Basic Information

Symbol
SYCP3
RNA class
mRNA
Alias
Synaptonemal Complex Protein 3 SCP3 RPRGL4 SPGF4 SCP-3 COR1
Location (GRCh38)
12:101728648-101739472
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Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001177949.2
Sequence length
1119.0 nt
GC content
0.3753

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-271.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -293.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 289.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001177948.2 NCBI
AGAAGCGUCGCGGAGAAGGGGCCACCUCAGGUGAAGCGCGCUUGUGGAG… 1104 nt 0.3741
NM_001177949.2 NCBI
AGAAGCGUCGCGGAGAAGGGGCCACCUCAGGUGAAGCGCGCUUGUGGAG… 1119 nt 0.3753
NM_153694.5 NCBI
AGAAGCGUCGCGGAGAAGGGGCCACCUCAGGUGAAGCGCGCUUGUGGAG… 1115 nt 0.3749
Summary

This gene encodes an essential structural component of the synaptonemal complex. This complex is involved in synapsis, recombination and segregation of meiotic chromosomes. Mutations in this gene are associated with azoospermia in males and susceptibility to pregnancy loss in females. Alternate splicing results in multiple transcript variants that encode the same protein. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.