUGGUAAAUUUAGAGAAGGCAUCAUACUGGGAUCUUUUUUCACAU… 21202 nt 0.3788
NM_001394104.1 NCBI
GAAAUUGCUCGGGCUGGUGCGUCUGGGCGUGAGGGUGCCUGCCUGCCUG… 21136 nt 0.3801
NM_001394105.1 NCBI
GCCGCGGCUCCCGCUCGCGCCGGCGCUGCACGGUAGUCAGCCCGCCGCC… 21509 nt 0.3803
Showing 11 to 20 of 23 entries
Summary

In cardiac myocytes, Ca(2+) concentrations alternate between high levels during contraction and low levels during relaxation. The increase in Ca(2+) concentration during contraction is primarily due to release of Ca(2+) from intracellular stores. However, some Ca(2+) also enters the cell through the sarcolemma (plasma membrane). During relaxation, Ca(2+) is sequestered within the intracellular stores. To prevent overloading of intracellular stores, the Ca(2+) that entered across the sarcolemma must be extruded from the cell. The Na(+)-Ca(2+) exchanger is the primary mechanism by which the Ca(2+) is extruded from the cell during relaxation. In the heart, the exchanger may play a key role in digitalis action. The exchanger is the dominant mechanism in returning the cardiac myocyte to its resting state following excitation.[supplied by OMIM, Apr 2004]

Forensic Context

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