Basic Information

Symbol
SSR1
RNA class
mRNA
Alias
Signal Sequence Receptor Subunit 1 TRAPA Translocon-Associated Protein Subunit Alpha Signal Sequence Receptor Subunit Alpha Signal Sequence Receptor, Alpha SSR-Alpha Translocon-Associated Protein Alpha Subunit Translocon-Associated Protein Alpha SSR Alpha Subunit TRAP Alpha TRAP-Alpha
Location (GRCh38)
6:7268306-7347446
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003144.5
Sequence length
9661.0 nt
GC content
0.4055

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2974.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3151.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2720.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...(((((((((((((((...((..(((((.(.(.(.(((...(((..(((((.(.(((((.(((..(((((((((...(((....)))....))..)))))))......................))).))))).)))))).)))))).)).).)))))....))))))))......(((...(((((((((((..(((((..((..(((((...(((((.((.((((...((((((((((((....(((((((...(((((.((..(((((.((....(((((((((((.(((((((((((((........))))))......))))))).))....(((((((....(((((....))))).)))))))...((((((((((((((((((.............(((((...(((..((((....))))..)))...)))))...(((..........))))))))))...........))))))))))).)))))))))...........((((........(((((((..((((...(((((.....((((((((((.(((...((((((..(((((.......))))).((((((((((((.....((((.(((.(((..((((((....))))))))))))))))....)))).)))..))))).((.(((((.....((.(((((((.....))))))).)).....))))).))..(((((.((((((((.....(((((......))))).........)))).)))).))))).((((((.............))))))((((((........)))))).(((.(((((((.....(..(((((.((((...(((........((.((((.....)))).))((((.......)))).......(((((.....)))))..)))...)))))))))..).....))))))))))..........))))))...........)))))).))))))).)))))))))..))).)))).........)))).)).))))).)).)))))....((((..(((((((((.((((((..(((((((((..(((((((((((.(((...................((((((......))))))...........))).))))).))))))....((((....(((((...)))))..))))((((...........)))).((((((((((((((((...((((((.((((((...........))))....((((.((((......)))).))))((((((.(((.......))).)))))).....((((((((.(.((((((((((......)))))))))).).))))............)))).....(((((......)))))..)).))))))...)))))))))))))))).(((((((......))))))))))))))))..)))))).))).)))))).))))((.....)).))))))).....))))).....)))))))((((..(((((((..((((((........((.((((((.((...((((((((...............................((((((....)))))).......((((.((.....)).)))).(((((.(.(((..((((((((((..(((.((....)))))..))))))))))...((((((((.(((......))).)))))))).....(((((((..(.(((((((...))))))))..)))))))(((..((((((...)))))).)))..))).).)))))...))))))))..)).))).))).))))))))...)))))))....)))).......(((((((...((((((...............))))))..)))))))..........((((.((((((((.(..((((((............))))))..).)))))))).))))....))))..)).)))))...)))))......))..))))).))))).....))))))...))))))))))))..)).((((.((.......((((((((..((.(.((((((((.(.(((.(.((.((....(((((..((((((((((((((((...((.(((((.((((..((((((((..(..((..((((((.((((.((((((((.(((((........))))).....((((.(((((((..(.(((...(((((((((.((((((..(..((((((((.....(((((((((..........((((((...(((((((.........(((.......(((((((((...(((((((((((((((.....(((((((((......((((..........))))...((((((((.............((((....((..(((((.((((((.....((.........)).....)))))).)))))((((((...(((((((((((((((..(((...(((((...))))).(((((..((((((((((((((((..........)))))))))).((((((((((...)))))(((((((((((...))))).))))))........)))))......(((((.(((((..(((((((...........((((((.....))))))..........(((((....(((((....((.......((.((((((((...(((((...)).))).)))))))).))...))