Basic Information

Symbol
SMURF1
RNA class
mRNA
Alias
SMAD Specific E3 Ubiquitin Protein Ligase 1 KIAA1625 HECT-Type E3 Ubiquitin Transferase SMURF1 E3 Ubiquitin-Protein Ligase SMURF1 HSMURF1 SMAD-Specific E3 Ubiquitin-Protein Ligase 1 Smad Ubiquitination Regulatory Factor 1 SMAD Ubiquitination Regulatory Factor 1 Smad-Specific E3 Ubiquitin Ligase 1 E3 Ubiquitin Ligase SMURF1 EC 2.3.2.26 EC 6.3.2
Location (GRCh38)
7:99027435-99144164
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181349.3
Sequence length
5668.0 nt
GC content
0.5194

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1964.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2066.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2160.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((..(((((.(((((..(((((..((((((((((((...........((((((.(((.(((..(((((((((.(....((.((((((.(((..((((...((((.(((....))))))))))).))))))))).))..)))))).))))))).))).))))))))))))))))))(((((((((((((((.(((((((.(.((((((((((.(((((.(((((.(((..(((.......)))..))).).)))).))))))))))))))))))))))(((((((((.(((.(((((((.((((((((.((((((.(((((((.(.((.(((((((....(((((((((.((((((.((((.....((((((..(((((((((..((((((.((((((((((((((.......((((.((((((((.(((((.(((((..........))))).))))).)))(((((.(........).)))))............((((((((.((((.......))))(((.(((((((((((((....((....))....))..)))))))))))..)))........(((((((.....((((((((((((((((((...(((((.(((((((((((.(((.....))).......((((.((((((......))))))))))(((((((.(((((((((.....((((.((..((((((((((.....((((((.((((.(......)))))......((..(.((.(((((.((((((((((.....(.((.(((((.......(((..(((.((......)).)))..)))..(((((((((..((((((((((....(((((.(((((((...(((.(((((.......))))))))...)))))....)).))))))))))))....(((((.........)))))..)))..)))))))))......))))))).)..)))))))))).)).))))).)..))))))))..(((.....)))..(((......)))..))))))))))......)).))))..))))....)))))...)))))))........)))))..)))).)).)))))..)))))))..(((((........(((((....)))))......))))).(((((((.(((((((((((...(((((((.....)))))))..((...((((.((.....)).)))).))......)))))).....((((...))))..(((((..(((((.((((((..(((..((((((((...((((.....)))).....((((.....))))((((((((((((....((((((.((..(..((((.(......))))).)..))))))))....)))))).(((((....(((.((...(.((((.....)))).)....)).))).....))))))))))).....))))))))(((((((.((((..............)))...).)))))))........)))...))))))...(((((((((((((..((..(((((.(((((..((((((((.(((((....))))).))).)))))....)))))))))).....))....))))))......)))))))...........((((((.......(((((.((.(((((((....(((.((.(((.((((((((.(.(((((((((((((.(((((..((.((.(((((((((((..............((((((........))))))......((((((.(((((...((...(((((.((...)).)))))....))...)))))))))))...((((...(((((((.(((((.((..((......)).)).))..)))))))))))))).))))))))))).((((....))))...)).))..))))).)))...)))..(((((......)))))..)))))))).)))))))))))...((.(((((((.......))))))).)).(((((..........((((((((((((...((((..((((((.((((.((((.......))))........)))).))))))...))))))))))))).)))..))))))))))....)))..........)))).))))))).((((..(((((((........)))))))..)))).)))))))))))..))))).)))))..)))))))...(.(((......))).)...))))).))))))....))))))).)))))))).(((.....))).....))))).))))))))))))))))))...)))))))))(((((.(((.(((((.(................).)))))...........)))..)))))....)))..)))..))))))