Basic Information

Symbol
SNAP25
RNA class
mRNA
Alias
Synaptosome Associated Protein 25 SNAP-25 DJ1068F16.2 BA416N4.2 RIC-4 RIC4 SEC9 SNAP Resistance To Inhibitors Of Cholinesterase 4 Homolog Synaptosomal-Associated Protein, 25kDa Synaptosomal-Associated Protein 25 SUP Synaptosomal-Associated 25 KDa Protein Synaptosome Associated Protein 25kDa Super Protein DEE117 CMS18
Location (GRCh38)
20:10172395-10308258
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130811.4
Sequence length
2053.0 nt
GC content
0.4291

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-556.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -594.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 440.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001424416.1 NCBI
AUCUUUGAUGAGGGCAGAGCUCACGUUGCAUUGAAGACGAAACCUCGGG… 2289 nt 0.4452
NM_003081.5 NCBI
AUCUUUGAUGAGGGCAGAGCUCACGUUGCAUUGAAGACGAAACCUCGGG… 2053 nt 0.4267
NM_130811.4 NCBI
AUCUUUGAUGAGGGCAGAGCUCACGUUGCAUUGAAGACGAAACCUCGGG… 2053 nt 0.4291
Showing 11 to 13 of 13 entries
Summary

Synaptic vesicle membrane docking and fusion is mediated by SNAREs (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptors) located on the vesicle membrane (v-SNAREs) and the target membrane (t-SNAREs). The assembled v-SNARE/t-SNARE complex consists of a bundle of four helices, one of which is supplied by v-SNARE and the other three by t-SNARE. For t-SNAREs on the plasma membrane, the protein syntaxin supplies one helix and the protein encoded by this gene contributes the other two. Therefore, this gene product is a presynaptic plasma membrane protein involved in the regulation of neurotransmitter release. Two alternative transcript variants encoding different protein isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans developed an endpoint RT-PCR multiplex assay for organ tissue identification, where the SNAP25 was validated as a specific mRNA marker for brain tissue identification, showing expression in brain and spinal cord [Lindenbergh et al. DOI:10.1007/s00414-013-0895-7]. Another study in humans developed a massively parallel sequencing mRNA profiling assay, confirming the SNAP25 as a highly expressed mRNA marker for brain tissue identification with an average read count of 167,707 [Hanson and Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. A study in Sprague Dawley rats demonstrated that transgenerational effects of adolescent morphine exposure include sex-specific dysregulation of synaptic plasticity genes in the nucleus accumbens, where the SNAP25 was upregulated in male grandoffspring (F2) and downregulated in female grandoffspring compared to saline controls [Fair M. Vassoler et al. DOI:10.1016/j.neuropharm.2016.10.006].