Basic Information

Symbol
SYK
RNA class
mRNA
Alias
Spleen Associated Tyrosine Kinase Spleen Tyrosine Kinase Tyrosine-Protein Kinase SYK EC 2.7.10.2 P72-Syk EC 2.7.10 IMD82
Location (GRCh38)
9:90801579-90898549
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003177.7
Sequence length
4973.0 nt
GC content
0.5033

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1704.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1791.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1608.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((((((((.(((..((((.(((((((((.....))..)))))))))))..(.((((((.(((((((....))))))))))))).)))).)))))))).((((((((((((.....(((((.((((.(.(((((((...(((((((((((((.((((((.........))))))(((..(((........))).)))))))))))).).)))...))).......)))))))))..))))).........((((((((((((((((((...(((((.(((((((..((...((.........(((.(((((.((((.((((..(((..((((((...)))))))))..))))..))))))))))))(((((.(((..(((((..((((((.((((((((((((.(((((((...........(((((((....((.((((((((.(((.......))).)))))))).))..)))))))...((((...((((...(((((.......)))))...))))..)))).))))...))).))))))))))(((((....(((.((((((.....))))))..)))..(((((((.(((.....(((((((.(((((((((.....(((((((((.....(((((((...((((((((...((((((..(((.........)))..))))))....))).)))))..((((((((....(((((((..(((((..(((.(.((.((((...)))).)).).))).....((((.((((((((.....))).((((...)))).....(((((((..(((.....)))..)))))))...(((((((..((((.....))))..))))))).....)))))...)))).......)))))))))))).............))).)))))..........((((.......)))).(((((((((((((((.(((........................)))..)))...).))))))).....))))...((((.....))))..((((.....((((.(((..((((.(.....).))))..))).)))).....))))))).))))......)))...))))))........))))))).)).)))))))...(((((((...(((((...((((((..((((((((((....(((((....)))))...(((.......)))..............))))).)))))..))))))..))))).....))))).))..............(((.....))))))))))))).....))))).......((((.........((((........)))).....((....))...((((..((....))..)))).((((..((((.....))))..))))........)))))).))))))..).))))..)))))).))(((((.(((.((.((((..(((((((((.............((((((..(((................(((......)))...)))...))))))))))))))))))).)).))))))))..(((...((((((((.((((........))))..(((....))).....))).))))).)))((((((((.((((...(((((...)))))...))))((((((...((((((...((...))...).)))))....))))))....))))))))((((((((.(((.((((..((((((((.......)).)))))).)))).)))))))))))))...)).))))))).)))))...............))))...)))..))))))))))))))))))....(((.((((((((.(.((((.(((((((((((((((((..(.((((..............)))).)..)))))...(((.(((((((.((((((..((((.((((.((.(((..(((((..(((...(((((((......)))))))......)))..)))))......(((((((((..(((((..(.((((((.((....))...))).)))...)..)))))..).))))))))))))))))).))))(((((((.((.(((((((((((((((((...((((.(((((((...(((((((((((((......)))......(((..((((...((((((.((((((..((.(((.(.((((((((((((.(((.(((((((.((((.......(((((((((...)))))))))........))))........)))))))..................((((((((.((((((((((....).)))))..))))))))))))...((.((((((........)))))))).((((((((((((((((((....((((((...((((...((((((((((((..(((((.(((((((((((((.....((((((......)))))).....)).((((..((((.((....))((((((((((.......((((((.((((((.((......((((...))))......)).)))))).)))))).......))).)))))))....................)))).)))).))))))))))).)))))......((((((........((.((((((.(((.....((..(((((((((((..(((((.(((((.(((..((((((........((((((((((...(.(((....(((........))).....)))).))))).)))))........)))))).)))))))).......((((..(((.(((((...(((((((((((.((((((((.....(((((((((....(((((((.......)))))))..(((((......((((((((((((((((.......))))))))).).))))))......(((.((((((((.((((....)))).).(((((((((((((..((((((..((((..............))))..))))))..)))...))))))))))......((((((((((((...))))))))))))...............(((....))).......(((((((........))))))).....(((((...(((((........)))))......)))))))))))).)))...))))))))))))))..)))).))))))))))).(((((((((((.(((((((.......))))...................))).))))))).))))(((....))).........)))).)))))))))))).(((((.((..((((((((.((((((....((((...((((((.((.........)))))))).))))