..))))).....)))))))))))).)))))))))).....((((((.((.(......).)).)))))))))))).)))))......((((((((..........(((((..((((((.((((((................(((((.((((.....)))).)))))(((.(((.(((....)))))).)))..........((((((...)))))).((((((((.((...((((((.((((.(((((...))))).)))).))).......(((((...(((((.((((((((.....)))))))).)))))...))))))))..)).)))))))).(((((((......))))))))))).)).))))))..))))))))))))).....((((...((.......))..))))..(((((.(((((......(((.......(((.((((.......(((((((.((((.(((((((((((((((..(((((..(((..((..(..(((((.(((.(((..(((........)))))).)))..)))))..)..))..))))))))...)))))))).....((((((((((((..(((((...(((((.((((.((((.....((((((((.....((((((((.......................(..((((((((((((((((((((((((...(((....((((((((((((((.(((..........((((((((((((((((.....(((((..(((((((....((((((((..(((((((((((.((((((((((...)))))))))))))))).............)))))..))))))))......)))))))..)))))...((((((((..((...((((........))))..........))..))))).)))......((..((((.((((((((.((....(((((.....)))))....)))))).)))).))))..)).))))).(((((((........)))))))........((((((((........)))))))).))))))))))).))).)))))))).......))))))....)))...)))))))..(((((.(((((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((.((((((((((((..((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((.((((((((((....((.((((((.(((((((((((((((((((.((((((....((((((((((((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.....)))))))...........(((((.((......((((...(((((.(((((....((((((((...(((((...((((((..((.....(((((((((((((.(((((((.(((.((..............)))))))).))).).)))..))))))))))........))..))))))....)))))..))))))))(((((((((....((((((.....)))))).((((((((((...))))).)))))...........(((((.(((.(((((((.......(((((((((((((((((...(((((((((((((((.(((.((....)).)))..)))))))..))))))))....))))...)))))...)))))))).(((((((((((((((((.((.((((.((........))))))))...(((((((.........(((((.....(((.....)))...))))))))))))...............(((((((.(..(((....)))..))))))))...(((((((.((((...))))))))))).....))))))))))))).)))).((((((((((((((((...))))))))...............(((((.(.(((((...))))).))))))(((((((.....(((....))).......)))))))(((((.....(((((((...(((((........))))).........))))))).(((((...............)))))(.((((........)))).)...)))))......(((((...((((((.............)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))..((((..(((((...((((((....)))))).)))))..))))..)))))))))..........(((..(((((((((((((((((.((......))))))))))))...)))))))..))).(((((...)))))..)))))..)))))))))......)).)))))((((((....))))))...(((((...........))))).......(((((((....(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((.((((((((..((.(((((((.(((((((((((.((((.(((((....(((((((((...(((((..(((.(((...((((..(((((((...(((.(((...((((((...((((...(((((............(((((...))))).......((((((.(((((((((((((.....))))))))).(((......((.(((.(((((((((((.(((.(((((((((((((((...((((....(((((......)))))..(((....))).((((((((..(...((((..((.....))...))))...).))))))))((((((..(((((.((((((((...((((((((.....((((((........)))))).....)).)))))).....))).))))).))))).........)))))).....))))))))))))).......))))))..)))))))))))))).)).).))......))))))).))))))..)))))))))...))))))))))))..)))))))(((((((....(((((((((((((((..((......))..))))))).((((..((((((((((((((((..((((((((.(((..((((((..(((((.(((....((((.(((((((((....((((((((((........((((((........))))))............(((....(((.......)))..)))(((((((.....)))))))(((((.....)))))......(((((.(((((((((...(((((.(((...((((.(((((((((.((((((.....)))))).))...))))..)))))))...)))..)))))...((((((......))))))..))))..))))).)))))(((....)))