Basic Information

Symbol
SNX29
RNA class
mRNA
Alias
Sorting Nexin 29 RUNDC2A RUN Domain-Containing Protein 2A RUN Domain Containing 2A Sorting Nexin-29 FLJ12363 A-388D4.1
Location (GRCh38)
Forensic tag(s)
-

MANE select

Transcript ID
NM_032167.5
Sequence length
8173.0 nt
GC content
0.5218

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2930.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3074.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1845.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((.(((((....)))))(((((((((((((((((((((.((((((((((.(..(((((.(((.(((((((((.(((((...((........))..)))))(((.....(((((.....)))))....))).....))))))))))))((((((..(((......)))(((...)))((((((((....)))).))))...........(((((....(((((((.(((((((..(((((.(((((........)))...((....)).....(.((((..((((((((((...............))))))))))..)))).)...........))..)))))..))))).)).))))))).)))))..))))))..........)))))...).))))))))(((...))))).)))))))))))).................(((((((.....))....)))))..)))).)))))....))))))).((.((((.(((((((.(.(((((.(((.(((((((((.(((.(((((((.((((...((((((..((.(.(((((..(((((....((((((.((.((.((.......(((.(((((((((...(((((....)))))...))).))))))))).......)))).)))))))).((((..((((((....))))))..))))...((((((((((...)))))..((((........))))((((((((((...(((((((((..(((....)))...(((.(.(((((((((.(((........))).))).))...(((.....)))..)))).)))).............((((((...........))))))..)))))))))))))).))))).....((((((((((((....))))))....((((((((((.(.((.(((.....))).)).).))))))))))........)))).)).......((((....))))...))))).)))))..))))).).))..).)))))......((((((((((......))))))))))(((...))).....(((((((.....))))))).(((((.(.(.(((((((.......(((((.((........)))))))(((..(((((....(((((..(((((......)))))..((((((((.(((((((((((((....(((((........)))))....))...)))))........................)))))).)))))))).((((((.....))))))......)))))....((((((((((..((((((.(..(..((((((((..(((...((.(((..((((.((((...........)))))))).)))...))..)))...))))))))..).)))))))..((((((((.((((((((((.(((((((((....((((((((((...(((((...)))))..(((((((..(((((((((((((((((.((((..((..(((((((((.......))).))))))..))((((((((((((((..(((.....(((((....))))).....)))..))))))))......(((((((........(((((((.((((.((((((...((((((..(((.((((.(((((.((...........)).))).))......((((.(((((((((.((.....((((((..((((((..(((((((.(((((((((((((((...((.((((((..........(((((...((((.((.....)))))).))))).(((..((....)).))).((((((((((.(((.((..(((((.....)))))..)).))).))((((((((((((((...)).)))..))))).))))....((((((.......))))))((.(((.((((((((((((((((.(((.....(((((.((((((((((....)))).)))))))))))...)))...)))))))))).....(((((((((((((..((.....))..))))....(((.....))).(((.((((....(((((......((((........(((((((((...))))))))))))).......(((((.((((((.((.......(((....)))..((((((((....)))))..)))..((((((.((((((..(((..(((....)))....)))...)))).)).))...))))...)))))))).))))))))))....))))...))).......)))))))))))))))))).)).)))))).))......(((....)))....)))))).))..)))))))))))))))........)))))))(((.((.....)).)))...((((........))))........(.((((((((....)))))))).)..((((.((.((.((((..(.(((((....((.......))....)))))...)..)))))))))))))))))))))))).........((((((((((((((((((((.....(((((...(((.(((.((((((((((((...(((((((((((..(((.((....(((....)))((((((((((...))))).(((((((.(.(((........))).).))).))))..(((.....))).((.((((.(((((.......))))))))).))....))))).......((((..((((((((((...(((((((((((((((((...)))).))))))))))))).....((.((.((((((((((((..(((((..(((.....((((.(((((....)))..)).))))(((((((((((((((((((..........)))))))