Basic Information

Symbol
SMYD3
RNA class
mRNA
Alias
SET And MYND Domain Containing 3 ZNFN3A1 ZMYND1 KMT3E Zinc Finger MYND Domain-Containing Protein 1 Histone-Lysine N-Methyltransferase SMYD3 SET And MYND Domain-Containing Protein 3 Zinc Finger, MYND Domain Containing 1 Zinc Finger Protein, Subfamily 3A (MYND Domain Containing), 1 EC 2.1.1.354 EC 2.1.1.43 BA74P14.1 EC 2.1.1
Location (GRCh38)
1:245749342-246507312
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001167740.2
Sequence length
1565.0 nt
GC content
0.4952

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-489.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -516.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 557.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001167740.2 NCBI
AGCCCGUGAGACGCCCGCUGCUGGACGCGGGUAGCCGUCUGAGGUGCCG… 1565 nt 0.4952
NM_001375962.1 NCBI
AGCCCGUGAGACGCCCGCUGCUGGACGCGGGUAGCCGUCUGAGGUGCCG… 1454 nt 0.4917
NM_001375963.1 NCBI
AGACCGCCAGCCUCCCUGCUGAGCAAGCAGGCAGCUCACAUCUUUUCAG… 1456 nt 0.4698
NM_001375965.1 NCBI
ACGCUGUCCACAUGCAGAGGCUCGCUACAGAAGCUACAGAAGAAGAUGG… 1130 nt 0.4673
NM_001375966.1 NCBI
ACGCUGUCCACAUGCAGAGGCUCGCUACAGAAGCUACAGAAGAAGAUGG… 1171 nt 0.4697
NM_022743.3 NCBI
GAGGUGGAUUUGAGAGAUACCUCCCCUCCUUCUGCUCAGCUGCCUUGCA… 1456 nt 0.4663
Summary

This gene encodes a histone methyltransferase which functions in RNA polymerase II complexes by an interaction with a specific RNA helicase. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.