(((((((...))))))).)))))))))).)))))))((....)))).))))...)))))))).))))))..........((((((...)))))).((((((((........)))))))).(((((.((((((((....(((((((((.....(((((((...........(((((..........))))).(((((((..((((((....)))))).))))....)))....))))))).(((((((((......)))))))))((((((((((((.....)))).)).))))))))))))))).........)))))))).)))))....))).))))))))(((((..((((((.......(((((((((((((..(((...(((((..(((...))))))))......)))..)).))))))))))).......((((((.((((.((..(((.((.(((((((......(((((...(((((((((((..((((.....)))).)))).)))))))......)))))......)))).))).)))))..)).))))))))))..(((((....((((......))))...)))))......((((........))))......((.((.(((((..(((((((...)))))))...))))).))))))))))(((((((..((((((((....)).))))))..))).)))))))))............)))))....)).))))))))))))).)))))))).))))))).........)))).))).)))..)))))...)))))....))))......))))).)))).))))))))))).))))))).))..)))))))).)))))))))))))))))))))))).)).)))))))))).)))))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))))).))))))))))))))))))).)))))).)).....)))))))))).))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)..)))))))).)))))....((((((........((((.((...(((((.....)))))....))...)))).....((((.(((((((((((((((((..(((.((((((((.((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).....((((.((((((.(((((.(((.........................((((.....)))).............................((((((...((((((((((........(((((((((((((.(((.((((...)))).))).....)))))))))))))((..((.((((((((.(((.((((......)))).))).....((((....((((((((....))))))))....))))((((((((((..........))).))))))).(((.......)))....((((((...))))))...)))))))).))..)).((((((((.(((((....((((.((..((((((((...((((((((((.((((...)))).)((((((((.(((((((....)))))))))..))))))......((((.(......).))))..........(((((((.(.((.((((.((((((((.....((..(((((....))))).(((((((.((((((((..(((((....)))))))))....)))).))).)))).))....)))))).))..)))).)).)..))))))).)))).)))))..)).)))))).))))))...((((((((.((((((.....)))))).)))(((((......)))))))))).....))))).)))))..)))...(((((.(((.(((((......))))).))))))))............))))))))))))))))..))).))))).))).)))))))((((....)))).)))))))).))).......))))))))))))))))))))).))))))......))))).))))))))))))..).........((((((..(......)..)))))).....((((.......)))).............(((....)))...))))))))...)))))))).......((((((.........)))))).......(((..........))).((((...((.......))...))))....................)))).)))))))))..)))))....)))))))))))).))))))).))))))))))).)))).)))))).....))))))))))(((.....)))..((((.....(((((......)))))...)))))))...)))))))))))))))...))))))......((((((...((((((.........))))))...((((...((((.......))))...)))).......((((((((................)))).)))).....................))))))......(((((.....)))))..))....)))).............))))))))((((((.((((.....))))..))))))....)))))))))..))))))))))................(((((((((((.((((((((((((...........)))))).....))))))))))))))))).....))))))))))))))))).........)))))))...))))))((((..(((((.((((((((((((((((.(.............).))))))))...)))))))).)))))....)))).)))))))))))))).......)))..).)))))).)).))))))).((((..(((((........)).)))..))))))).).))))))).)))).((((((.(((....).)).)))))).))))))).).))))..))))))..))..)..)))))))))))).))))).))....))))........))))))))))))..))))).....)).)).).))).).))))))))).))..))))))))))))))...(((((.((((((.(((......)))..)).)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({{{,{((((({(,{,(({{{{{{((((({((({,(,(({...(((..((({{{(.(((((.(((..(((((((((...(((....)))....}}..)))))))............||},.....,))).))))).)))))).)))))),,|,.{|||,.{{{{{.{|||||....{{((..,{{({(({((({{.,{{(((.,,(((((((.{{{(.(((((,{,{(.