Basic Information

Symbol
SNRPD3
RNA class
mRNA
Alias
Small Nuclear Ribonucleoprotein D3 Polypeptide Sm-D3 SMD3 Small Nuclear Ribonucleoprotein D3 Polypeptide 18kDa Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D3 SnRNP Core Protein D3 Small Nuclear Ribonucleoprotein D3 Polypeptide (18kD)
Location (GRCh38)
22:24555957-24584044
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004175.5
Sequence length
3466.0 nt
GC content
0.4478

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1237.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1300.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 743.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278656.2 NCBI
AUUCGCUUGACUCACGCCUUCGCCGUAGCAUCUUUCGCAGCGGACCGAA… 3452 nt 0.4467
NM_004175.5 NCBI
AUUCGCUUGACUCACGCCUUCGCCGUAGCAUCUUUCGCAGCGGACCGAA… 3466 nt 0.4478
Summary

This gene encodes a core component of the spliceosome, which is a nuclear ribonucleoprotein complex that functions in pre-mRNA splicing. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in human tissues identified the SNRPD3 as a housekeeping gene with highly uniform and strong expression across 16 normal tissue types, proposing it for calibration use as an experimental control gene due to its low expression variance [Eisenberg and Levanon DOI:10.1016/j.tig.2013.05.010].