Basic Information

Symbol
SLIT1
RNA class
mRNA
Alias
Slit Guidance Ligand 1 Slit-1 MEGF4 SLIT3 SLIL1 Multiple Epidermal Growth Factor-Like Domains Protein 4 Multiple EGF-Like Domains Protein 4 Multiple EGF Like Domains 4 Slit Homolog 1 Protein Slit (Drosophila) Homolog 1 Slit Homolog 1 (Drosophila) Slit Homolog 1 KIAA0813
Location (GRCh38)
10:96998038-97185959
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003061.3
Sequence length
7964.0 nt
GC content
0.5940

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3373.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3501.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2482.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((..((....))..))))..)))))((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(..(((.((((((((...)))(((((((...((.(.((((....)))).).))...))))).)).((((((.(((((((((((.(((((((...))))...))))))))))....((.(((...)))))))))..))))))))))).)))..((((.((((.((((..((((..((((((.(((((((..((((((((..(.((((((((((.(.(((.((((((((((....))(((((((.((((((((.((((((((((.(((((((.....((((((((.(((((((((((..(((((((((...((((.....))))....)))))))....))..)))).)))).)))))))))))))))))).).))))((((....))))....(((((....))))).(((((((......((((.......((((((((.((((......((((...((((..(((...(((((((((...)))))))))...)))..))....(((((((((((....((((.........((((((..(.((((((..(((...........)))...)))))).).))))))))))...)))))))))))..........))...))))....)))).))))))))....)))))))))))..(((((.((((....))))))))).....))))).........(((((((((.......))...(((((((((((((((..((.((.....((((((((((((((.(((.((((.......((.....)).......)))).))))))))))((((((((..........(((((......(((((.(((((((((((((((.(((.(((((..(((((((((((((((((((((.......(((((((.(((((.((((...((.((((((..((((..(((((..(((((((.((((((.((.((((((((.(.((((((.(((.......(((((((((((..((..(((((.(((((..((((((((.((((......)))).((((((((((((....)))..(((((((((....))).).)))))..((((..(((((((((....(((......(((.....)))......))).....)))))))))...))))((.((((..((..(((.....)))..)).)))).))(((.((((........)))).)))..)))))))))..((.(((............))).))..))).)))).)..)))))..)))))..))...)))))))))))((.((((((....((((..(((((.(.......).))))).))))))))))))......((((.(((((((((.((.((........)).))....(((((((((((.....))).....)))..)))))....(((((((((..((((((((((((.(((((.((((.((((((((...((((.(((((.(((((((.((((((((((((((((((..(((((((((((.........))))))((((....(((...((((((((((.....))))(((((....((((((...))).)))((((((.(((((..((....((((...)))).))..))))).))))))......((((.....)))).))))).))))))..)))))))........)))))..))))(((((.(((((((....((.(((((....))..(((((.((((((((((....(((.......)))....)))).)))((((((.((...((...((.....)))).))))))))......))).)))))(((....)))(((.(((............))).))).((((((((..(.((((((.(((.....))).)))))).)......(((((((((.((.(.....).)))))))..))))......)))))))).(((.(((((.((.......))))))).))).)))))....)))))))))))).((((((((.....))))))))))))))))))))))))).......((.(((((.....))))).))((((((..(((...(((((((....(((((((((((((((((((.((((.(((.....)))..............((.........))((((.((..(((((..((((((((((((..........((((((((...((((.((.(((.....(((((((..(((....))).)))))))...(((((.((.(..((.((..(((((((((((((.(.(((....))).)...))))))..).))))))..)).))..).))))))).......))).)).))))..)))))))))))))))))))).((((..((.((((.(((.(((((((......))))..))).))).))))..))..))))......((((.(((((((...)))).(((((((((((......(((.((((......))))))).(((((((((....))))))))))))).((((((.(((......)))...)))))).((((..(((((.........((((((.......(((.....(((............)))...))).......))))))))))))))).))))))))))))))....((((..(((((...((((((...