Basic Information

Symbol
TAL1
RNA class
mRNA
Alias
TAL BHLH Transcription Factor 1, Erythroid Differentiation Factor BHLHa17 SCL TCL5 T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia Protein 1 Class A Basic Helix-Loop-Helix Protein 17 T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia 1 T-Cell Leukemia/Lymphoma Protein 5 Stem Cell Protein Tal-1 Product BHLHA17 Tal-1 TAL-1
Location (GRCh38)
1:47216290-47232225
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001290403.2
Sequence length
4641.0 nt
GC content
0.5307

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1729.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1814.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1607.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.((((((((((.......))))...)).)).))...).))))......((((((((.((((((((((((((.....)))).))(((((((.......(((((((............((((...(.(((((((((((((..((((((.......))))))((((.((...(((...(((((.((((.(((((((((...((((..((....)).....((.((((((.((((((((((((.(((((((.((((....(((((.((..((((..(.(((((...))))))..))))..)).)))))))))...)).)))))......).))))))((((((((((.((((.((..(((((.....(((((((((.((((((.((((.((((.(.(((((.(((((((((((((((.((..(((...)))...)))))(((...((((....))))...)))(((....))))))).)))))).)).((....)).....)))))).)))))))).)))))).)))).)))))...((((((((((((((((.....))).))).))))))........)))))))))..))..)))).))....))))))))((((.....))))..((((.....))))))))).)))))).))))))..)))))))))))))...)))))...))).)).))))......))))).)))))))))))))))))))).))))).)).......)).)))))).((((.......))))((((...............)))))).)))))))))))((((((((((...(((((((......).))))))...))(((((((((..........((.(((((((((((.......)))).......((.((((((.(((((......))))).)))))).))........(((((((..((((((((((((..(.((((.....((((((((.(((....)))((((((((.((.((.(((((.((((((((((((((...)))))))............(((.....)))..))))))).))))).)).)).))))))))(((((((..((((..((((((((..((((((.((((.(((.((..(((......((((..(((((..............)))))..))))....))).)).))))))).))).)))))))))))..((((...((((((((((....))))).)))))))))....((((((((..(((.(((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((.(((((.........((((((((((.(((((.((((((........((...((((((((((((((((((((((((......))))))).))))).....))))((((((.....))))))....((((((......))))))..........))))))))..))))))))))))...((((((((((.......)).))))))))((((((.(.((((((.(((((....)))))..)))))).).))))))....).)))))))))).))))))))))))).))))))..(((.......((((.(((((((((.....))))))))).).))).......)))........))))))))).)))....)))))))))...)))))))))))))))..))))))).))))))))..(((....))).....)))))..))))))))))))....))))))).....((((..((....))..))))((((.....)))).((((.((.((((......))))..))))))...))))))).)))))))))))..))))))))....((((...((((((((((((((((((((((.(((((((((.......)))))))))...(.(((((((....))))))).)..((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((.((..((((.........((((((((((((...((((.((((((((....))))(((((((((........)))))))))((((.(((.((.....((((((((((.((((.(((..(((.((((.((((((....)))))).)))))))...((((......)))).((((....((((..((((((((((.((.(((..(((((((..........(((...((((((...)))))))))......(((.((.((((.(....).)))).))...)))))))))).))).))(((((((((((........)))).)))...))))......)))))))))).))))..)))).........))).)))).)))))))...)))....)).))).)))).((((((((((((((......((((.(((.((.....((((........))))...)))))..))))))))))))))))))....(((((...((((((((((((......((((((...((((.......(((((((((....)))))..)))).......))))...)).))))(((((((.......((((((.......)))))).))).))))))))))))))))....)))))))))...)).))...)))))))....))))).........)))).))...))))).))...)))))))))).))))).......(((((..........)))))))))))))))((((..(((((((.....((..(((((........)))))))..............(((((((..(((...(((((...((((.((..((((...((((....)))).))))..)).)))).))))).)))...)))))))...((((((.......)))))))))))))..))))((((......))))..........(((((((((((.(((..(.....)..))).)).)))))))))