..........((((.......))))...((((((...)).))))))))..))))))(.((.(((((....))))).)).)(((((((((((((.....((((......)))).(((..(((........)))..)))..(((((((...((((.....)))))))))))..((((((((((....))))....((((((((((.((((....)))).)))))))....)))((((((((.(((((((((..(((.(((((...))))).))).................))).))))))))).)))))(((((((((.......((((((((.(((.....(((.((((....))))...)))....))))))))))).......))).))))))((((((((......))))).)))...((((((((((((...((((..(((((...((((.(((((.((((((...(((((..(.((((...)))).)..)))))))))))..)))))((((((.....)))))).....((((((((((((((...))))((.((((.(.((((.((((((...((((((((((.......((((((........(((((....)))))...((........)).((((...(((.......))).))))((((((..............))))))((((...)))).(((((..((((((((((..(((((((((((((.((...((((((((((((........((((((.((((((..(..((((((((..(((((((((...))))))..((((((((........(((......)))........))))))))...((((...))))((((..((((((((((((...........(((((.((((.....((((.((((.((((((((..((.((.((.((((((((.((((.....((((((...((((.(((.......((((..........((((...))))..........))))(((....))).(((((((.(((...(((..(((....))).)))....))).))))))))))))))...)))))).(((...(((((((............((((.....)))))).))))).)))...))))))))))))...)).))))..)))))..(((........)))((((((.((((((((((((.(.((.......)).))))))))((((.((.(((((.((.((((....))))..)).)))))(((........)))..)).))))...(((((.(.(((....(((((.......((((((((((((((...)))))).)).)))))).....)))))....)))))))))((((((((((((.(((....)))))))....)))))))).........))))).)))))).......(((..((((..((((..((((.........))))...).)))..)))))))))).)))).))))..))))))))).(((((((((....))).)))))).))))))))))))..)))))))..)))))((((((((..((((((.((((.((.((((((((....((((((((...(((((((((((.((((.((((((((((.........))...))))).))).))))...))))..............(((((((...)).)))))((((..(((.......)))...))))))))))).((((.........))))..........(((((....)))))(((((((.(.((((((((.....))))))))).))).))))....))))))))....)).))))))..(((((.((.(..((((..((....))))))))))))))..)).)))).))))))..))))))))((((((..(((((((.(......))))))))))))))..)))..)..)))))).))))))..)))))))))))))).)))))))..(((((...)))))......)))))).))))).)))))..)))))....))))))....)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..)))).)))))..)))))))))))))((((.(((.(((..(((((((.........)))).).))..)))))).)))))))(((((..((...)).))))).(((((..((....))..)))))..))))))......))))))).))))))..)))))))))))))))).)))))))))).)))))).)))...))))).))....))))).)))))((((((......(((((((((((.....((((..((.((((...............)))).))..)))))))))))))))......))))))..(((((((.....(((((((..((((...........)))).)))..))))...)))))))..((((((.((....))..)))))).........))))))).).)))).)))))))).))).)))..))...)))))...)))))....))))))..(((((((((((....((((.((........))))))(((....)))...((((((((((((..............((((.(((((....))))).))))((((((((((((((((((....(.....)....)))).)))))).(((((......)))))..((((((.((((((((((.((((.((((......))))......)))).)))))).))))..)))))).......((.((....)).))....((((.(((((((......((......))......)))))))..))))((((...))))))))))))....((((((....((((((...........))))))...))))))......((((((.((((.......(((......)))........)))).))))))...))))).)))))))............((((....(((((((.(((.(((((((..(((((.........((((((((...........(((((((....)))))))....((((.....)))).))))))))))))).....))))))).))))))))))...)))).)))))))))))..((((((.((((....((((.......))))..))))...)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
