Basic Information

Symbol
BASP1
RNA class
mRNA
Alias
Brain Abundant Membrane Attached Signal Protein 1 NAP22 NAP-22 CAP-23 CAP23 22 KDa Neuronal Tissue-Enriched Acidic Protein Neuronal Axonal Membrane Protein NAP-22 Brain Acid Soluble Protein 1 Brain Abundant, Membrane Attached Signal Protein 1 Neuronal Tissue-Enriched Acidic Protein Brain Acid-Soluble Protein 1
Location (GRCh38)
5:17065598-17276843
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006317.5
Sequence length
1807.0 nt
GC content
0.5429

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-614.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -641.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 572.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271606.2 NCBI
GCGCAACUCGUUUGCAGCGGCGCAGCCCAGACGCGCCUGCAGCUGGGGC… 1702 nt 0.5288
NM_006317.5 NCBI
AGUAGCGGCAGCGGCGACGACGGCGGCGGCAGCGCUCCAACUGGCUCCU… 1807 nt 0.5429
Summary

This gene encodes a membrane bound protein with several transient phosphorylation sites and PEST motifs. Conservation of proteins with PEST sequences among different species supports their functional significance. PEST sequences typically occur in proteins with high turnover rates. Immunological characteristics of this protein are species specific. This protein also undergoes N-terminal myristoylation. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode the same protein. [provided by RefSeq, Oct 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.