Basic Information

Symbol
SYNGR1
RNA class
mRNA
Alias
Synaptogyrin 1 Synaptogyrin-1
Location (GRCh38)
22:39349909-39385588
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004711.5
Sequence length
4383.0 nt
GC content
0.6005

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1920.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1990.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1378.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004711.5 NCBI
ACCGCGCGGGUGCAGCCACGAUGGAAGGGGGUGCGUACGGAGCGGGCAA… 4383 nt 0.6005
NM_145731.4 NCBI
ACCGCGCGGGUGCAGCCACGAUGGAAGGGGGUGCGUACGGAGCGGGCAA… 1287 nt 0.5812
NM_145738.3 NCBI
GCACUGCGGGACACGGCUCAGGACCAGCAGGCAUGCCUCCUUGGUCUCA… 1318 nt 0.5690
Summary

This gene encodes an integral membrane protein associated with presynaptic vesicles in neuronal cells. The exact function of this protein is unclear, but studies of a similar murine protein suggest that it functions in synaptic plasticity without being required for synaptic transmission. The gene product belongs to the synaptogyrin gene family. Three alternatively spliced variants encoding three different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that synaptogyrin (Syngr1) expression was part of a cluster of genes associated with secretory/synaptic processes whose expression was inversely correlated with injury severity following experimental spinal cord contusion, and this finding was validated by RT-PCR [De Biase et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00081.2005]. The expression of this synaptic protein was validated by RT-PCR, confirming the microarray findings regarding its alteration following injury.