Basic Information

Symbol
SYT11
RNA class
mRNA
Alias
Synaptotagmin 11 Synaptotagmin XI KIAA0080 Synaptotagmin-11 DKFZp781D015 MGC10881 MGC17226 SytXI Synaptotagmin 12 SYT12
Location (GRCh38)
1:155859449-155885199
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152280.5
Sequence length
5182.0 nt
GC content
0.4620

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1823.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1918.86 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1125.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_152280.5 NCBI
AGCGCAUCCCCGGAGCAUCUUAAGAGCUGAGCGCAGCUGACAACUAGGG… 5182 nt 0.4620
Summary

This gene is a member of the synaptotagmin gene family and encodes a protein similar to other family members that are known calcium sensors and mediate calcium-dependent regulation of membrane trafficking in synaptic transmission. The encoded protein is also a substrate for ubiquitin-E3-ligase parkin. The gene has previously been referred to as synaptotagmin XII but has been renamed synaptotagmin XI to be consistent with mouse and rat official nomenclature. [provided by RefSeq, Apr 2010]

Forensic Context

A study in humans delineated age-associated mRNA expression patterns in peripheral blood and established a robust age prediction model using 34 candidate age-related genes, including the SYT11 which overlapped with genes previously reported in other studies [Liao et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103373].