............))))))..((((....((((((((.......(((((((..((((............)))))))))))((.((((((((.((((((....))))))......((((((((((....((((((((((((...((((.((((..((.(((................(((((.(((((.((((.(((((((((....(((..(((((((((.........((((.......))))(((....(((......)))...))))))))).)))..))))))))))))))))...))))).)))))))).))..)))))))).))))))))))))(((((...(.((((((....)))))).).))))).....)))))))))))))))))).))(((((.(((...))).)))))(((..((((((((..((((.((((((.....))))))..))))(((((.....((((((((((((((....((.(((((((((((..(.(((.(((((.(((....))).))).)).)).).).))))).)))))).))..........)))))))))))))))))))(((((..(((..((((....))))..)))....(((((...(((((((((((((((....((((((.....))))))....((((((((......))))))))..........................))).)))).)))...))))).....)))))((((((.((((..(((((((((((((((((...........))))))...))))).).)))))..))))..))))))...)))))...((((...((((((..(((((((((((((((.......))))))......)).))))))).)))))))))).))))))))..))).((((........)))).....))))))))...)))))))))..)))))))))))(((((((((............))))))))).(((((((((((......(((...(((.(((....(((((((.(.......((((((((((((((......(((.......)))(((...((((((((((((((((((((((..((((((((.................((((((.......))))))(((((..((......))......(((((.(((.(((((((............))))))).))).))))).....)))))...))))))))))))))))..............(((((((...)))).))).(((((........))))).....(((((((((((((((((((((..((....))..)))))).).)).........)))))))))))).((((((.((((.((........)).)))).))))))(((((.(..(.(((((.(((........)))))))).)..).)))))((((((((......))))).)))(((((....)))))............))))))))))((((.((.......)).)))).))))...)))...............)))).)))))))).).).........).)))))))))).))).))).....))))))))))).......))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({{({(((((((((((((((.......)))},,,{(({{{{.{(({,|{{||.....,,{||{,(,(({(((((((((((.....}}}},||(({{{{{,{,....{(((((({.{{,....,..,{||.|}|.(((((((((((({..((((((.......))))))((((.((.,.,,,...(((({{((((.(((((((({...((((..,,.,,{(((.((((((({({..,{.|((((((((|.(((((({.((((....(((((.((..((((..(.(((((...}))))}..))))..)).)))))))))...}},}}|}}...,,.|.}|}|||{{({{{{{{|.((((.((.{(((((.....,||||||,|}((((((.(({((((((,(,(((((.((((((((((({((({((,(({,...,,....,(({{(({...((((....))))..,))})}}.,}}))))))).)))))).)).|,,...,}..,,,)))))).))}))))).)))))),)))}.})))),}.|||||||||||{|{||.,,}}))).))),||}|||{{{...,||}||||||||||,..}|||,|||..,)))})))}{(((,,...}}))..||||}}},,))}))}},,.)))))).))))))..})))))))))))).,.))))}...,,}.)).))))......,)))).)))))))).,,,}))))))).|||||,||||,.,.,|,,||||||,(((({,...|,||||{(({{,..,..|.|,.,},))}}||.}|}|||{||||(((((,{({{,.,((((({{{{{{{{|.|||},||..||((,,{(({.,.,.{((,{.{{.{{,{,{{((((.......)))|.{{{{{{((,((((((.(((((......))))).)))))).}}.,,{{...|{||{||.}||||{|||{{{{},||{{||..,,.{|||||||,,||,,,,}}}((((((((.((.((.(((((.{(((((((((((((...))))))).,..........(((.....)))..))))))}.))))).)).)).)))))))){(((((({,({((..(((((({{..({,({(.({((.({{,({{{({{.,,...{{{{..{|{||,.,||,,..,.,,.})))).,)))),,..))).})})))|||}.}}}.|||}}|}}|}},.((((...((((({((({....})))).)))))))}),,{{((((((({..(((.(((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((.(((({.{.......((((((((((.({({((((((((...,....{,...(((((((((.((((((((((((((......))))))).))))))}..,||||((((((.....)))))).,|.((((((......)))))).........,)))))))),.,,)))))))))}...((((((((((.......))))}})))))((((((.(.((((((.(((((....)))))..)))))).).))))))....}.))))))))))})))))))))))))},))))){(((..(({...}))..)))|(((((.....)))))}.,|,|{}},.....,})))........))))))))).)))....)))))))))...)))}))))))}}}}}..)))))))})}})))}).,|||,.,{|||{{{,.||||}|,||}}}}}})))).|||)||||||,..,.{{{{,|||,|{{|}.,||||({{{.,,,.|||}.{||{{|{|((|||,,(,,{{||{.|{{|||.,,|||||||,||||||||,,{,,||}}})))}|,||}}}...,|||{(((((((({...,,{.,.(((((((((.......))))))))),..{.(((((((....))))))).}..||})))||||.,{|(((((,(((({({,{((.(({.({{{((,,,,....,..,|||{,,,|,|}}}}}}..}})}}.|||}}}.)}}}|((((((((,......,))))))))){|{|,|||.