....((((((((..(((..........)))..)...))))))).(((((......)))))...))))))))))))((((((((((((((((((((((...)))))))))..(((((............((((((((.....((((.((((((.(((.(((...(((....))).......)))))).)))).))..)))))))))))))))))....((((((...))))))))))).))))))))((((((((..(((((.......(((.((((((((((((((.((((.....)))).....))))))....)))))))))))......))))).)))))))).........)))..))))).)))).)))))))).)).))...((((........))))(((((((.(((.(((((....(((((((.(((..((....))))))))))))...))))))))))))))).....(((((((((((((((((......(((.....))).....)))))...................(((.......)))..((((...))))((((((((((((.........).))))))..)))))((((((((.((..(((((.(((((((((.(((((.((((((.((((((...((((((.((((.((.....(((((.....))))))))))))))))).((((((((......))))...))))...((....)).(((((((((((.((((....((((.(((((((.(((((((((((((......((((((..((((((((((...(((.((((((((((((.((((((((((((((((((((...)))))).)))))))).))))....(((((((...((((((((((((((..((((.....(((((((.(((((...(((((((..(((((((.((((.((((..............)))..).))))..)))))))..)))...((((((((........(((......)))(((((((.........)))))))))))).)))....)))).((.((.((.((((((((...)))))))).)).)).)).........(((((....((((...((.....(((((.......)))))))...))))....)))))((((((((((.((..(((((..(......)..)))))(((((((.(((((((((((((..........))))))(((((.(((((..(((((....(((....)))...)))))....)))))))))))))).)))))).))))........)).)))))))))).....((((((...(((((((((((((.((.(((....(((..((((....)))).)))...)))))))))((((..(((((((((.....((((..(((((.(((((((((.(((.......))).)))))..))))))).))..))))..)))))))))..)))).((((.((((...))))..))))(((.....)))..((((....)))).((((((....(((.(((((......)))))..)))))))))......)))).)))))))))))))))))))))))))))..))))))).....)))))))..((........)).(((((((.(((.(((....))).)))....((((.....))))((((....((((...........))))...))))......(((((((((((((...............))))).)))))))).(((((((....((((((((.......))))))))....))))))).....)))))))......(((((((((((((......))))(((((.((((((((((((..((((((...))))))..))...))))))))............)).)))))...(((......)))(((....)))))))).))))....))))))).....)).))))).....)))..)))).)))..))))))).....)))((((((......))))))....(((((....(((((((.....((((((........((((((......((((((.((((((....)))).)))))))).(((((((((........((((((........)))))))))))))))...))))))....)))))).....))))))))))))......)))))).............)))))))))))))...)))))))...))))))))...))..)))))))))...(((((..............)))))(((((((....(((((.(((.....)))...)))))....)))))))...........((((((...............)))))).......((((((((.(((........)))...))))).))))))))).)))))).))))).))).)))))))))))....)))))))))).....(((((........(((((((((...((((((((((.(((...))).))))))))))...(((((((..(((.............)))))))))).((.((((((..((...((.(((((..(((((((((((...))))))).....((((((((......))))))))..((....))....)))).))))).))..))..)))))))).)))))))))((((((((....(((((((((..(((.......(((((((.((....(((((((....((((((((.(((((......((.(((((...(((........((((.((((....)))).))))..(((((............))))).((((..((((.......))))))))(((((((((((..((.....))..)).)))).))))).......))).))))).))......))))))))).)))).....)))))))...))))))))).....(((((......)))))...))).)))))))))...)))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))).((((((.....))))))(((((((((....)))))))))(((((..............)))))..)).)))..))))))))......))).((((......)))).....))))))))))))........))).))).)))))....(((....)))...)))))))))..........(((((((......(((...(((((....(((((((...(((....))).)))))))..(((((...))))))))))...)))...))))))).(((.(((((....)))))..))))))))))))))))))))))..))).))))