Basic Information

Symbol
SPAG9
RNA class
mRNA
Alias
Sperm Associated Antigen 9 JIP-4 PHET CT89 JLP Cancer/Testis Antigen 89 Sperm Surface Protein KIAA0516 SYD1 HLC4 JIP4 PIG6 HSS C-Jun NH2-Terminal Kinase-Associated Leucine Zipper Protein Mitogen-Activated Protein Kinase 8-Interacting Protein 4 C-Jun-Amino-Terminal Kinase-Interacting Protein 4 JNK-Associated Leucine-Zipper Protein Human Lung Cancer Oncogene 6 Protein Protein Highly Expressed In Testis Proliferation-Inducing Gene 6 JNK/SAPK-Associated Protein JNK Interacting Protein Lung Cancer Oncogene 4 Max-Binding Protein Sunday Driver 1 MGC117291 MGC14967 MGC74461 FLJ13450 FLJ14006 FLJ26141 FLJ34602 HLC-6 C-Jun N-Terminal Kinase Protein-Associated Leucine-Zipper Protein Proliferation-Inducing Protein 6 Sperm-Associated Antigen 9 JNK-Interacting Protein 4 Sperm Specific Protein Sperm-Specific Protein HLC-4 Protein MAPK8IP4 HLC6
Location (GRCh38)
17:50962174-51120926
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001130528.3
Sequence length
8276.0 nt
GC content
0.4217

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2579.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2740.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2216.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130527.3 NCBI
GGCAGUUGGUGCAGCGGCGGUUGGGGUGAGAGCGCCUACGCCACCCCUC… 8246 nt 0.4215
NM_001130528.3 NCBI
GGCAGUUGGUGCAGCGGCGGUUGGGGUGAGAGCGCCUACGCCACCCCUC… 8276 nt 0.4217
NM_001251971.2 NCBI
GCAUAAAUGCUAGGAGCAGCAGCUCUAUGGUUAUGAGGUGGGGAGAACG… 7850 nt 0.4093
NM_003971.6 NCBI
GGCAGUUGGUGCAGCGGCGGUUGGGGUGAGAGCGCCUACGCCACCCCUC… 8234 nt 0.4213
Summary

This gene encodes a member of the cancer testis antigen gene family. The encoded protein functions as a scaffold protein that structurally organizes mitogen-activated protein kinases and mediates c-Jun-terminal kinase signaling. This protein also binds to kinesin-1 and may be involved in microtubule-based membrane transport. This protein may play a role in tumor growth and development. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.