Basic Information

Symbol
SLC9A3
RNA class
mRNA
Alias
Solute Carrier Family 9 Member A3 NHE-3 Sodium/Hydrogen Exchanger 3 NHE3 Solute Carrier Family 9, Subfamily A (NHE3, Cation Proton Antiporter 3), Member 3 Solute Carrier Family 9 (Sodium/Hydrogen Exchanger), Member 3 Na(+)/H(+) Exchanger 3 Solute Carrier Family 9 (Sodium/Hydrogen Exchanger), Isoform 3 Solute Carrier Family 9 Member 3 DIAR8
Location (GRCh38)
5:470456-524449
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004174.4
Sequence length
5555.0 nt
GC content
0.6133

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2396.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2488.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1198.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((.((((...((((((((((.((.((((((((((.(..((((((((.((((...((((((((((.(((((((.(((((....(((.....))).))))).(((..(((((.(((((.((((..(.(((....((((((((...))))))))))).).)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..))))).)))..).))).)))))))))((.((..((((((((((((((((.((.((((...(((......))).)))).))..((((((...(((....)))....))))))((.((((((...)))))).))(((((..(((((((..((....))....))).))))..))))))))).)))))))).))))..)).)))))))))))).))))...((((((((((((((((.(((.(((((.........)))))..................((((((((((((((...((((((((.((((((((..((((.((((...(((........)))....)))).)......(((((......((.(((..(((((((((((..((((((((..(((((((((((......((((((((((.(((((((((.((((.(..((((((((..((((((((((((........))))))))))))..(((((((((((((.((((((((((((...(((.(((..((((.((((((((.......(((((((((..((.((((((((.(((.((.(((((........))))).))((((...(((((((..(((((((..(((((((((((....(.(((((.(...((...(((((((...(((((((((((((...))))))))...(((((((((.(((((((((.((.((.(((((((.....)))))))))))))))(((((((((((((............)))))..))))).)))....))))).))))))))).....(((((((((.((.(.(((((..((((((.(((((((((.........(((.((((((((((((((....)))).))))))...)))).))).........(((((((..((((.((((.(((.((......(((((((((.(((((.((...)).).).))).)))))))))((((((((.......(((((((..((.((((....))))..))..)))))))(((...((((((((.((.((((((((((....(((((((((.(..(((.(((((((((.(....((((((((....((.(((((.((((.(((.(((...)))))))))).)))))...))....))))))))..))))))))))..)))..)))))....)))))....)))))))))).))))).)))))..)))..(((((((..((((.((.......)).))))(((((((((((((...(((((((.(((...))).))).))))....)))))....))))))))...)))))))))))))))((((......))))(((((((....))).))))..((((((......((((.....(((((((((((......))).(((..((.((.(((...))).)).))..)))(((((.....))))).......((((((((((.((((((..((......)).)))))).))..)))))))).))))))))((((((((((...((........)))))))).))))((((.(((.(((((....(((((...))))).....)))))))))))).))))....))))))..(((((........)))))...)).))).)))).)))).))).))))...((((.((((....(((((((.((.....)))).)))))....)))).))))...)))))))))))))))..)))))))))))))).))).)))))...)))))))..)).)))))).)....))))))).))))...))))))).)))))))....)))).((....)))).).)))))))))))))))))))((((....))))..(((((((.(((....))).)))..)))).......(((...((((((((......((..((...(((((((...(((.....)))(((((.(((((.....(.(((((....(((((.((((....)))).)))))....((.(((..(((((.....((((.((.....)).))))..(((((............)))))((.(((((((..(((.........)))..))))))).))(((((....(((.