Basic Information

Symbol
SMAD9
RNA class
mRNA
Alias
SMAD Family Member 9 SMAD8 SMAD8/9 MADH6 MADH9 Mothers Against Decapentaplegic Homolog 9 MAD Homolog 9 MAD, Mothers Against Decapentaplegic Homolog 9 (Drosophila) Mothers Against Decapentaplegic, Drosophila, Homolog Of, 9 SMAD, Mothers Against DPP Homolog 9 (Drosophila) SMAD, Mothers Against DPP Homolog 9 Mothers Against DPP Homolog 9 SMAD8A SMAD8B SMAD 9 Madh6 Smad9 PPH2
Location (GRCh38)
13:36844831-36920887
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001127217.3
Sequence length
5558.0 nt
GC content
0.4322

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1650.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1761.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1340.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001127217.3 NCBI
AGUCUGACUGACGCCGGCUGGGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC… 5558 nt 0.4322
NM_001378621.1 NCBI
AGGGAUGAGUGGCACGGCGGGGACAGAGUUGGCCACCCUGUUCAAGGGC… 5350 nt 0.4224
NM_005905.6 NCBI
AGUCUGACUGACGCCGGCUGGGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC… 5447 nt 0.4305
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the SMAD family, which transduces signals from TGF-beta family members. The encoded protein is activated by bone morphogenetic proteins and interacts with SMAD4. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

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