||},}},|||{||||||.|{{|,(((,,(((.((((.((((((....)))))).)))))))...,{{{.,,,,,}}}}.((((....(((|..((((((((((.((,(({..{{{||||,.....,,,{(((,,,(({(((...}}}}}}}||..,|||(((.((,{{{{,|,,..},)))),)),..))))}))))),))).}}||{{(({((((........)))).}})}...}))......)))))))))).})))..)))).........}||,|}||,}}}}}|||..|||....|},||},||||.,{(((({(((((((....,,||||,|||.||},,.,||{|,,,,..,,)}}}.}}})))).|||||}}||||}||}}}}}.{,,{{{{{{,{,.,{{((({{({,,,.{{(((((({..,(((,,.....(((((((((....))))),.}))).......}}}}...}},.,}|{(((((,{{{{.{{((((((.......)))))}.,,)},)),))}},)))))))}}}}})))})))),,,,,.,},)}},}|||||,..||||||{|{,....||||,|||..}}}}}}}.{{,|||||||}||.|||}}.{{{{{{((((({{{{...,,,|||({(|,,)))),,}|||{{{{((({(((..((((|{{(({...,,,,,|}}}}|{,,..(((((((((((((((((,{({{...(((((...((((.((..((((...((((....)))).))))..)).)))).))))){|{{{{{||||,,,,..((((((.......)))))|,,{{{{...,((({(,....,}.||||.{{{{,{{,.(((((((((((.(((..(.....)..))).)).)))))))))..,........,,,{{,((.(((((......))))).)}.....||||}}}|..}}}|,{{{,...,})))}},,,,,|.}}))))},...{(((((....)))))),,..,}})},}}||||||,,((|||...,},,}},},}))}}}}))}}))))))))..,,}))}}))))))))))..,)}}))))|,.||||||||{(((((((.......)}})))))..,}}})))}..),}}})))),.)))}))),,,})))},||||,}}}}}}}}))),})))}}}}}.,,.))))))}.))})))}})}....)))}}}))}}.||}}||}|{,,(((((,..{.{(((({....}))))).,.}}}}}||}||,.{{{||||||}(((({.((((.((((((((.,||.({.((((((((((......))))},))))).))...}))))..}))))).}))))))))|}},,||||||||,.|,{(({{,,{..||||,..}}}{{|{{..,.,||}},.},),)})})))))}),}.||((,{(({{|.....}},,)).)))){{((((((.((.(((((((((....))))))))))).)))))},}}..{((((((,..{(((({{((((({,(,,..((((((.....))))))....((((((((......))))))))....{,,,,,,,,.............)))})))),||||..|||||.....|||||||||}}}}}}}.}),},})))....)))},..||||,((((,,{(((,((({{((,(((((..((..(((....)))..))..)))))((((...((((((..(((((((((((((((.......)))))}.....,))},)))))).)))))))))).{{{{.({,,..}.||||.....,,.,||},.,{,,,........,,,,||||||..,||||{{{(((((((,((({...|}},.}}}}})),,,,,|{{{,{||||||{{..,,..{{{,,.({{,{,{{{{{({{,,{{,.,,,,,,...{(((((({{(((.....,{{{.......}}},},...,}}},{||||||||||||{{||,.,{{|||||.................{{{{((|.....,||||||.((((,,(,..,,,,||,,|,..,||||,|...||.,,,,......|||||||||||}},}}),}}}|}|{}|||||,|...}|||||}}}}}}}}},..........,}}||{{{{{{,,,)))).))).(((((........))))).....||||||((((({{{{((((((.,,{....}}..)))))).)})),....}}}}))))))))))))}|||,{{|{{(,.,|,}},,,))))})),)}))))))(((((.(..(.(((({{(((........)))))))).)..).)))))((((((((......)))))},))(((((....))))){{{{......})))})))}}}}||||,||,.,..,,)),))))}.}}}}},}}}.,,})),......,,)))).)))}},))}}|},....,,.,)}))))))))}}.)})})))}}}}.,,,,,,))}))}))},.}))))

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001287347.2 NCBI
CGUUUUCUUCGUUGCGUACGAUUGUGCUCCGUUGGUGUUCUCAGCAGGG… 4664 nt 0.5262
NM_001290403.2 NCBI
GCCGCCGCUCAGGACCGGGCCUCAAAAUGGCCACACGCGUACCCCCGUA… 4641 nt 0.5307
NM_001290404.1 NCBI
AUUUCUUCUUCGUGGUUGUGUGCAUGCGGUGGGAUUGUGAGAUUUCGUG… 4779 nt 0.5296
NM_001290405.1 NCBI
AUUUCUUCUUCGUGGUUGUGUGCAUGCGGUGGGAUUGUGAGAAUCGCCC… 4647 nt 0.5261
NM_003189.5 NCBI
GGCCCAUGCUAACGAGGCCUGGAACGUGAGUGGGAUUACAGCGCGUCGG… 4892 nt 0.5364
Summary

Enables several functions, including E-box binding activity; RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding activity; and histone deacetylase binding activity. Involved in several processes, including myeloid cell differentiation; positive regulation of cellular component organization; and positive regulation of erythrocyte differentiation. Located in chromatin and nucleoplasm. Part of transcription regulator complex. Implicated in acute lymphoblastic leukemia. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in Drosophila demonstrated that the micropeptide Sacrolamban, derived from a long noncoding RNA, mediates calcium reuptake in cardiomyocytes by regulating SERCA activity [Chih-Fan Yeh et al. DOI:10.1186/s12929-020-00647-w].