Basic Information

Symbol
SPTBN1
RNA class
mRNA
Alias
Spectrin Beta, Non-Erythrocytic 1 Fodrin Beta Chain Beta-II Spectrin Spectrin Beta Chain, Non-Erythrocytic 1 Spectrin, Non-Erythroid Beta Chain 1 SPTB2 Beta-Spectrin Non-Erythrocytic 1 Epididymis Luminal Protein 102 Spectrin Beta Chain, Brain 1 Embryonic Liver Beta-Fodrin Beta-Spectrin II Beta-G Spectrin Beta-Spectrin 2 Beta-Fodrin BetaSpII DDISBA HEL102 ELF
Location (GRCh38)
2:54456288-54671446
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003128.3
Sequence length
10211.0 nt
GC content
0.5031

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3431.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3609.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2673.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003128.3 NCBI
AGUCCCUCCCUCGGCCGCCUCUCCUCCCGGAGCGAGCGCGCAGCCCUGC… 10211 nt 0.5031
NM_178313.3 NCBI
AGCUGGGAGGAGGUGUGCGCGCUGCGCCCGCGAGCUCCCGGGCUCGGCA… 9086 nt 0.5008
Summary

Spectrin is an actin crosslinking and molecular scaffold protein that links the plasma membrane to the actin cytoskeleton, and functions in the determination of cell shape, arrangement of transmembrane proteins, and organization of organelles. It is composed of two antiparallel dimers of alpha- and beta- subunits. This gene is one member of a family of beta-spectrin genes. The encoded protein contains an N-terminal actin-binding domain, and 17 spectrin repeats which are involved in dimer formation. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the SPTBN1 was identified as a high-confidence gene in common between mice and humans within the top 10% of genes related to lifetime alcohol consumption [Farris et al. DOI:10.1038/Mp.2014.159].