(((...(((((..((((((......))))))............(((((...)))))......)))))..)))...))))))........)))))..)))).............(((.(((.((((.......)))).))))))..)))))..))..))))...)))).)))))).......))))))).))))))..((.((((((((((((((......((((.(((((((...........((..((((..((......))..))))..)))))))...)))))).....))))))))..))))))))....(((((((((((..((((.((((((.....(((((((....)))))))(((.....))).....))))))....))))))))).))))))..)))))))...)))((((((((....))))))))....((...))(((((((.(((.(((((...))))).))).)))))))(((((.((..(((......))))).)))))....((((((....))))))((..((....))..))...(((((((.(((.(((...(((((((....))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))..)))..)))))))))(((((((((...((..(((((....((((........)))))))))))..))))).))))...((((((....))))))..)))))))))).)).....)))))))))..))))).).))).))))...))).)))))).).)))))))(((((..(((.(((((((..(((((......(((...(((((((((((((((((((((((((..((((.((((....((.((((((.(((((......(((((...))))).(((.....)))...))))).....(((.(((((...(((((.((((((((.((((((((((...))))...((((..(((((......((((((((.....).))))))).....))))).))))....(((((.((...)).)))))..))))))))))))))........))))).))))).)))))))))))...(((((((((((((.((((..((((....((.((...((((.((((((((((((((((((((((..(((.(((((.((......(((((((.....)))..)))).......))))))).))).((((((.((((.....)).)).)))))).((((((......))))))((((.(..((((.(((....))).))))..)))))...)))))....)))))).......)))).))))))).))))))))...)))).)))))))))))).))))))))).)).))..)))))...)))).)))))))....))))...))))).)))......((((........))))(((......)))...)))))...))))))))))....(((.(((..(((.((.((((((...(((((.(.....(((((((.((......)).)))..))))....))))))...)))))).))..))).))).))))))))..).)).)))))).))))))))))))))))..)))))).))..)))).))))).)))))))(((.(((((...(((((.....)))))...))))).)))..........))))).)))))).)))(((((((((((..((.(((.....((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((.....)).))))).))))))))...((((.(((((((((((.....))))..(((((((..(((((((..(((.....)))....))))))).)))))))((((...))))((........)).((((((((..(((...))).))))...))))....)))))))......))))....(((.((((....)))).)))))))))).))))))))))).))))))...))).))........))))))))))).........((((((((....))))))))((...(((((((...))).))))...))((((((((.((((((((((.((...(..(((.((....)).)))..)..))))))).)))))..)).)))))).))))))).))))).)))..)))))))))))).......))).)).)))))))))))))))).((((.((((((((((((.((((((((.((((((....(((...)))(((...((((....))))...)))(((.(((((..(((((...((((((((((((((((...(((((((.((.(((..((((((((((....))))))))))..))).)).)))))))((((....((.(((((......)).)))...))....)))).........))))))))..........((((((..............((((..(((((((.(((((((((((((((((...((((...(((((((((...((((((.(((((.((((((((..(((.........((((((((....(((...((((((((((.....((((((((((((...))).))))))))))))))))..))).((((((((.(((((((((........))))))..))))))))))))))..)))))))))))..)).))))))(((((((((.(...).)))))))))..(((((((((((...)))))..)))))).........(((((((((....(((...((((..((((((((....((((((...(((.....(((((((((......))))).)))).......(((((((((....))))))))).(((........)))..)))))))))(((((..(((((.....((((......(((((((..(((((((((((.(.((((.....)))).))))..(((((((((.......(((((((((((((((((((((((..(((((.......))))).))))))))))..)))))))))).))))))))))))((((((.((.(((((((.(((((((((....((((((((((((.(((.....)))..)))))...)))))))....)))))(((((((((.((((((((.......(((((..((((((((..((..(((((........))).))..)))))))))).)))))((((....))))...)))).))))))))..........((((((.((((((((..((((.......((((....))))....(((.((.(((((........((((.(((.((....)).))))))).(((((.((((.(.(((((.(.((.....)).))))))).)))).)))))..((((..((..(((....))).))..))))