(((,({(((.(,(((.(((((((((({{......{(({(((..{..,....(((((((((((.(((((((((((((......,.))))))......))))))).)}....(((((((....(((((....))))).)))))))...{(((((((((((((((((.{{.{{{{.....,||||.,}{{{,,((,,....})))||||,.{{|||,....,,,,...,,...,))))))))))...........))))))))))}.)))))))))...,,{{{,((((((......,.,,,,|||,.,|..,{{{|.{{,,||||.,,{{{{{{,({{...{|||{(..(((((.......))))).{((({(((((((.....(({(((((.(((..((((((....))))))))))))))))....)))).)))..})))).||,|{(((,{({{(({(((((((.....}}}}}}}.||..,,,}||}},}},,(((((.((((((((,{...(((({......}))))....,,}}.))))}}})).))))).(((((({{.....}},...})))))((((((........)))))).{{{,(((((((,.,{{{..,}}}}.|((({{.,,...})}},.{(.((((.....)))).)}(((,{({,,.,||||...{{{{((,,,.{((((({{((({(((((,,.({|,,{{(({{...,,,...|||,..........{(((.((((,..,{,{{|,,,,},})))}))))).)))){((((((((((.....,{({((|,..,,.||,||,(((((((((((((((({{(((((.(((.(((((((((,,{{{,,,..(((((({((((.,(({{{................((((((......))))))..,,,,,..}}))).))))),||||||..,.{(.((((({{(((...}}})}..{{|{{((({...,,.{{{{{{{{{((((((((((((((((.,.((((((.({{(((...........)))},,..((((.((((......)))).)))),,||{,.,,........|||.,}||||.{,..,{(({{((.,.((((((((({......)))))))))}.}.))))...,},...}|,))}|,,,,.{{(({...,},))))),.}}.)))))).,.)))))))))))))))),(((((((......)))))))},,,,,.,,...)))))}))).,.,,{({.((........)))))...|((((....(((((((...({....}}...)))))))..,.))))}}}},},.,||||,|||,||,...,,}))}}.}}....}}}}}},.................((((((....}))))).,{{{{|{(((,{{....,)).})))}}},))}..,.))))))))).)))))))){(((((((....)))))).)}......{(((((((.(((......))).)))))))}...{(((((,,{,.(,((((((,...}))))))},,)),,)))))}..((({,,..,)))}})}))},))))))))))))).||||||{{{{{{,.|}|.,,,((({{{|{|...,||{(((({{.,,...,{{,,{((((,(({{{(({{(({.,,,{{{.,{{{{{{{{{{({{,,,,,.....{{{{{....||}||{{{{{|,|,.((({{{,,{|.....|||)))))),})}))))))))}},||||{{{{||{{{|{||,||||.,||||.,,,..,|,,|||||,|||||,......,,{({{{{|{|({,|({||{((({.,.{(((({{...(((((((((....))))))))){({.(((((((((((.....{{({,.,{{,,,.(((((((.......))))))}.,,,,.,{{((({{{.....{{,,,,,{{{,,..|,}},}}}|,.{{{{{.......})))))....,,,,,.}|,,..))))))))))).,|||((((((........)))))}..,,......,,{{{{,....,{,,,{{{{{{,{,..,,,({{,...,|.}}}}....,{(({(((,,,,|}}}}|{((((,,,....,)}}}}.,,,|||,||||,,..}||}}......}}))))}.}.|||||,(((,,{((((..((..(((({..(((.(((((.((((((.{{{,{(.........})}}}..)))))).))))).)))})}}}..}}..|||||||}|...}|},.|||||}}}))),,...,||,,||||.,((((((((((,,......,.)))))))))).{{{{{({(({...))}},{((((((((({...})))).))))))....|,,})))))..,...(((((.(((((..((((((({,.........((((((,...,))))))....,,,.,.{((((,{,.(((((....((,,,....||.((((((((...((({,...,}.))).)))))))).}}},..,..))))),,,,.})))}))))))).)))))))))).....{{{{{{.{{.{......},}}.}}||||{{|,,{{||,,,..}})},.||}}}}....,,,,.}||||,..}||||}}|||||({{,.{,{,.,,.{{,.(((((.{(((.....)))}.))))).,,.}),.}}})}}}}}.,,..,,,,,,..,{{..((((({...}))))).,|||(((({(,.,,{({{,,{(({{.,{(({{{.{{{.{{(((((......}}})}||,|,}.(((((.((((((((.....)))))))).)))))...}}}}|}}}}},,.{{{{|,(({(((((((......))))))),))).))))),||,..,,}}}},,,}}},.,}}}||,|,}}|,.,..)})))).,,}}|||||||}{||{|{...,,{{||,,...,{||}|{,,,},,}},||||||,}||,|}||{|||}|||,||||}}|||,,..,,}}}||}},|,((((.(((((......)))))..}}})},}})})),{{{{{{|..{{{{{{{{|||||||,..||||}||{{{{{.,{((({(((((,..,,,.,...,,,{({(,.,.{{{{}}},{(((((.{{{{{..,,.,,,)),,}}))))))..,,||,.,...,,,}{((((((((((((((({(((((((...{{{....((((((((((((((.{{{.,,.......{(((((((((({((({..,,.(((((..(((((((....((((((((..(((((((((((.((((((((((...))))))))))))))))}.,,.......,,)))))..))))))))......)))))))..)))))}},||{{{{{{..{{,,.,,,,..}},...}})).........{||{.,,,,,))))......((..