Basic Information

Symbol
SPARC
RNA class
mRNA
Alias
Secreted Protein Acidic And Cysteine Rich BM-40 ONT ON Secreted Protein Acidic And Rich In Cysteine Basement-Membrane Protein 40 Osteonectin Secreted Protein, Acidic, Cysteine-Rich (Osteonectin) Cysteine-Rich Protein SPARC OI17
Location (GRCh38)
5:151661096-151687352
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003118.4
Sequence length
3451.0 nt
GC content
0.4639

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1038.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1108.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001309443.2 NCBI
AGACUGCCCGGAGAGCGCGCUCUGCCUGCCGCCUGCCUGCCUGCCACUG… 3448 nt 0.4637
NM_001309444.2 NCBI
AGACUGCCCGGAGAGCGCGCUCUGCCUGCCGCCUGCCUGCCUGCCACUG… 3449 nt 0.4639
NM_003118.4 NCBI
AGACUGCCCGGAGAGCGCGCUCUGCCUGCCGCCUGCCUGCCUGCCACUG… 3451 nt 0.4639
Summary

This gene encodes a cysteine-rich acidic matrix-associated protein. The encoded protein is required for the collagen in bone to become calcified but is also involved in extracellular matrix synthesis and promotion of changes to cell shape. The gene product has been associated with tumor suppression but has also been correlated with metastasis based on changes to cell shape which can promote tumor cell invasion. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that mRNA levels of the SPARC, a marker for osteogenic differentiation, in differentiated osteogenic cells from adipose-derived stem cells (ASCs) were not significantly different between burned and non-burned animals, indicating that the osteogenic differentiation potential of ASCs was unaffected by severe burn injury [Prasai et al. DOI:10.007/s12015-017-9721-9].