..))))).)).)))....((((((.........)))))).((((((((.((((((((....(((.....)))....))).......))))))))))))).....)))).)))))))).))))))...(((((.((...(((.....(((...((((((((((....))).))).)))))))))).)).)))))....))))).((((((((...((((....))))..))))))))))))))))))).)))).))))(((((...........)))))...))))))).)...)))))))....))))...)))))...)))))(((.((..(((((...))))).)).)))))))))))..))))..)))...)))))))))))))))))))).(((((((((...))))))).))(((((((............))))))))))))((((......)))).(((((((....((((((......))))))))))))).((((.((((((((((((.....))))))..)))))).(((((((((....)))))))))))))......)))).))))...))))))......)))))))))))(((((((((((.....)))))).))))).....(((...)))....)))))))....))))...((((((...))))))..))))))....((((......))))..))))))))))))))))))..))).....)))))))))))))).)).))))........(((((....))))).(((......))).......)))))).))))(((((........)))))..)))))))..(((((((((((((...............((((.((..((.(((((((....)))))).).))..))))))...(((.(((((((((((((.(((.((((((((.(((((..((((((...)))))).))))).))))....)))).)))..))))))))).....)))))))))))))).)).)))).)).))..))))))))))).))))((((....))))..(((......)))....))))))).))))).(((...........)))((((((((.....))))...))))))).))))))))))))))).).)).).)))))..))))))))))))))..)).))))).))))))..))))...)))))))))))).(((((((.((.(((((.(((((.(..(((((......(((((.....(((((((((((((.........)))))...)))))))).....)).(((((((.((((((((...((....))....)))))))).))))))))))))))).).))))).)))))...))..)))))))).))))))..))))((((((..((......))..((((((.(((......)))))))))...((((.(((((((((...(((((............)))))...))))))))).)))).....))))))....))))))))...(((((((((((....)))))))...))))((.(((((...((((((...(((((((.(((((.(((...)))..)))))..)))))))(((....))).))))))...))))).))(((((((.............)))))))))))).)))))))).........((((.....))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((({(((({{((,{{,||{{||||{{|{(((((,(,(((,{,(({{((,((({...((((.,,,,.|}}}.|||,}}||{(({...}})|||}|}|}}}}(|{|({((..{((({|{..,|{{{,,,,)})).,|||||}|,{,(((((((.(((((((...))))...)))))))))).{((((.(((,..((((((((......))))).)))))))))))}.((((((((({.((((({.((((({{.{(((,.{(((((((({{((((,,,(((((((..(((((((((((((....))}||||{({(((,(({,.,.||},|}}|,,{{,,(((({(((,,,...}))}))}|,|||)))))..))))))}}|||)}..}}))),.,,.)),..|.{((((......))))),,,,))))))))).).)))))).)))))}))))..........(((((....))))).(((((((......((((.......((((((((.((((......((((...((((..(((...(((((((((...)))))))))...)))..))...,(((((((((((..,.((({...,,,,.,((((((..(.((((((..(((.{.........)))...)))))).).)))))))}))},,))))))))))),.........))...))))....)))).))))))))....)))))))))))..(((((.((({....}))))))))||.,||||}|.........,,(((((((,{.....,,.|.|||||||{{{{{(((.,((,((,,,{|({(((({{{{((((.(((.((((.{,....{{.....,,.......))}).))}}))}}}}{{((((({.........,(((((,,,,.,((({{.|||((((((((((((.(((.(((((..((((((({(,(((((((((({,,,{((.(((((((.(((((.((((...((.((((((..((({.,(((((..(((((((.((((((.((,,(((((((.(.((((((.(((,,.....(((((((((((..((..(((((.(((((..((((((,(.((((......)))).{(((({({((((,,,.}}}..((((({(((....))},),}))))..{(((..(((((((((....(((......(((.....)))......))).....)))))))))...))))|{.||||,||,..|||.{{{.|||.|||,||||.|}(((.((((........)))).))).,)))))))}),,,|||((,,...{{{|....)),),.}})).)))}.)..)))))..)))))..))...)))))))))))(({(({{{.,{,{,.|,.,{{{(({,{{{......|,))).))),|||}||}}......,,,,.,(((..,.)}}..{{..,|,......}.,,....(((((.,,...)))))},}},,|},{((((((..(((((((((((..((((((((((((.(((((.((((.((((((((...((((.(((((.((((,(({((((((((((((((((((..(((((((((({.........}}}))}((((....{{{...{(((((((((.....))))(({({...,((({({...|}||}))((((((.(((((..((....((((...)))).}}..))))