Basic Information

Symbol
SPP2
RNA class
mRNA
Alias
Secreted Phosphoprotein 2 SPP24 Secreted Phosphoprotein 2, 24kDa Secreted Phosphoprotein 2, 24kD Secreted Phosphoprotein 24 SPP-24 Spp-24
Location (GRCh38)
2:234050617-234079344
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006944.3
Sequence length
1021.0 nt
GC content
0.4525

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-309.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -330.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 243.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006944.3 NCBI
AGUGUUUGAUAAAGACAGCUCCUCUUAGGAAGAACUGUCAUCCCCAAAC… 1021 nt 0.4525
Summary

This gene encodes a secreted phosphoprotein that is a member of the cystatin superfamily. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in human cadaveric liver tissues demonstrated that the SPP2 is one of eight liver-specific gene biomarkers used in a targeted massively parallel sequencing (MPS) assay for organ tissue identification, with the assay successfully identifying liver as the tissue source in all 27 analyzed samples with 98–100% of sequencing reads mapped to these biomarkers [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-020-63727-9]. A review of forensic transcriptomics confirms that the SPP2 is an established mRNA marker used in targeted MPS assays for the specific identification of liver tissue, which is part of high-resolution applications for body fluid and tissue identification in forensic genetics [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102486].