(((((......))))))))....)))))....(((((..........)))))..(((((((((..(((((((.((.(.(((((((.......))))))).).)).))..))))))))))))))..((((..(((((...))))).)))).))))).)))))...)))))))))))))))))))))))..))..))...)))))))).....))))))))))).))))..)))))).)))))))..((((.(((((.....))))))))).....(((.(((....))))))))))).))).))).)))))))(((((..((((((((..(.(((..(.(((((((.(((..((((((.((..(((((.......((((..(((((.((((((.(((.(((((((.((((((..(((((.(((((((.((...(((.((((((.(.((((...)))).).))))((((....)))))).))).)).))))))).))))).)))))).)))).((((.((((((((((.(((((..((....))..).))))..(((((...(((((((((((((.(((.((.(.((.((........)).)))))..)))))))))))))))).))))).((((..((.((((((((.((.((((((.(((..((...(((.....))).))..))).))))....)).)).))))))))))))))(((..(((((((.(.(((..((((((....((((((....(((....((.(((((....))..)))..)).......)))...))))))..))))))...))).)))))))).)))..))).))))))).))))((((((.....(((((..(((((((((((((..((((.(((.(((..((((......)))).((((((.((.(((((((.((((....).))))))))))..))))))))))).))).))))..))))))))))...(((((((...((((((((..((((...((((.(.........).))))..))))))))...)))).)))))))...))))))))....)))))))))))).(((((((.(((......((((((((((((((...((((((((......)))).)))))))))...).))))))))))).))))))).)))))).)))))....)))))))))..)).)))))).))).))))))).)..(((.........)))..((((......))))((.(((((..(((....)))..)))))))..........((((((...(((((((..(((((..(((.....(((.((((((((((..(((..(((....)))...)))...))))))))))...)))....)))..))))).)))))))..))))))....((((....)))).))))..)))).))))..)))))..))))))))..).))))..))))))....)))))))).)).)))((((((.(((((((.(((......(((((....((((((((((((((((((.................((((.((..((..((((...))))...))..)).)))).....(((.(((((((((((((((((.((((.(((((((((((((...(((.((((..((((..((((.((..((((...............)))).)).)))).))))..))))...)))..)))))))))))))..))))........((((.(((.......))).)))).((((((((((((.(((((((((.........)))))))))......(((((((....)))))))((((.(((((((((.............)).))).))))(((((...)))))......))))......(((((((((..((((........)))).)))))))))....))))))))))))......))))).))))...)))))))).))).))))))))))).........)).)))))....))))).)))))))))).))))))........))))))....((((((((((((((...((((((.(......(((....)))......).)))))))))))).))))))))))))).....))))))))...(((((((.....)))))))..((((....((((((..(((..(((((((.((((((((((..............(((..(((.((.((((((((((..(((((((((.((((.((((((....)))))).))))........((((((.(..(.....)..)))))))((....))))))).)))).)))))))..))).)).)))..)))((((((((((....))))))..))))......)))))))..))).)))))))..)))....))))))....))))(((((....)))))......)))))))))))..))).))........)))))......))).)))))))).))))))))...))).))))).))))))((((((((((..........((....))........))))))))))..(((((((.....))))))).(.(((((((.(((((((((.(((...)))..)))))).))).))))))).)..((.((((((.....(((((((.(.((((((..(((((....)))))....((((.(((.((((...))))..)))..))))(((((.(((.....)))..))))).............((((((((((((.(((......((((......((((...(((((((((((((...........((((((((((.((..............)))))))))))).......)))))))))))))))))......))))......))).)))))..)))))))...((((((.(((.(((.....((((((((((..(((((((((.......))))))).))..)))))).)))).....))).))).)))))).........)))))).))))).)))))))))...)).))))))))))..))))))))).(((....)))....(((((((((((((...