}.)))))},,,...((((..,,,|}}}.}}})},}))))}..)))))}),,.,,...})))}..}|||(((((.(((((((.,{{(({.((((....||,.(((((.{{|||,|{{{..|,|||}}}}}..)))....}))),}||{|{||||{|,,||..,}||.....),}},))))))))......}}|,}}}}|(((,..,|||{(({(.....,,,,,.,,..,}.,||,((((((((.{(.((((((.(((.....))).)))))).,......(((((((((.(,.(.....,,)))))))..))))....,,)))))))},{((,((((,{{{,,..,}.}})}))).))}..}))}....)))))))})))).,(((((((,...,))))))))))))))))))))}||||......,((.(((((.....))))}.,|(((({,,,,.....|||||||,,,|({{{{{{|||,.,(((.(((((((...{...{(((................)))).,.,.)))))))...|||..,.,,(((({{{{{,,......}..,((((((((((..((...,..((({....}|||}.,))..)))))))))))|||||.{{((({{|({,{{,((.|{..((((((,((((((.{.(((....))).}...))))))..}.)))))),{||((|{.((((|(({|.,{(({,|||{||||}}||,||}}}{(((((({(((((.....))))){{{{.(((.((((.((((.,({{{.((((.(((((......)))))..)))),.....))})))).)))).))).....}))),.{(((.....{(((.((((......))))))),(((((((((....))))))))))))|{((((((.(((......)))...)))))).||(((.((((.{........}.)))).)))..........)))))}}}........||{..((((,.,,.,,{{|.|{{|||||,{{{|||.,,,||||{||..,{{{({{{{{{{{..,{(((((...|{{}}}}})||..((((((......))))))..,...,,,...(((((...))))).,....||}||,,|}|...,,,,,|||||{{{||||....|||},,.,}},,.....{((.(((.((((,....,.)))).)))))),})))})..))},)))}),}))}...}))))))))),))))}))}))}}...,,||}{{{||||||{{|||,},,}.||{,|||||||{....,,,,,,.||,.||||..||,,,.,.||,{||||,.,,}}))),..)))))),,,.,)))))}}}..))))))))}}..{((((((((((,.(({,.((({{{..,,,((((((,....)))))))(((.....))).....)))))).,.,)),)))))),)))))),,,|||},,,|||,|((((((((....))))))))..}}|{|..|}(((((((.(((.(((((...))))).))).))))))){(({{.{{..{{{..,,..}},)).)))))}||.((((((....))))))||.,||,,.,))}}))...(((((((.(((.{{{,..(((((((....)))))))}})))))))))))})))),..))))))))))))))))))..)))..)))))))))(((((((((...{(..({(((.,..{{{{,..{{{{,,,,},)))))..,))))).)))).,.((((((....))))))..)))))))))).)).....)))))))))...,)).,..)))))))},}}})).)))))).).))))))){,((({.(((.(((((((..(((((......(((...(((((((((((((((((((((((((..((((.((((..,,((.((((((.((((({,..,,(((({...})))).||{...,.}}}..}))))}.....(((.(((((...(((((.((((((((.((((((((((...))))...(((({{{(((({{,...{{{{{|||,,,,.),))}))||,,|,.|||||.}|||....{{{{|,||.,,)).)))))..))))))))))))))........))))).))))).)))))))))))...{((((((((((({.{(({..(((,....((.((...((((.((((((((((((((((((((((..(((.(((((.((......(((((((.....))),.}))).......))))))).))).((((((.((({.....))},,.)))))).((((((......))))))((((.(..((((.(({....})).))))..)))))..,)))))....)))))).......)))).))))))).))))))))...))),.)))))))))))).))))))))).))},)..)))))...)))),}))))))....)))),..})))).)))......((((........)))){({......,},..,)))))...))))))))))..}}(((.(((..(((.((.((((({...((((({(.....(((((((.((......)).)))..))))|.,}}}))))...,))))).))..))).))).)))))})),.),)).)))))).))))))))))))))))..)))))).))..)))).))))).)))))))(((.(((((.,.(((((.....))))).,.))))).))).,,,...{{{|||||{|||,,,.,,)|||||,||,|||,||,|||..}},|{((((((((((((((((((((((,.(((((((((((((((.....))}}))))},)))))))..,({((,(((((((((((.....)))),.(((((((..(((((((..(((.....)))....))))))).)))))))((((...))))((,,......}}.((({((((.,(((...})).))))...))))..,.)))))))....}})}}}..,.(((.((((....)))).)))))))))).)))))))))))||))))},..,||{||{.......)))))),}||||||,.||||,(((({,,,,,,}}}},|||({...,{{||||}..}},,||||,{{((({{.((((...)))},||}|},,..},,})},}}},,}))}))),})))),))}}.{|||||,..)))))),,.))))))).))))).)))..)))))))))))},.,,.,,|||.||,}|}}}}}}}})))))),{|||,|||||{{(((((,(((((((,{({{{{,....{{,...|||{({,,,{{{{{{{{|||{((((({(((({,((((((,,,,.}}}|||||||({((((({...((({((({((.{((..((((((((((....))))))))))..)))}))})}}||||{(((...{(,.(((((......)).)))