Basic Information

Symbol
STX12
RNA class
mRNA
Alias
Syntaxin 12 STX13 STX14 Syntaxin-12
Location (GRCh38)
1:27773195-27824443
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_177424.3
Sequence length
3034.0 nt
GC content
0.4031

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-844.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -902.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 924.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_177424.3 NCBI
CCCAGUUUCUCCGUCAGCCUGCGGGUCCCGGCUGGCGGCUGCUUCCGGU… 3034 nt 0.4031
Summary

Predicted to enable SNAP receptor activity and SNARE binding activity. Involved in autophagosome assembly; cholesterol efflux; and protein stabilization. Located in several cellular components, including BLOC-1 complex; phagocytic vesicle; and phagophore assembly site. Part of SNARE complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that cortical gene expression differences exist between ethanol-preferring and nonpreferring strains, with quantitative RT-PCR confirming significant mRNA up-regulation of VAMP2, STX1a, STX1b, MUNC-18, and cacna2d1, and down-regulation of mGluR3 in AA versus ANA lines [Worst et al. DOI:10.1002/Jnr.20496].