((((.....)))).....)))).))).))))))..))..)))))))).))))))))))))))..)))))).(((((((...)))))))..((((....((((..((((.....)))).))))...))))....((((((.....)))))).)))))))))))))............))))))))................((((((((.((....))...))))))))(((((..((((......))))...)))))...((((((((((((.(((.((((((...(((((((((.......(((((((((...((((.........))))...((((((...(((((.......)))))..))))))..)))))))))(((((......)))))....)))))))))........(((..((((((((((((((((((.....(((((.((.((......)).)).))))).....))))))))).....((((....)))).)))).)))))...))).......((((.((((....)))).)).)).........)))))).......(((((((......))))))).((((((......)))))).........))).))))))))))))...)))))))...............(((((..(((((...(((((.((((.....(((....)))..))))..)))))...))))))))))...((((..(((((.((.......)).)))))))))..))))))))))..((((((((.(((...(((((..(((.....)))...)))))...)))...))))))))..((((.........))))((((.....))))...........))))))))).((((........)))).......(((((...)))))...((((((.((((((.......)))))).)))).))........))))(((.(((((((...((((......))))...)))))))))).))))))..))))))))...((((((((.((((.(.((....)).)))))))))))))..(((((......))))).(((((((..........))))))).......))))))))))....)))))))).(((..((((.(((((((((.((((((((........(((((((...........(((((.(((((...........))))).))))))))))))......((((((((((...((((((.(..((...((((.......))))....))..).)))))).....))))))...))))))))))......(((((........))))).)).)))))))))....))))..))).))))))).).))))))....)))).)))))))))).)))))))))..(((...)))(((((((.((........))))))))).........))).)))))).)))))))..)))).)).(((((((((((..((((....))))..)))....))).)))))..((..((((......))))..)).(((......((((.((.((..(((((((((....))).))).)))..)).)).))))...)))..(((((((((.(((..((((((((...........)))))))).)))...))))).)))).........(((((((((((..((((((...(((((.((((((((((................)))))))))).)))))...(((((....)))))...(((((((.......))))))).)))))).))))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((.{((((....))))|(((((((((((((((((((((.((((((((((.(..(((((.(((.(((((((((.(((((...({........}}..)))))(((...{.(((((.....))))),...))).....))))))))))))((((((..{(({{...,|}|{((,||}},((((((((....)))).)))),,|,..||,,,{{{{|.{..(((((((.(((((((..((((({({(({...,,,,.}|}.,.{(....||,....{.((((,.((((((((((....,......,...)))))))))),.}))).}.,..|,}...,},}.)))))..))))).)).))))))),)))))..))))))..,.......)))))...).))))))))(((...))))).))))))))))))...............{.(((((((.....))....))))).})))).)))))}}..))))))).(,.(({{.(((((((.(.({{{{.({{.(((((((((.(((.((((({{{(((({...,.,||,|||{(((((({.,,,,,.,,(((((((({{....,}}}.,,.,,|||,{,{{(((((...(((((....)))))...)))))))))))))....{{((((((,{((.....))))),|))))}{{{{.{||||{{{{|||,,|||||,{(({{(,{,{(({(((((.,,.,,{,}}}}((((((((((...(((((((((..(((....}}}...(((.{.(,{{{(,{{,|((,|.,,|..,}}.}}}.}},,,|||.....))}..,,)).))))..........,,,..(((.....},,..}}),,}}},.)))))))))))))).))))).,((((({{..((((((....)))))),{{,((((((((((.(,((,(((,,,..}||,|}.},|}}|}}}}}}....,,..{(({(({(({,...((((....)))){{.{{(((...)),.}),})|,,,||..,{|.{{{......((((((((((......)))))))))).,,...)))},.},{((((((.....))))))}.,.,|}}}..)))))}|........(((((.((........))))))).,|..||..|}.,{(|(((..(((((......)))))..|||{|||{.((({{,,,|||{|.,..|||||,......})))))}}}},)}}})}),)}}}}....}.}}}}}{{{{.....,,,,,),))}}}}))}||||||}},.})))}},{|....))}||..,.|||,{{(((({((,{{({.{,{{,,|.(((({(,.|||}}}},,{|,.,||((,((((.({...,{.|{||||}}.,.)}))))})).}),}},)))))))),},..||||||.,||||||||,|||{{|||||||,((({,{,....||{,,{|{,,.},||||}}}},)))},,},,|||}}}|.(((((((((((((((.((((..((..(((((((((.......))).))))))