((((.(((((({{{((....(((((.....)))))....)))))).)))).))))..)).})))}.(((((((........)))))))........{(((((((........)))))))}.))))))))))),)))}))))))))....,,,))))}},..,}}}...)))))))..(((((.(((((((({.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((({({((((((((((((((((((((((.((((((((((((..((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((.((((((((((..,,((.((((((.(((((((((((((((((((.((((((.,..((((((((((((((((((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.....)))))))......,....(((({.{(,.....{{{{..,(({{{,(({{,..,{((((((((...(((((...((((((..((,....((((((({{{.{{,{((((({,(({.((...,{,...||,..}}}))))),})}.}})))..))))}))))).....,..,}..))))))....)))))..)))))))))}||{{|||,.,,((({((,....,|||||.((((((((({...})))).))))){{{{{{{{{{{(((({.{{({((((((,.......(((((((((((((((((...(((((((((((((((.(((.{,....}}.)))..)))))))..))))))))....))))...)))))...)))))))).(((((((((((((((((.((.((((.((........))}}))}}|,,{{{({({........,{{{({..,..,{,,,,.}))}...}}}}}}}}},}}........{{{{{{.,,(((((,,,.{{{....}))}})),,})))}},((((({{{((({...})))))))))).....))))))))))))).)))).{{((((({{(((((((...)))))))}.,,,,....,....{(((((.(.(((({...}})}}.}}))}}|{{{{|{.....{({....})},,,,,..}}}}}},..........,,,,{{{...(((((........))))).,},}}},.,))))))}}}}}},.......},}},..}}})))),}||}},.,,,,||||,}|...,})),}}}}|{({,,..,|{{{{{.{{..,,,,}}},))}}}}|||||{.|||||||||,}}})})))}}))})},.((((..((((,...(((((({{..,,,)))})))))..,)))}.}))),,,,},.........{((..(((((((((((((((((.((......))))))))))))...)))))))..))}.(((((...)))))..,}}||{{,|||||},,....,}))}})))){{(((|....}))))}...(((((.,........,))))),,.....{((((((....(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((.((((((((..((.(((((((.(((((((((((.((((.(((((,{((((.((((({,{((((((,(((({(,,..{((((,{{({(.{,{{((({({({({(((,,{,...,,{,...,}||...}}})),|,,,(((({...))))).,,,,..,.,..,....,(((((((((,...,))))))))),..,,,,,,,|,,{{|,||||||{||},..||}||{.}}})))|}}}},},.)))))},|((((......)))),..,{{.{{{|||,((((((((..{...(((({,{(,....||.,{||||.{{{,|||||||}{{{{{{..(((((.((((((((...((((((((.....((((((........)))))).....)).)))))).....)))},)))).)))))........,||||||,.{((((((|{{{||||,.{{{{,{|,,.,...,),..)))))}}},.,,.)))))))))}),}}))}})))|||{.|||))|||},.{{{{{|}|||||||,|,.||..{{((((({{{,{{(((((((((((((..((......))..)))))))}.,{{,.{{{{{{(((({{{,,...{|{|||||.||{..((((((..(((({{(((.,..((({.({(((((((....((((((((((......,.{(((((.,,,....})))))............{({....(({.......}}},.}||(((((((.....)))))))(((((.....)))))......(((((.(((({((((...{((((.(((...(((,{(((((((((.((((((.....)))))).))...))))..)))))))...)))..))))}...{(((((......)))))}..))))..})))).))))){{{....}},{((((((...))))))}.)))))))))).))))))),{....)))).})))..,)))))))).))))))..........((((((...)))))).((((((((........)))))))).,,{{|,||||||||}}.,||,,{{|||}}}}}||||{{{......,,,}||||||,.......}}))|||,{((((((..((((((....)))))).))))....}}}}}.,)})))),.(((((((((......)))))))))(({((,((((((,..{{|||,.||{|||||}|||,}},,,...||{,..,}}}}}}}.}}},,..,,}}}.}}}|||||((,,,..,,...,....,,,||||{{((((({{..{{,..,|||||,{(({...})))})))...,,}))),,)),))))))))))}}},....((((((.((((.{{..({{{((.(((((((......(((((...(((((((((((..((((.....)))).)))).)))))))......)))))......))))))}}.)))))..,,.))))))))))..(((((....((((......))))...))))),,,,,,|||||....|..}|},......||.{||{||||..(((((((...)))))))..,)||||{||||....}|(((({((..,,,((((({.{{||{||||||{{,,|,|||||||,,..........}})))))...}),.)),))))))))))}.,)))))).,))})))}}....))}}}))),.,}))))})))))|||}}|||,.........,}.,))))).)))).))))))))))).))))))).}),.)))))))).)))))))))))))))))))))))).)).)))))))))).))))))))))))