Basic Information
Symbol
SNX3
RNA class
mRNA
Alias
Sorting Nexin 3
Grd19
Sorting Nexin-3
Sorting Nexin 3A
Protein SDP3
MCOPS8
SDP3
Location (GRCh38)
6:108211222-108261255
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_003795.6
Sequence length
1535.0 nt
GC content
0.4124
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-416.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-448.46 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
355.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCA… | 1410 nt | 0.4113 | |
| CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCA… | 1469 nt | 0.4023 | |
| CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCA… | 1535 nt | 0.4124 | |
| CUCUUCGCGACCGCUGCGCGCGAGCCCCGUGUCCCCACGGCGGGCAGCA… | 1439 nt | 0.4156 |
Summary
This gene encodes a member of the sorting nexin family. Members of this family contain a phox (PX) domain, which is a phosphoinositide binding domain, and are involved in intracellular trafficking. This protein does not contain a coiled coil region, like most family members. This protein interacts with phosphatidylinositol-3-phosphate, and is involved in protein trafficking. A pseudogene of this gene is present on the sex chromosomes. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2014]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.