({((((,,(((((.(((((..({(((,.((((((((((((.........,.((((((.(((.(((.((((({((((((....((.((((({{(((..((((...((({{(((....))))))))))).))))))))).))..}))))).))))))),))).))))))))))))))))))(((((((((((((((.(((((((.(.((((((((((.(((((.((((,.(((..,,({{.,...,,},.)))})})))).)))))))))))))))))))))}(((((((({((({(((({{(((((({{{{((((...,((((((,....}}}}||...,}}}}.||||},||,.|||||}}}||..,.,(((((((((((((((.({.,{(({{{((,,,||||||{(({{....}}}}|{(((,.,||}||,,{.{{{||}}}.}}}})},,)))})))))}}}|{{{{{||,,......}.}}}|||{.....||||..((((((((((((((({,({{..{(((.((((((((((((,....((....))....}},.,,)))))))))..}}},......,{(,,,.|,..{{((((((({{{{(((((((,,{(((((,(((((((((({.{((.....))).......{(((.((((((......)))))))))|(((((((.(((((((((..{,.{(((.((,.((((((((((.....({((((.((({..........,,,......{{..(,((.((((({((((((({((({{{.{,.{,{{{{{.......(((..(((.((......)).)))..))),,(((((((((..((((((((((,...{((((.(((((((...(((.(((((.....}.))))))))...)))))....)).))))))))))))....(((((.........)))))..)))..))))))))).....,|||.|||{,..|||||,}}}}.},.,},,}.)}})),})))),}||}}.}},)}},,|||,,,,|,))}..))))))))))......}}.})))}.))))....)))))...))))))),.......}}|||..}|||,}|,|}}}||.}}}}}|}..{{{((.,,,,,..(((((....)))))...,..}}}}|.({{{{(({{{{{({|({{{..,{((((((,,,,{|,}|}|{{,((,{,,{{{.{(,,,,,}}..,,,.,,..,,..}}}}))}}.,,{{{(...}||}..,{{{{,.,.,{..{{.((({,{({{.{(({,({{{{.{{{({{{{{||{{{,.,,({{{||,,,}||}{{{(({((((((....((((({,((..,..((((.(......})))).}..))))))))....)))))),||{{,,,.,||}}||,.|||||||,{,,.}}||{{{..,(((,((.({{{(((,|(((({{.....)))))).(((((,(({(((,({{........,..,|,...,...},}}}........}})}}.)))))).}}}}},|((((|,({,{(({{(((((.{{{{{,|((((((((.(((((....})))).))).)))))|.,,|||||||}||,......}}}.,,))})}}}}},},,||||((((((....}))))).......,))))||||||||..,,..}}}}{{{..,,,,||{{,,,,,}}|||||||,|||||,|||||,}||}||,||{|||||{{(,,.....,......{(((((........)))))|......((((((.(((((...((...(((((.((...)).)))))....))...)))))))))))...|||,...(((({((,((((({((,.((,,....|,,||{||{{}}}||}|||||,||,||}|||}}}}}.((((....))))..,)).)),,}}}}}.}}}...|}}..(((((......)))))..||||}||{,}}}|||||,||,,.{(.{{({{((,...,.,|||||||{||,,.,{{||||||||,.((((((((((((.,,((((,,((((((,(((,..,|{|....,,}}.....,,,)}}))}.)||}}}...})))))))))))).|}|{{{{,,,{{||||}|||,,...,,,{,{{||...{|||||{,((((..(((((((.,{...,,}}))))),,}}}}.{{{...,,,))}{|||||{||||,..|||||||{,.{,(((..,,..|},,{{,{{|||,{{|,||||,.{|||||||,|||{|||,.{{(,|,,,}}},.{{{((({....))))))),,,|||,,,{{{|}||,{{|,|||||.|||}|||||,|,.{|..,,.,,,.},,}}},.}}}}}},..,,..}}}..)))))...}})})))}}..)))}})},|.}}}}},}..,,}.,},,,,,..,..,(((({.{||,{((((||..}}}||}|||||.{{{{|,,|,)}}}|{||{|(({{((((((({,.,,.,((((....{{||,|,((({,((({{,,,,|.||}..}||..(((((((...((((.....))))))))))),,{{{({{((((....)))).,{,{||({(((((,((((..,,||||{|||||}}.,.,|||||||||||}|((((((,,..(((.(((((...))))).)})..})))}),..,.,,...}},}}}}},}}|.}||||{..{{{{,{.,,.....,{,(((((({(({{{{({{{((({{.{{||||{{{|||,...,,}|)))))},||..,,..}|,}}}|},.,((({,,.}}}}.|{{((((({...||}|||,|||..,||{||||,||||{||||||.||||||.{||{||||.|||{{,|||||||,,,)}}),),,}}}},})))}}..,,)))}},,}},..,,}}}}|{{((((((..(((.(((.....}}}.))).)))))))}|,{,{{|{{|..,||{{{{||||.{{{{{{(||..{{||||,..{((((....))))},{,{.,,{{,...))}}|,}}}}}}}},,|||||,}},}}|((((((,,|..