(((.((((.....)))).)))......))).))).))))))).......((((.......))))....))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.{{,.((((...((((((((((.(({(((((((((({({.((,(((((.((((,,{(({(((((((.(((((((.(((((....((({....})),))))).(((..(((((.(((({{((((..{.({(,...((((((((...))))))))))}.,.)))))))))))))).))))))))))))))))))))))))..))))).,)),)).}}.))))))))})||{(({{(,,,((((((((((((.((.((((.,,({,....,,))}.)))).)).(((((((...(((....)))....))))))){.((((({...)))))).,.(((((..(((((((..((....))....))).))))..))))))))).)))))))).))))}}}}.}})))))))))).))))...(((((((({(((((((,((,.(((((.........)))))....,,............((((((((((((((.,{((((((((.((((((((((((.((((((.(((((........)))...{((((((.......,.,|.{((((((.(,(({,,((({((((...,,,,,,,}}}}|||{.,,.))).,.))))))},,}}}}}}|,(((({{.{(((((((((....,..((((((((((((........)))))))))))},}.((.((((((((..((((.(((((((((((((((,(((,,(,,({(((,{((,.....(((((((((..((.((((((((((((.((.(((((........))))).,}((((...(((((((..(((((((..(((((((((((...,(.(((({.{...{(,..(((((((...(((((((((((({...})))))),...(((((((((,{(((((((,,({,((,((((((({...,)))))}))}))}}||({(((((({((((............)})))},))),)}}))})..))}}).))))))))).....(((((((((.((,(.(((((..((((((.(((((((((.,.......(((.(((((((((({(((....)))}.))))))...)))).))).........((,((((..(((({(,.(({(((((,....((((((((((.(((((.((...)).).).))).)))))))))),{{{,(({{{{...(((((((..((.((((....))))..))..)))))))..,}}}|||{,|((.(({(((,,,,,(({{{.(({{,(,(((({{((({(((({,,{(,(,...,{{{||||.}}}||.||||,,||||.|,|}|||}}.,,,,,)))))}))|||{{{},....}})))))).)))))})),,)}}))).,))))){{{{|||||{...,|||||}|||.|||||..,,,,..)}}}}|||||||}}||||}||},...,.||.}|}|(((((((((((((...(((((((.(((...))).))).))))....)))))....))))))))}|||||}||.|||||},,((((......)))).}}}}}},}}}||{|||||{{((((((.,.,{(((({,,.,|||||{,,,.|{|{,...||},||||.,.....,{,..|}}}...}))}}),,(((((.....))))}.{{{{{{((((((((((.((((((..((......)).)))))).))..))))))))..,,,,..|((((((((((...,,........,,)))))).))))||||}|||,|||||,.|,{((({...))))).,...}))))}}}}))).,,||...,{|||,|..(((((.,..,..,))))).,.),)))}.})||,|||}.}})}))))...((((.((((....(((((((.((.....))))}}))))....)))).))))...)))))))))))))))..)))))))))))))).)))})))))...))))))),,)}.)))))).)....))))))).))))...))))))).)))))))....)))).,,..,,.))).),))))))))))))))))))){(((....)))),}||||||,.(((....))),|||{{||||...,,........||||||||||..|||}..,..}}},||||||,.(((.....))){{|.},.,}))}......{{{{,,,,.(((((.((((....)))).)))))...||}.||}}||||||,....{(((.((.....)).)))}},|{|||..}},,,}},,,)}}}}((.(((((({,((,,..,......}}.})))))))).}}(((({....(((.(((((......))))))))....}))))...,|||||..,,..,...}})))},,,}}})))))),.)))))))).)))))))).)),((((((((....)}))))))),......(((((((((({(((((((..,{{(.((((((((((((((((((({{....((((((((.....{((.(,{(((.((......)).))))).))}.{,..((((((((.........(((.....)))..((((.(((((.....)))))))))...)))))))).....{(((.(((((((.((....((.((((..((((((.(.((((((((((({.(((({{((.....(((({{((.{..(((...{........,.)))..}.)))))))....))))))).}.((((((..(((((.(((((((.((...(((.((((((.{.((((...)))).}.))))((((....))))}).))).)).))))))).))))).))))))..)))}})))))))))))))))))).))..))..)))).))))))}.(((((...(((((((((((({{(((.(....(({({,,.......,.)))))}.)))))))))))))))).))))),||.,..||.((((((((.((.((((((.