Basic Information

Symbol
SLC8B1
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 8 Member B1 NCKX6 NCLX SLC24A6 Solute Carrier Family 24 (Sodium/Potassium/Calcium Exchanger), Member 6 Solute Carrier Family 24 (Sodium/Lithium/Calcium Exchanger), Member 6 Solute Carrier Family 8 (Sodium/Lithium/Calcium Exchanger), Member B1 Sodium/Calcium Exchanger Protein, Mitochondrial Mitochondrial Sodium/Calcium Exchanger Protein Na(+)/K(+)/Ca(2+)-Exchange Protein 6 Solute Carrier Family 24 Member 6 FLJ22233 Sodium/Potassium/Calcium Exchanger 6, Mitochondrial Sodium/Potassium/Calcium Exchanger 6
Location (GRCh38)
12:113298759-113359502
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001358345.2
Sequence length
3510.0 nt
GC content
0.5846

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1449.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1508.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1020.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330466.2 NCBI
GCACCCGGACUGGCGGCUUCGCUGGCGCAAGGUCGGUCCGGCGGCCAGG… 3342 nt 0.5838
NM_001358345.2 NCBI
GCACCCGGACUGGCGGCUUCGCUGGCGCAAGGUCGGUCCGGCGGCCAGG… 3510 nt 0.5846
NM_024959.4 NCBI
GCACCCGGACUGGCGGCUUCGCUGGCGCAAGGUCGGUCCGGCGGCCAGG… 2960 nt 0.5899
Summary

SLC24A6 belongs to a family of potassium-dependent sodium/calcium exchangers that maintain cellular calcium homeostasis through the electrogenic countertransport of 4 sodium ions for 1 calcium ion and 1 potassium ion (Cai and Lytton, 2004 [PubMed 14625281]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the SLC8B1 is a member of a brain gene co-expression module associated with voluntary alcohol consumption [Saba et al. DOI:10.1111/Gbb.12698].