{,......,}||||}((((,..,}}}.))))|,.,}||}}})))}}}))|)|||,((((((((........)))))))).}},.(((((({{{..(((((((.{.....}.)))))))..}}},...((((.{((((.((((((......((((...((((....{{{{{...)))))......)))))))))))))).})))})..))))....}))))))))))))).,||.{|||||},}..||||}|||..{{{{{{|,,|,,,,}}.}}||}},}|{{{||{.{{({(({{,,.........,},......))))))})|...,))}.,,||||......,,,.....||||{{{|,}||||{{|||{{{|||({{.,..)|||...}))).,(((,((({((,.,.,...{{,{,{,,..,}|,,,,...,{{......}||,,....{||,|((({((((({,...{((,({...,)),}||,,|,}},,|}}}}}}}|}|}(((,,,,.,|||.|||||}}||{{|||||}}||}||||,.,,|.,{{(({|{|.(({,,.((({({((,{{({,.,|}},},,}),)))}}|||}}.,}},.))))...,}}},.,}||}||.|,|||,,}}||||}}}},},.||||||}}}|||}|}}}}}.,})|}}}||},,.,,,,.,|}}}||,,}})}|}|||,,{{{|{|,}}|{,{||}||,}|})},|,||||||}}|||||}||}}.,}})))))))}},)}})))))),.,.,|,,.|{{,.||,,,,...}))))))}),.{|||||}||||||}}}},.))))))})),}))))))))},}}}}}.})})).},}}|)}},....}))))}}}},),,)))),..}}|||||(((((((,,(({((|,|||,.|||(((({||{|,|.((((({,{..,,|{{,({{,,,.,...)))})}....,..,,||||,.|||...,}},||||}},||}}||}},...})}}},},..,{{|{||,,,||||||||||||.,|||}},..,,)))}}}||}}}}}||||{({|{||,..,||,||,|,||||.....(((((....))))){((((((.(.((({((((,,,..}}}}}}))),))).))},....,.({((((.({({({,,({||..(((({.{{.,,,((((..((...,},))))}}|}}}},..}},.||||,}},,}}}}},))),)}}})}..}}}|}}.({{(((({{{|.|.,,,||||))|}}{||}.,}......,.}}},}.,},})))})},.,,}}}})}}}),|{|{{{,,,,},}}}))}}||||}}}}}}})).}}}))}}}))}}..,,|,.||},,},}}}},,}||||||}||||||}|}||||}}}||||},((({(((((.{.....,.))),}))))),||||}||{,{{|||||||({{|,,,...}})))).}.)),,))))))}})}}}||||{||}|||.,,)),))}}},|({({...|,,.}))}}))),})})))}}}.}}}}})))}}})}})}},},,}},}}|}}}||||||||}||||||,||,,||||}|||||}.})}))})))},.,,}}}}))}}}|||||{.,....{{{{{(((({{..,,,|||||||},,}}}}},,..,,||{,,.,}})},)))},)),)))))))}})},.....}}}})}..,,|||||.,,..,,|}|||,,{|||....,},,,,,))))}))}.})))))))))))))))))(({{{..|,.{{{...,}})})...}))))}))))))),).)))).)))))))).))).)))..)))})))))),,.))))),...,)))}}..(((((((((({....((({,((||,.....))})))|||.}}})}}...((((((((((((..............((((.(((((....))))).))))((((((((((((((((((.,..,..,,.,....)))).)))))).(((((......))))}.,((((((.((((((((((.((((.((((,....,))))......)))).)))))).))))..))))))...,...{(.((....)).))...}|(((.(((((((......({......}}......)))))))..)))|((({..,))))))))))))....((((((.,,.((((((.........,.)))))),,.))))))......((((((.((((.{,.,,.{{{......))).}}.,,..)))).))))))...))))).)))))))....,.......((((....(((((((.(((.(((((((..(((((.........{{{{{{{{...........(((((((....))))))).,{{{{{{......,,,.})))))))))))).....))))))).))))))))))...)))).}))))))))))..|{((((.((({....((((.......))))..))))...)))))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199847.2 NCBI
GAGGCGGCGGCAGCGGCGGAAGCGGCGAGGGCGGCGGGCGUCCGGCUCU… 5659 nt 0.5195
NM_020429.3 NCBI
GAGGCGGCGGCAGCGGCGGAAGCGGCGAGGGCGGCGGGCGUCCGGCUCU… 5746 nt 0.5195
NM_181349.3 NCBI
GAGGCGGCGGCAGCGGCGGAAGCGGCGAGGGCGGCGGGCGUCCGGCUCU… 5668 nt 0.5194
Summary

This gene encodes a ubiquitin ligase that is specific for receptor-regulated SMAD proteins in the bone morphogenetic protein (BMP) pathway. This protein plays a key roll in the regulation of cell motility, cell signalling, and cell polarity. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms.[provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.