(((..({,..(((.....))).))..))).))))....)).)).))))))))}}{((.(((((((((.((.((((((....)))}})).)).)))))))))).))).)))))))).....})}............))))))))))).{(((.......)))).)))))))........,.,(((((....))))).))).,..)))))))}..((((((((((..((((.(((.(((..((((......)))).{(((((.((.(((((((.((((....).))))))))))..)))))))}))).))).))))..))))))))))...(((((((...((((((((..((((,,,{({(,(.....,...).))),..))))))))...)))).))))))).))))))))))..((((......)))).(((((((.{{{...,{{((((((((((((((...((((((((......)))).)))))))))...).))))))))})),))))))))))))))))},|}.)))).)).)))))}.)))))))))((((((((...))))))))........((((((((.....({(,.{((((((({{{{({{({({{({((((({,,,.........||||||.,.(((((((..(((((..(((.....{{{.((((((((((..(((..(((....)))...)))...))))))))))...}}}....)))..))))).))))))),,))))}....((.(((((((((..(({..((((..,..{(((({{{......),))))).,}.))))))),..))))))))).))...||||(({{{.{{{{{{|.{|{,,.,{,(((({,,,.((({((((((((((((((..............,..((((.((..({..((({...})))...))..)).)))).....(((.(((((((((((((((((.((((.(((((((((((((...(((.((((..((((..((((.((.,((({...............)))).)).)))).))))..))))...)))..)))))))))))))..))))........({({.{{{.......))},|||}.((((((((((((.(((((((((.........))))))))}......{((((((....))))))}((((.(((((((((....,....}...)}.))),,))){{{((.,.}}})),..,,.))))......(((((((((..((((,......,)))).)))))))))....))))))))))))..,,,,))))).))))...)))))))).))).))))))))))).....,,..}}.}}}}}...}))})}.)))))))))}.)))))))),,....))})}}..,.{(((((((((((((...((((((.(......(((....)))......).))))))))))))},))))))},,|||,,,,,}}}))))}...(((((((.....))))))),||{{|....||||||,.(((..(((((((.((((((((((..,{,,,.,,....{((..(((.((.((((((((((..(((((((((.((((.((((((....)))))).))))..,,.,..((((((.(..{.....,..}))))))||,..,},))))).)))).)))))))..))).)).)))..)))((((((((((....))))))..))))......))))))}.,))).)))))))..)))....|||}}}....}|||(((((....))))).,,,}}}||,,.})}}),.,,......,))))))).))}......))))))))))).)))))))).},))).)))))}})))))((((((((((..........((....))........))))))))))..(((((((.....))))))).{.(((((((.(((((((((.{{{...}}}..)))))).))).))))))).)|||,.((((((.....(((((((.(.((((((..(((((....))))).,,,{{{{,||,.{{|{...}))).{(((,.{((((....{((({(.{{.((({..,{{({..{{....,,..}))).,.)))}.}}.))}}}},,}}||,{{|||{|},,,,{(((({{{{{{......,,,,.((((((((((.({..............)})))))))))).......}}||,|{||,|||,,,....))),)})).}..,{{..{{{{.((((,,..)}}}||||,,}||{.,,,.,...{{{{((((((..(((((((((.......))))))).))..)))))).}}}}.....}}}.})}.}}})))..})))}},)))))).))))),,))))))))...)),))))))))))..})))))))).(((....)))..{,(((((((((((((...(((.((((.....)))).)))......))),})).)))))))}}}....{(((.,.....,,)),,..,,,)))................

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001284351.3 NCBI
GGACUGUAGCCGGUACCGGCACCGGAGCGCGCCGGGUCCUCGCCGGGUC… 5528 nt 0.6132
NM_004174.4 NCBI
GGACUGUAGCCGGUACCGGCACCGGAGCGCGCCGGGUCCUCGCCGGGUC… 5555 nt 0.6133
Summary

The protein encoded by this gene is an epithelial brush border Na/H exchanger that uses an inward sodium ion gradient to expel acids from the cell. Defects in this gene are a cause of congenital secretory sodium diarrhea. Pseudogenes of this gene exist on chromosomes 10 and 22. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.