Basic Information

Symbol
SYP
RNA class
mRNA
Alias
Synaptophysin MRX96 Major Synaptic Vesicle Protein P38 MRXSYP XLID96
Location (GRCh38)
X:49187807-49200218
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003179.3
Sequence length
2421.0 nt
GC content
0.5816

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1035 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1075.2 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 646.98
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003179.3 NCBI
AUUGCUGAUGCUGCUGCUGGCGGACAUGGACGUGGUGAAUCAGCUGGUG… 2421 nt 0.5816
Summary

This gene encodes an integral membrane protein of small synaptic vesicles in brain and endocrine cells. The protein also binds cholesterol and is thought to direct targeting of vesicle-associated membrane protein 2 (synaptobrevin) to intracellular compartments. Mutations in this gene are associated with an X-linked form of cognitive disability. [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that synaptophysin, a presynaptic protein, was used as a marker in co-localization immunohistochemistry experiments following traumatic brain injury, showing a punctate distribution overlapping with the SYP in the deafferented dentate molecular layer, which suggests the SYP is associated with sprouting presynaptic terminals [Falo et al. DOI:10.1089/neu.2008.0511].