..))))))..))).)))))..)))))))......................((((....)))).....))))))))))))))))))......)))..)))))).))...)))))).((((.(((......)))))))........((.(((((....))))).)).....(((((((((((.(((((((.....(((.(((.................))).(((((((.......(((....)))(((((......((((.(((((((((...((((((((((.((.......((....)).......))))))))..)))).))))))))).))))......)))))))))))).((((((.(((.....))))))))).(((....))).........(((((.......)))))))).(((((((((((.((.....((((.(((((((.(.......(((((......((((..(((((.((((((((((((.(((((((((..(((......))).(((.((((.(((((((.......))))))))))).)))(((((((....(((((((((....))))..)))))(((((((.....)))))))................))))))).......))))))))).)))).......(((((((((...((....(((((.....))))).....))..)))))......))))(((((.(((((.((.((..(((((((...(((((((.....(((((....)))))...)))).))))))))))..)).)).).)))).)))))))))))...)))))))...)))))))))....).)))))))))))....)).))).))))))))((((.......)))).))))))))))......))))))))..........(((...)))......))))...))))))))....))))....))))))....)))))))))))....((((........)))).)))))))((((..........))))))))))))))))))).).))).))...))))))))))))))))..)))....(((((((((((((....)))))))))))))(((((..(((.....)))..)))))......)))))))))).....)))))))...(((.((((.....)))))))......(((((.(((....)))..)))))((((.(((((.(((.((...)).))).)))))))))...))))...))))).)))))))))))).))...)))))))....((.((((((((.(((..........))))))).)))).))((((((((((((....)))))).)..)))))...))))))..))))))))))..((((((((((.....))))..))))))...))))))))).).)).)))).(((((.....)))))...).)))))))).)))..)))))....((......))))).))))......(((((((......))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,(((((.(((((({({({({{((((.((((((((,...,,||{{||||}||}}}}||{.(((((,{(((((((....))))))))))))).},||,|||,||||.,,,..,{{.|||}.|,||.|||.{|||,|.||||||{..|||||||||||||||.|||((.........)}||||||||||||.,,....{{{(.{||}||(((((|.(,,{{{.{({(({,...,{(|({||||,.}},}},.,,,,,.((((({{{{|||||{|,(((((...)))))(((({,((((.((((........(((.(((((.((((.((((..(((..((((((...)))))))))..))))..)))))))))))).....((((.,,..((((....)))).,|,)))).}))).)))))))))..,,,,,||{|||{...,||,|{{(((((.((({,,..,.})),))}}}}}|,||.,||}}}}}.,,,|||},.,((({,.(((({,......,||||{{{||,|{{||,{{{|||{.{||{{||(({,.{|,,.,,,..},.||}((((((.....)))))}..))).}||,||||..|},.....|||,,,||||||}}|{.....{{{((((((..,..,}}|||{...{(((((((...((((((..(((.........)))..))))))....))).))))}...,{{{|{{,..,(((((((({(((((.,,(({({(..(((({..,,,,.|}}),)),.....|,,..||,|{{,.{{{{{.,..,{(({,|||||{{{,.(((((((..(((.....)))..)))))))...{((((((..((((.....))))..))))))).....||,||{{.{{{{........)))),,,,)))},,........,(((((({{.{{{.{{.{{{(({{(((,({{.(({(((((...))).)))))})),,,,,||....{,..............(((((,...{,{(((((((((....(((((((,((((((.((((((({({,.,.{{{{.(((.,{{{{.{.....}.}}}}.,}}}.}}}},}.,,(((((,.{{........)).))))).}{{.((((((...(((((...(((({,,.{((.(((((((,{.,{(((...{{|{(,,{,{{.(({({,.{|.||||,.}}})).))...,,|,.|,...))}|,............,))))))).))}.)))))...)))))....)))))).))......,.......{{{,{,...,,,,|,{((((,.,{{((((.......{{((,,.,,,.,...((((........)))).,,,.((....))...((((..((....))..)))).((((..((((.....))))..))))......,.((((((((.(((....({........))....))).})))))}}.}}}}....)))))))})})).,.,{{....||||..,||,..,...,}},,.,.,}}}}))),},.))))))).)))))).}........))))))|.{,{(((((((((((((.((((((((.({{{.....,|,|||}..{{,....})),,...))),,)))){(((.(((.(((...})),}||)))}..((((((((({{|(((((({{.((((((...((...))...}.)))))}}..))))))..{{{{|.,..|((((((((.(({.((((..((((((((.......)).)))))).)))).}))))))))))})},.)).,||||||,|{(|(....|}|,||,.||||||.|{.{((..|,{{(((((({{{|.......{{{{,(((({{((((.{(((,((((,,,,||||{|||{..,(((((.....}))))..{{{|||{.{{||,,||{,,..,}}},....||}}),)}}))))(({(({((,{...,|).))))){{,.(((((((,..,,,}||||}}.(((((((((((.((((((((..((((((((.,((((({.{{((,,,,.,,...,||...,},.))).,.((.((((((((((.,,|,|(({{{||({((|{{|{{{|||{.(((((((((,(({,((({(,...,,.,.||}||,}},,||}|||{(((,((,,,...|||,,....,,,.,((((|||||((((|{,..{({,(((({{{({({{{{((({((({{{{{({{{{,(,{(((,,,,.,,{((((((((...))))))))}........}}}}.,.,..,,}}.,}}|((({,..,(({{{((...((((((((.