Basic Information

Symbol
SSR3
RNA class
mRNA
Alias
Signal Sequence Receptor Subunit 3 TRAPG Signal Sequence Receptor, Gamma (Translocon-Associated Protein Gamma) Translocon-Associated Protein Subunit Gamma Signal Sequence Receptor Subunit Gamma TRAP-Gamma Translocon-Associated Protein Gamma Subunit Translocon-Associated Protein Gamma TRAP-Complex Gamma Subunit SSR Gamma SSR-Gamma
Location (GRCh38)
3:156539553-156559474
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007107.5
Sequence length
4236.0 nt
GC content
0.3914

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1311.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1389.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 932.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308197.2 NCBI
GUUCCCUGUUCUCGCCUGCAGCUCCGCCAUGGCUCCUAAAGGCAGCUCC… 4275 nt 0.3916
NM_001308204.2 NCBI
AAUCUCUCCAGCUCCCCUGAGCUCGGGGAGGCACGGAGCCUCUUCUUUG… 4184 nt 0.3884
NM_001308205.2 NCBI
AUUUUGGAAUGGCCUGUGUUUCGCAUGCUAGUACCCUGAUGAAUGAAAU… 4208 nt 0.3836
NM_007107.5 NCBI
GUUCCCUGUUCUCGCCUGCAGCUCCGCCAUGGCUCCUAAAGGCAGCUCC… 4236 nt 0.3914
Summary

The signal sequence receptor (SSR) is a glycosylated endoplasmic reticulum (ER) membrane receptor associated with protein translocation across the ER membrane. The SSR is comprised of four membrane proteins/subunits: alpha, beta, gamma, and delta. The first two are glycosylated subunits and the latter two are non-glycosylated subunits. This gene encodes the gamma subunit, which is predicted to span the membrane four times. [provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the SSR3 in microglia, which is involved in the protein processing of endoplasmic reticulum pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].