Basic Information

Symbol
SNX7
RNA class
mRNA
Alias
Sorting Nexin 7 Sorting Nexin-7
Location (GRCh38)
1:98661672-98760504
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015976.5
Sequence length
1736.0 nt
GC content
0.4119

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-505.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -539.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 420.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001364903.1 NCBI
GCACUCUCGGGAUGGAGGGCGAGCGCCGGGCAUCGCAGGCGCCCUCCUC… 1856 nt 0.4122
NM_015976.5 NCBI
GCACUCUCGGGAUGGAGGGCGAGCGCCGGGCAUCGCAGGCGCCCUCCUC… 1736 nt 0.4119
NM_152238.4 NCBI
GCACUCUCGGGAUGGAGGGCGAGCGCCGGGCAUCGCAGGCGCCCUCCUC… 1571 nt 0.4169
Summary

This gene encodes a member of the sorting nexin family. Members of this family contain a phox (PX) domain, which is a phosphoinositide binding domain, and are involved in intracellular trafficking. This protein does not contain a coiled coil region like some family members, and its exact function is unknown. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 11. [provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the SNX7 was upregulated during long-term weight loss (0 to 12 months) in weight losers within subcutaneous adipose tissue [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].