},)))))))))))))))).)))))))))))))..))))))})))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))..,.)))))).))))))))))))))))))).)))))).)).,,.,)))))))))).))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))..)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).}..)))))))).))))).,,.{{((({..,.....((((.((,..(((((.....))))).,..))...)))).....((((.(((((((((((((((((..(((.((((((((.{{(({,(({((((,(({,.,,.,}.))))))}))))}),,}}}((((.((((((.(((((.(((.........................((({.....))))........................,{,,,{(((((...((((((((((........(((((((((((((.(((.((({...}))).))).....)))))))))))))((..((.((((((({.(((.((((......)))).))).,...((((....((((((((....))))))))....}))){(((((((((..........)))}})))))}.(((.......)))....(((((,...})))))...,))))))).))..)).{{{(((((.(((((....(((({({..((((((({...((((((((((.((((...)))).}((((((((.(((((((....))))))))}..)))))}||,,,.((((.{......).}))).,..,,,...(((((((.,.((,({{,.((((((((.....((..(((((....))))).(((((((.((((((((..(((((....)))))))))....)))).))).)))).))....))))))}.}..,})),)}.}..))))))).}))}.)))))..}}})))))).))))))...((((((((.((((((.....)))))).)))(((((......)))))))))).....))))).)))))..})}...{((({,(((.(((((,....,))))).)))))))}............))))))))))))))))..))).))))).))),,))))))((((....)))).)))))))).))).......))))))))))))))))))))).)))))),}},,.))))).))))))))))))..)))}}.,.))}}||||}}|..,}},,..,}})))}}}}}|||}},,,,,,.}))))))),,,.}))})))))))}},})))))})),))))),))))))))))))}((((((......,..)))))),))))).})),...}}}}).))).,}}}}}}}}.,}}}},}}}}}}}},,.........}}}}}}}...,))))))))))),)))).)))},)))))},))))).)})),))))})),,,,}},,,,,.||,{{||....{{{||..,,|,,,{((.....))}..}))}}...,{||}}.,|{{{,......))))}}},))}},,.}))))}}})),,,}}}}},,,}},,,,.{((((.....))}},.......))))))))))}.)))){|{{{{{{{(({{{{(((((,(((.{{{{((((({.{{{{({...{(({({{{{(({.{{,..............,...,,{{{,,,,,......(((((.....)))))..{,,......{{{{(,,,,,{({,|,||||||{{{,,|}|||{|,||,,|||||||||||.,|||}|||,||{{{|{|||},{,,{|,,.,,,........((((((((({{.{{{{{{{{||||,,,,,......))))))..,..})}})))))))))),))),)))}},.}))}))))))))}}})|||||||,,,,,...}}}}}}}..,|,.{((((.((((((((|{{{{{{,.{....,{{{{....,.,}))))))...)))))))).))))).....,,)))))),,})))))))....}}.))).))))))||{{{{..,|||.,.(({,..,|||,.,,,,,})))}),,..,,,))))))))))})}},,.,,,,......,||}||.}}.||}}))|,,|{||,,}|||.||{..|,|}}.}}}..}}},}}}))))))}|{((({({.,,....||||{...}))))))))))))}.}}})))}{{|.,.}}},,.,|||||,,|,}|}|,}}.},,.,}}}}},,))),},...|||||.(((({{.{{{......)))..)}.)))).}}}},

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001292008.2 NCBI
GGAUGAAGAGUAACGCCAUUACCGCCGGAGCCGCCGAGAGCCUUAGCCG… 9457 nt 0.4053
NM_003144.5 NCBI
GGAUGAAGAGUAACGCCAUUACCGCCGGAGCCGCCGAGAGCCUUAGCCG… 9661 nt 0.4055
Summary

The signal sequence receptor (SSR) is a glycosylated endoplasmic reticulum (ER) membrane receptor associated with protein translocation across the ER membrane. The SSR consists of 2 subunits, a 34-kD glycoprotein encoded by this gene and a 22-kD glycoprotein. This gene generates several mRNA species as a result of complex alternative polyadenylation. This gene is unusual in that it utilizes arrays of polyA signal sequences that are mostly non-canonical. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the SSR1 exhibited a Gini impurity score of 0, being present in all pure vaginal fluid samples and in some mixtures containing vaginal fluid, with minimal occurrence in mixtures without vaginal fluid, supporting its role as a discriminatory protein for body fluid classification [Shehata et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103343].