..))((((((((((((((..(((.....(((((....))))).....)))..))))))))......(((((((..,,,,,.(((((((.((((.((((((...((((((..(((.((((.,{({{.{{...........}}.|||.||.,,|..{(((.(({((((({,((.....((((((..((((((..,{{{{((.(((((((((((((((...((.((((((..........,((((,,,{((({((.,,.,|||},|{|||||.,,.......,{{({{{,.{{,{(((,.,.{{{,,{|{{||({...,|}}})),..}||)}|}||||{((((((((((...}}.}))..))))).})}}},,.||||||}}}}}.}))},,|((,((,{((((({((((((((((.{{(,,,,.(((((.((((((((((....)))).)))))))))))...,)),,,)))))))))).....||{{{|||||{{{,}||,,}}}))}}||||{...(((,,...|}}.,,,.,{((||,.({(({,{..{{({((,.......(((((((({...}))))))))})}},,...,,{((((.(((({{{((.......{{{....,}}..{{,(((((....)))))..},}..{(((({.({((({..(((..(((....)))....)))...)))).)).))},.},,,...)))))))).)))))}))}).||,}}}}..,||......}}}))),))))}}}}})}}}.})))))),,)))))..{,{((....)))}...)))))).))..))))))))))))))}.....,,,,|}},|,(((.((.....)).)))...{{({.,,.....)))}........{.((((((((....)))))))).}..(((,.{(.((.((((..{.(((((....{{.,....,})....)))))...}..)))))))))))))))))))))))).........((((((((((((((((((((,{{.,(((((,{{,,,.,({.((((((((((((....,,((((((((..(({.({....{{,....,}},,,,,(((((...))))).(((((((.(.{((,,,....,))).}.)))}})))..{((.,,..|||.((.((((.((((({....,.))))))))).))....)))))||.||..((((..((((((((((...{((((((((((((((({...}))),})))))))))))}.....((.((.((((((((((((..(((((..(((.....((((.(((((....)))..)).))))(((((((((((((((((({,...,,,,..}})))))..|||,||,{{,.,(((,.........},,.....}))))),,.{{|{{......})))),,.))))))))))))(((((((({((((((((((((({{({,,,,,.})}.||},|,}}}}.,,....(((.,,,|}}...||(({(,(((({{((,(,(,...(({.{({|,...,}))})))}}.}))}}})},))}},,,))))))))).....{(((((...))))))))))).))))))))((((((((,.,{{((,.{....(((.(((((((((((((({((((.....)))),},..})))))....)))))))))))....}.))))).)))))))).........)))..))))).)))).)))))))).)).))...((((........))))(((((((.(((.(((((....(((((((.(((..{,....),))))))))))...))))))))))))))).....((((((((((((((((({{{...,,,.....,))},...}))))...................(((.......)))..((((...))))|((((((((((..,,......).))))))..))))|((((((((.({.,(((((.(((((((((.(((((.((((((.((((((.,,((((((,((((.((.,...{{{{{....,))))}}}}))))))))}.((((((((......))))...)))).,.((....)),((((((((({{.{{{{....((((.(((((((,(((((((((((((......,,,,(({,({.(((((((...,((.((({((((((((.{{{{((((((((((((((((...)))))).)))))))),}|||,...(((((((...((((((((((((((..(((({....(((((((.(((((.(((((({((.,(((((((.((((.{(((..............)}}.,|.))))..)))}))}.,}}},.}},}}.)||}}}((((((({({....|||(((((((.........))))))){{{..........))).,||,{|,||.{(((((((...)))))))|,|,.,,}))....................)))))))....((((((.......))))))(((((((({,({(((({{((.......))))))))),.((((((..((...((.(((((((.(((((((((((((..,,....,.))))))(((((.(((((..(((((....(((....)))...)))))..,.)))))))))))))).)))))),}))).))...))..))))))...,,......,,((((((({(.((((.((((.((.(((....(((..((((....)))).)))...)))))))))((((..(((((((({...,{((((..(((((.(((((((((.(((.......))).)))))..))))))).))..)))).,)))))))))..))))..,{{.((({...))))..)}))))}}}.}))))))((((....)))).((((((....(((.(((((......)))))..))))))))).........,...})))))))))))))))))))))))).,))))))).....)))))))..((....,.,.}}.{(({{{|,(((,({{....}}}.,,,....{(((.....)))}((((....((((.,,....,,..))))...))))......(((((((((((((...............))))).)))))))),(((((((....((((((((.......))))))))....)))))))|....,))))}}......,((((((((((((......))))||{,(.,{({(((((({{..((((((...))))))..))...)))))))).,..........||{|,|||...((({{....,,)|,|}}..,,,)))))}),))}}},))))))).....)}.))))).....))).,))}},)},..))))))).....}}}{(((({......})))))....