((((((((((....),,))))..))))))))))))...,(.((((((,,......}}}}}|||.,,,((((((((..((((...((((......((((({..{,,.,,.,((({...}}})}}})}..))))..)))}...)))))))},,,|||{...||||{|{.,{,,,(({{|((,,,{{|(((({,,(((,......,||||,.||||||}|.......,,.|,..}}}}}.},,},,}))))))..})),)}}},...}},..)))))),..}},}}............}})),))},,)))))))}}||{(({(|,,..,||||||},,},,{((((....))))}....,||||,.{{{{{||||||..||||,.(((({.{{{..{{{{((...,.|.,|(((({((((,,,{||||....{{{.|....}.))).....},}|,))))}.)))))..,.....)))))).}}}}))}},,,,|||{{,|,||||,|||||},}||}{(((((((.((((((((.....(((((((((.{{.,((((((.......))))))},|(((((.....{((((((,(({{{{{{{....,}.}}))))))).}|)}|||||{{...(({.({{{{{({.((((....)))},|,{{(((((((((((..((((((..((((.,............))))..))))))..)))...))))))))||.{||,,((((((((((({...}))))))))))).........,,,.,,|||.,,,))),,,,,..(((((((........))))))).....{{{{{...(((((........)))))....,,)}))))))))))}))).,,)))))))))))))),,)))).)))))))))))}{{{{(((((((.((({(((.......}}}}...................))).))))))).)))}}}|}}},}))},|,||}}}.))).|,,}}}}}}|||,(((({{((..((((((((.((((((....((((...((((((.((.........)))))))).))))..))))))..))).)))))..))))))).......................,,....{||||......))).)),||||||||{{..{{{{|.....,.....,},,,|.}})))|||||(((......)))))))........((.(((((....))))).)).{{{..((((,,,,....)))),,)))..)))}}}})),,.)))))))))).)),..(((((((.......(((....)))(((((......((((.(((((((((...((((((((((.{{.......{(....}}.......})))))))..)))).))))))))).))))......)))))))))))).((((((.((,.....)),)))))),|||....}}}...}}}},,(((((.......)))))}}..})))))..))))))))............))))))))))).,.{||||.,,,}}}}}.}))))))),)}}.{((.,...}||((({,,{,{|||...,}}{(({.((((((((((((.......))))))))))).}))}.,,,}))),}(((((((((....)))),.}))))(((((((.....)))))))....,)))}))})))))))}))))}))))},.))})))))))))))).....,...|{(((....}}))(((((.....))))){((.(((...(((((((...((((((...((((..(((((......)))))..))))..)))))))))))))...))).))).,.,.((((((((((...)))))).))))..))))))))))))))..,.)))))))))))....)))}){((((((..((({..,,..,(((({....}|||}....||,.((((((..((((.(((.,....).,)))..)))).)))))),,,|||,{{{..,,)))}})))))..))))))},}....,}}}))})}.)))))..)))))))}|((({,{{|||{||||((((((((.(((....,},..))))))))}}||||}}}}})}}}))),}}},})}))))))))))),.})))))..,,((((((((((((,....,)))))))))))),||||}.,|}}}}}})},,..}))}))..,})))))})))))},},)))))}....,.}}}})}}))}}))))|||,....,,||||}|||....))),,}||}|,{{,,,||||.((({((,,{||{{,|{|||||,.,,}}})))).}}))}))))))),,,,)))),))}})))))})),,,.}}}},.,|||))))))))))|(((((((.((({{,(({((,{((({((((((....)))))).}..})}||{{|,,..,,}}},,)))))))}}|.||||}}||{{,|..,|,||||,}},,.})))))))}|,||||,,,,,|(((((.....))))).,..}}))}})),.,}}.,..}}}..,}}}},,,..|||||.,,,)}}}}..,,,,,,.....,,|||||||......,},}}},....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001135052.4 NCBI
ACCCCGGCGGCGGCUGGAGAGCGAGGAGGAGCGGGUGGCCCCGCGCUGC… 4904 nt 0.5039
NM_001174167.3 NCBI
AGCACUCUGGCUUGUUGAUGCCUGUCUUGUGCUUUCUCUCUGUUUCAGC… 5058 nt 0.4978
NM_001174168.3 NCBI
ACCCGGGCUCCUCUACACCUGCCGCCGCCUGGGCCGAUUCCGCGGGCCU… 5235 nt 0.5165
NM_003177.7 NCBI
ACCCCGGCGGCGGCUGGAGAGCGAGGAGGAGCGGGUGGCCCCGCGCUGC… 4973 nt 0.5033
Summary

This gene encodes a member of the family of non-receptor type Tyr protein kinases. This protein is widely expressed in hematopoietic cells and is involved in coupling activated immunoreceptors to downstream signaling events that mediate diverse cellular responses, including proliferation, differentiation, and phagocytosis. It is thought to be a modulator of epithelial cell growth and a potential tumour suppressor in human breast carcinomas. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2010] CIViC Summary for SYK Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spleen associated tyrosine kinase (Syk) was identified as a key hub gene with downregulated expression in infarcted left ventricular tissues following acute myocardial infarction (AMI) induction, playing a role in adaptive immune receptor signaling and innate immune recognition [Wu et al. DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110701].