Basic Information

Symbol
STAT1
RNA class
mRNA
Alias
Signal Transducer And Activator Of Transcription 1 Transcription Factor ISGF-3 Components P91/P84 STAT91 ISGF-3 Signal Transducer And Activator Of Transcription 1-Alpha/Beta Signal Transducer And Activator Of Transcription 1, 91kDa Signal Transducer And Activator Of Transcription 1, 91kD CANDF7 IMD31A IMD31B IMD31C
Location (GRCh38)
2:190908460-191020960
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007315.4
Sequence length
4116.0 nt
GC content
0.4327

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1187.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1269.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1325.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001384880.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4056 nt 0.4349
NM_001384881.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4199 nt 0.4320
NM_001384882.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4110 nt 0.4331
NM_001384883.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4017 nt 0.4342
NM_001384884.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 3956 nt 0.4305
NM_001384885.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 3957 nt 0.4321
NM_001384886.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4140 nt 0.4321
NM_001384887.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4023 nt 0.4295
NM_001384888.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4086 nt 0.4334
NM_001384889.1 NCBI
GUUUCGCUUUCCUGCGCAGAGUCUGCGGAGGGGCUCGGCUGCACCGGGG… 4104 nt 0.4325
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the STAT protein family. In response to cytokines and growth factors, STAT family members are phosphorylated by the receptor associated kinases, and then form homo- or heterodimers that translocate to the cell nucleus where they act as transcription activators. The protein encoded by this gene can be activated by various ligands including interferon-alpha, interferon-gamma, EGF, PDGF and IL6. This protein mediates the expression of a variety of genes, which is thought to be important for cell viability in response to different cell stimuli and pathogens. The protein plays an important role in immune responses to viral, fungal and mycobacterial pathogens. Mutations in this gene are associated with Immunodeficiency 31B, 31A, and 31C. [provided by RefSeq, Jun 2020] CIViC Summary for STAT1 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the mRNA and protein expression levels of the STAT1 were significantly decreased in burn tissue compared to normal skin [Guo et al. DOI:10.1155/2022/5220403].