|{{{{,...{((((((...,.((((((...,,{,,((((((......{{((((,(({(({....,,,).)))))))).(((((((((........((((((........)))))))))))))))..,}))))),...)))))}.....)))))))}|}||,.....}}}}}},,}}}..,,,,,.))))))))))))),..)))))))...))))})))...,,..)))))))))...(((((..............)))))(((((((....(((((.{((,....)))...)))))....))))))),{{{..,..,.((((((...............)))))),,,,}}.((((((((.(((.,,...,})))...))))).))))))))).)))))).))))).))),}))))))))))....)))))))))),....(((({........(((((((({{{.((((((((((.(((...))).))))))))},,}.(((((({..(((.............)))))))))).{{.((((((..(({.((({(((({..,{{((((((((...)))))))}.,..((((((((......))))))))...,.,,.},.....)))})))).}))..,,..))))))}},)))))))))((((((((....(((((((((..{((.,{,,,.{{{({(({{{.,..{(({{({,..,({(((({{.(((((......,,{(((|,...|||}....,|}|.}||||||,|.({{|,..}))}|{{(({{...{{{{{{{{|,,||(((({,{(((((......))))))||((((((((({(,,({.....}},,)).)))).)))))....,,{|||{}||||{,|......)})))))}))))),....,)))})),.}})))))))}),,...|{|||}.....}}))),..))}.)))))))))...)))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))).((((((.....))))))(((((((((....)))))))))(((((...,,,....,,,.)))))..)).)))..))))))))......,||.((((......)))).,...)))))))))))),}....,,}})})),,),))).,..{{{....}))...))))))))),.,....,,|(((((((......(((...(((((....(((((({,{||||....},)}))))))}..(((((...})))))))))...)))...))))))).(((.(((({....}))))..))))))))))))))}}))))))..))).)))}((((.....)))).....)))).))).))))))..))..)))))))).)))))))}))))))..)))))).(((((((...)))))))..,,...,..,|{||||((({{.((({||(((((.........)))))))))).)})))}},.)))))))))))((((((((,...(((..(((((((((({((((((...(((,(((((.((((............(((((((({{{{((.{.{(((((((..........((((((((((((.(((,(({{,,...(((((((((.,.....(((((((((...((((.........))))...((((((...(((((.,....,)))))..))))))..)))))))))(((((......))))).,,.}))))))))........{((..((((((((((((((((((.....(((((.((.((......)).)).))))).....))))))))).....((((....)))).))))}}})))...))}.,{{{{,{{((.,{{,....,}},.||.,.,}},.,,,,}}}|||||....,(((((((,....,))))))}.||||||....,,))})))........,))).)))))))))))).{{{.|{|.,.|,.{((.........}}}.,,...}}}.}||{{,....,......(({...((((((({((({.{(({{{{{{(((((..,{,||||.,((({(.((,,.,,..}}.)))))))}},,}}}||},}}}},((((((((.(((...(((((..(({.....}}}...)))))...)))...)))))))).,{,{{.,|,,....})))((((,...,)))),{,,{{,....,,}}},})}}|,,,...})))))))}.......(((((...)))))...{(((((.((((((.......)))))).)))).)}...,,....}}|(({{,{((({{...,|||..}}}}),,)}}},,))))))))}))))))))))|||((((..((((((((.((((.(.({....}).))))))))))))).)))).},||||,{{.((((((((((..........))))))}}))),))}}}))))))))))......(((((........((((......))))(((.(((......(((((((...........(((((.(((((...........))))).))))))))))))......))))))))))).}}))|}))))}))}.))))))}..........,{{{...((((........)))).))}......||||,,......,}}..))))))))))))))))))))))..,...,((((..........))))}..))))))))..}}}}.}))))))))).)))))))))..(((...)))(((((((.({........)})))))))..,,.,,,,|}}.)))))),)))))))..}))).}|.(((((((((((..((((....))))..)))....)))}}))))..,({{((((......))))..))|(((......((((.((.((..((({(({((....))),,)).)))..)).)).))))...))).,{{{,(((((.(((..((((((((...........)))))))).))).,.))))).,}},.........(((((((((((..((((((...(((((.((((((((((....{,......},..)))))))))).)))))...(((((....)))))...{((((((.......))))))).)))))).))))))))))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
GUCUGGAGCUCGGCAGCCGCAGAAGCGGCAGCGGCGGCGGCGCGGCGCA… 8173 nt 0.5218
Summary

Predicted to enable phosphatidylinositol binding activity. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.