Basic Information

Symbol
SP1
RNA class
mRNA
Alias
Sp1 Transcription Factor Transcription Factor Sp1 Specificity Protein 1 TSFP1
Location (GRCh38)
12:53380176-53416446
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138473.3
Sequence length
7680.0 nt
GC content
0.4486

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2321.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2467.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2209.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001251825.2 NCBI
ACCCCCCCCUCCCUGUCCGGUCCGGGUUCGCUUGCCUCGUCAGCGUCCG… 7536 nt 0.4464
NM_003109.1 NCBI
AGGCCCCGCCCGGGCCAACCGCCUGCCUGGUCCGCCCUCUGACCAAGAU… 7614 nt 0.4454
NM_138473.3 NCBI
ACCCCCCCCUCCCUGUCCGGUCCGGGUUCGCUUGCCUCGUCAGCGUCCG… 7680 nt 0.4486
Summary

The protein encoded by this gene is a zinc finger transcription factor that binds to GC-rich motifs of many promoters. The encoded protein is involved in many cellular processes, including cell differentiation, cell growth, apoptosis, immune responses, response to DNA damage, and chromatin remodeling. Post-translational modifications such as phosphorylation, acetylation, glycosylation, and proteolytic processing significantly affect the activity of this protein, which can be an activator or a repressor. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2014]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.