Basic Information

Symbol
SNX22
RNA class
mRNA
Alias
Sorting Nexin 22 Sorting Nexin-22 FLJ13952
Location (GRCh38)
15:64151713-64157481
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024798.3
Sequence length
3600.0 nt
GC content
0.5506

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1585.54 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1643.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_024798.3 NCBI
AGGGCUCCGAGCCGAGCGCGCGGAGCAGCUGGGGCCGGGGCGCGGAUGC… 3600 nt 0.5506
Summary

The protein encoded by this gene is a sorting nexin that is found in the cytoplasm, where it interacts with membrane-bound phosphatidylinositol 3-phosphate. The encoded protein may play a role in intracellular trafficking. Two transcript variants, one protein-coding and the other not protein-coding, have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

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