Basic Information

Symbol
SYNGR3
RNA class
mRNA
Alias
Synaptogyrin 3 Synaptogyrin-3
Location (GRCh38)
16:1989660-1994275
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004209.6
Sequence length
2026.0 nt
GC content
0.6397

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-904.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -937.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 764.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((.(((((.((((((((.((....))))))))....)).))))).)).)).)))))((((((((((((((.(.......(((((((.....(((((...)))))..)).)))))).)))))))).(((((((((((......)))))(((((((.(((((....))))).....((((.......)))))))))))..(((((......))))).....((.(((((((((((.((((((..(((((((((.......(((((.((((((((.(.((((.((((((....((..(((((.(((((((.....)))))))))))))))))))))))).)))))).))).)))))..((.(((((((((((((.((.......((((((.(((.(((.......))).)))))))))(((((((((.((((.....))))))))).))))(((((...))))).....(((((..(((((.(..(((((.(((.(((((............))))).))).)))))..))))))..))))))).))))))))))))).))((((.(((((((((..(((((((.......(.((((((......)))))).).......)))))))..))..)))))))))))))))).))))..........((((((.(((....((...))..)))))))))....(((((((..((....))))))))).))))))))))))))))).)).))).)))....)))))).((((.((((((((((.....(((((....((((((...))))))((((.((((...)))).))))........)))))....((((..............)))))))))))))).(((((((.....)))))))..(((((((((((((((((.((((..((((((..(((.((.((....)).)).)))((((((((((((((...(.((((.((((((((((...((((...((((((((..(((((((((((((((....(((((((((((.(((((.(((..(.((((((.(((.(((.((......)).))).)).).)))))).)..))).))))))))))))....))))......)))))))).((((((......))))))......)))))))))))))))....))))...))))))))))((((..(.(((((((...((((((.(((..(((((...((........)).)))))..)))..)).)))).(((((.(........).))))))))))))).))))....((((.....)))).............(((((......)))))..(((.(((((......))).)).))))))).)..)))).))))))))))............)))))).)))).))))))))((.((((.(((((((....)))))))....)))).))......((((((.((((.((((...((((.......))))...))))..))))...)))))).((((((((((((.(((((((((((.((((((......((((......(((((.(((((((..((.((((((((..(((((..(((((.((((.(......).)))).))).......))..)))))..))))...)))).)))))))))..))))).....)))))))))).....)))))))....)))).)))(((..(((((....))).))..))).......((((((........)))))).........((((...)))).......((.(((((........(((((.(.((((((...((((((....)))))))))))).)))))).....))))).))........(((((...(((.(((((...))))).)))))))).....)))))))))........((.((((........)))).))............((((...((((((...)))))).)))))))))))))...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,((,(({(({(((((,({((((({,(({,.,{|,|,,||{{{{||{||||,{||.||{|||||(((((((({{((((,(,.((.{,((((({,.(,{{(((,({(({((|{({{{{{||||{({({((((,{{((((((((((,.....|||||(({((({((((((((({{{.{({.{{|{{.{.,....||}|}}|||||}|.,(({(||...|))|))|}}}}{{}|||||||||||,{||||,},||||((((,,,,....|||||,{{{{((((((,((({.((((((....,|..{|{{|.{||||||...,,)))))))}))}))))}))))))}}.)))))),))).))))},.||,{{|||||||||{||}||,.||||||||||.|||||{{|||,{{{|||,,,||{(|((({({((,..,}}.})}})})})},)))))))}((((((...}}}))).{{{{(({({{{((((.,({{((((.(({.{((({............))))).))).)))))}|{|||||{{|}|{{{}.|}}}||||||||,.}}((((,(((((((((..(((((((.......{.((((((......)))))).}.......)))))))..}}..}||}}}})))}})))}.))}}...,...,,.{{(({{.{{{....{{{{.}|,,||||},}||{,.{({{{,,|},||,,.,))))))}}).}})))|||||||||}}}.,|,}||.,,,,.||},}}}}.,|||.((((((((((.....{((((....|(((.,...||{{(|(((,.((,,..,,})),,))),,..,,,.)))))....((((..,........}..)))))))))))))).(((((((.....)))))))..,,}|}},}}}}}}))}},}},}}.}||||}}}|,.,))))}.}|||||||||((((((((((((((((,.,({(((((({((((((((...({(({,,((((((({.,((({{(((((((((({,.,{{||||||((,{(((((.(((..(.((((((.({,.{((,((......)).},),)).},)))))).)..))).))))))))})))}},.,,,),}}...,))))))),((((({......})))}}......}))))))))))))}),,,,)))),..)))))||}||((((..(.(((((((...((((((.(((..(((((...((.....,..,}.)))))..)))..)).)))).(((((.{........}.))))))))))))}.)))).,,,((((.....))))||,..,,||.{{{(((((,,....,))),.}}||,}||,||,.,,|||,.||,||}}|||,|,,}||||||}}))|}||,{{,,,......}|}}||||||||}||,})))||}||||}|||||,,.,,}))),)))}}}}))))}))}})|,.((((((.((((.((((.,.((((.......)))).,.))))..))))...)))))).|{{||(|({|{{.{{{((((((({.{|||||,,....{{({......(((((.((((((|.,{(,(({{{{{(,,(((((..||({{.{|||,{..,,,,}})))),))).,.....})..)))))..)))),,.}))),)))))))))..)))))...,.)))}}))))),..},))))))).,..)}}}.,}}(((..({{{{....)}),))..})),....|.((((((........)))))).,,,,,...{|{|,.,))}}......{((,(((({...,,,,.{{{||,|.((((((,,.((((((....))))))}}}))}.}}}|}|.....))))).))}.......{({((,.{(({.{(((,...,}))}.}}}}}}}},|||,}}||}}}})...))}}))))|,||,},,,...}}))}}..,))))))))))})}|,,.((((((...}))))}.)))},}})))))).})))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004209.6 NCBI
GAGGCGGCAGCGGCUGCAGCGUUGGUAGCAUCAGCAUCAGCAUCAGCGG… 2026 nt 0.6397
Summary

This gene encodes an integral membrane protein. The exact function of this protein is unclear, but studies of a similar murine protein suggest that it is a synaptic vesicle protein that also interacts with the dopamine transporter. The gene product belongs to the synaptogyrin gene family. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic alcohol exposure significantly downregulated SYNGR3 mRNA expression in hippocampal tissue, as identified through high-throughput sequencing and bioinformatic network analysis [Du et al. DOI:10.3389/Fphar.2024.1377501].