..})),}.,))))}...,....}}}}}}}},,..........,,}}}},...{{.{{{{{{(({..{((((,{{((,(((((((((((({{..,,((({,.{.{(({{{{{..|||,|..||||{,|||,||||..|{,.,......,{||||,{,.||||||,}}}}|||||||,,}},,((((((((((((...))).))))))))))||||,,,}}||{((((((((.,,|||||||}}}}}}}}))))))}},))))))))))})))}}))}}).})))),))}||}||}(((((((((||...},))))))))).}|||||||||{{.,,||}}}|,}}}}))}..}}}}..|||||||||.},,||,...,{||}}|||||{{((,((((({((,,,{{{,||,.(((((((({......))))).)))).......(((((((((....))))))))).{{{........,||.{{{({{{{|,{,,{{,({{{{|||(,(((((.{(({((((((((,{(((,{({((((.(.((((.....)))).))))}.((({{((((..,....(((((((((((((((((((((((,.(((((.......))))).))))))))))..)))))))))).)))}|||||||((((((,((....,,,}}.}}})}}.}}).},)}}}}}}))}}|}||||{{{.,,....)))||,..,,.{(((((((((.((((,,,((({....}}}}.......))))..)))))))))|,||{,{{{{{..,,,..,}}},|{,|,}||{{{|||,|||||{,,||}))}})|}|,||.(((({{{....})).})),.((((((.((((((((..((((.......((((....)))),,..(((.((.(((((..,,,{,,(((,{(((.((....)).))))))).(((((.((((.(.(((((.{.((.....)).})))))).)))).))))),,((((..({..|||,,..})),))..)}})..))))).)).)))...,((((((..{...,..))))))}(((((((,,((((((((....,,,.....,,},...}}}.......))))))))))))).....)))).)))))))).)))))){{{{,{{{{({,.{({{{,..{((({..{((((((((({.,,|||,|||,|||||}}}|||||||||||{.,{,{{{,.{((({(((,,{(({{.,,,||||,.||||||||((({{|,|({,(((|((,(({(|{((....,.,,...))))}}}.)))}))).,}},)}}),||||||||||||||||||.||}||}|{{|,{({,{,({{|.,|||||,{{||||}||}}}}|.,}}},,.})}..|}))}}}}}}|||||||||||,(((((((((...))))))),}|(((((((.....,...,,})))))))|||||{(((......||}}.({(((((,..,((((((....,.|))))),))))))},))))|}.,)))))))},.}),||||||.|||||...(((((((((....))))))))),,,....},))))))))),)))))}}}}....,,}}|}}||||||{,,{((((,,...}}})))))),,,,))}.,,,|||.}|},|,|||||}|}},..,})))}{{{{{((((...}))))},,)))},}}}.}}|}|}|...||||}..|||||}},..})))))}|,}}}}}}}..)},))))))))))),,),))))...|||{,((({(,..,}}}|||{||,{|,,,||,...,{,.}||}||,||}|(({{{..,,},},))}}},.,)))}}}}}|{|||||||||||.,,.,,..,||{|||{{{({({..,{.{|{|||{....))))}),),)),,))))}}..|(((.(((((((((((((.(((.((((((((.(((((..((((((...)))))).))))).))))....)))).)))..))))))))}....,))))))))}}}}}}.||,||}|,||.||..||||||}}}}}.))))||,||||..|}|,,|{{..,.,,||}||||,))))}},)},,|||||........,,||,|,{{{((((.....))))}.||}}}}||.}}}}}}}}|)))))),))))})})))))..}|||}}||||||,}..}),})))}.))))||..,,))...,,,,,)))}}}|,{{{||||}||,(((((.(((((.{,.{{(({|,|,.{{{((({.{{,,{(((({({{.......}}}.})}),,..,))))))}},.,,,}}.(((((((.((((((((...{,....,)....)))))))).)))))))}},}}})).).))))).)))))..,))..)))))}})}))))})},})))|{||||,.||,..,,}}}..,{({{{.{||,,,,,.||{{{{{|,(((((.,..((((((....})))}}....})))}...)))))}},,,,|||||,..,,,}}}},,}||||,,..}}}},))),,.}}}}|((((((....))))))}.......,|}|||||,}}}}}}}}}|}|||||,|}|||||}|}}}}}},|{{{((({((({{{{||{,,...,|||{|..,.,.)),)))),}..|,.}))))))))))}}.}}}.....,)})))}},))))))}}}}}}...{(((.....)))),,,,..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003061.3 NCBI
CUCCUCGCAGCAGUCAGUUGGGAGCUGGAGGGAGGGAGAGGGAGACGCA… 7964 nt 0.5940
Summary

Enables Roundabout binding activity. Involved in axon extension involved in axon guidance; motor neuron axon guidance; and negative chemotaxis. Predicted to be located in extracellular region. Predicted to be active in extracellular space. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice and humans demonstrated that the SLIT1 is predominantly expressed in the atrial cardiomyocyte cluster aCM2, which is associated with metabolic regulation of cardiomyocytes in the right atrium following myocardial infarction [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680].