Basic Information

Symbol
STON1
RNA class
mRNA
Alias
Stonin 1 SBLF Stoned-B1 Stoned B-Like Factor Stonin-1 SALF STN1 Stoned B Homolog 1 (Drosophila) Stoned B Homolog 1 STNB1
Location (GRCh38)
2:48529376-48598922
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006873.4
Sequence length
5529.0 nt
GC content
0.4003

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1508.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1612.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1540.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198595.2 NCBI
CUCUUCCUCCGCCUCCUGGUGUGGCUGGCUGCGGCCAGAAUCGGAGCCC… 5646 nt 0.4061
NM_006873.4 NCBI
CUCUUCCUCCGCCUCCUGGUGUGGCUGGCUGCGGCCAGAAUCGGAGCCC… 5529 nt 0.4003
Summary

Endocytosis of cell surface proteins is mediated by a complex molecular machinery that assembles on the inner surface of the plasma membrane. This gene encodes one of two human homologs of the Drosophila melanogaster stoned B protein. This protein is related to components of the endocytic machinery and exhibits a modular structure consisting of an N-terminal proline-rich domain, a central region of homology specific to the human stoned B-like proteins, and a C-terminal region homologous to the mu subunits of adaptor protein (AP) complexes. Read-through transcription of this gene into the neighboring downstream gene, which encodes TFIIA-alpha/beta-like factor, generates a transcript (SALF), which encodes a fusion protein comprised of sequence sharing identity with each individual gene product. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the STON1 was specifically up-regulated in liver tissue following Kupffer cell-specific exposure to α-particle radiation, as identified through oligonucleotide microarray analysis of 6,050 genes [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].