Basic Information

Symbol
TACC1
RNA class
mRNA
Alias
Transforming Acidic Coiled-Coil Containing Protein 1 Transforming Acidic Coiled-Coil-Containing Protein 1 Gastric Cancer Antigen Ga55 Taxin-1 Transforming, Acidic Coiled-Coil Containing Protein 1 KIAA1103 Ga55
Location (GRCh38)
8:38728166-38853028
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006283.3
Sequence length
7770.0 nt
GC content
0.4456

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2338.97 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2491.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2070.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001122824.2 NCBI
GAGUCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGUCUAGCAGCCGGGCGC… 6540 nt 0.4347
NM_001146216.3 NCBI
AGGAGAGAUGCGAAAUCAGCGGUAGCAGGUGGCGCAGAAGGGAGAGGGG… 7352 nt 0.4298
NM_001330521.2 NCBI
AGGAGAGAUGCGAAAUCAGCGGUAGCAGGUGGCGCAGAAGGGAGAGGGG… 7265 nt 0.4296
NM_001352778.2 NCBI
AGGAGAGAUGCGAAAUCAGCGGUAGCAGGUGGCGCAGAAGGGAGAGGGG… 7640 nt 0.4368
NM_001352779.2 NCBI
GAGUCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGUCUAGCAGCCGGGCGC… 7806 nt 0.4450
NM_001352780.2 NCBI
AGGAGAGAUGCGAAAUCAGCGGUAGCAGGUGGCGCAGAAGGGAGAGGGG… 7553 nt 0.4366
NM_001352781.2 NCBI
GAGUCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGUCUAGCAGCCGGGCGC… 7719 nt 0.4450
NM_001352782.2 NCBI
GCACAGCCGCCCGCCGCCCAGCACAGGAGGGUGCAGCCCCGGCCCCAAG… 7397 nt 0.4330
NM_001352783.2 NCBI
GAGUCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGUCUAGCAGCCGGGCGC… 7683 nt 0.4455
NM_001352784.2 NCBI
GCACAGCCGCCCGCCGCCCAGCACAGGAGGGUGCAGCCCCGGCCCCAAG… 7310 nt 0.4328
Showing 1 to 10 of 30 entries
Summary

This locus may represent a breast cancer candidate gene. It is located close to FGFR1 on a region of chromosome 8 that is amplified in some breast cancers. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2017]

Forensic Context

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