Basic Information

Symbol
BCL6
RNA class
mRNA
Alias
BCL6 Transcription Repressor ZBTB27 LAZ3 BCL5 Zinc Finger Protein 51 BCL6A ZNF51 Zinc Finger And BTB Domain-Containing Protein 27 B-Cell Lymphoma 6 Protein B-Cell Lymphoma 5 Protein B Cell CLL/Lymphoma 6 Protein LAZ-3 BCL-5 BCL-6 Lymphoma-Associated Zinc Finger Gene On Chromosome 3 Cys-His2 Zinc Finger Transcription Factor Zinc Finger Transcription Factor BCL6S B-Cell Lymphoma 6 Protein Transcript BCL6, Transcription Repressor
Location (GRCh38)
3:187721377-187745725
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001706.5
Sequence length
3306.0 nt
GC content
0.4997

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1036.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1097.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 991.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((....(((((((...(((((((((((....(((..((((...((((((((.((((((..((((...(((.....((((....(((.(((...(((((.........((((.....))))....((((....))))))))).))).)))))))...)))...)))))))).....(((((((((((...((((((......))))))((((((((...(.((((((((..((((..........))))....))))))))).))))))))((((..............))))...(((((.((((((.....((((((((((.....((((....))))....((..(((..((.((((((..((((((((((((..((((.....((((.(((((((((..........((((((((((.....))))))))))..))))))))).))))....))))..((((.(((..((.....))..))).))))..((...((((((....))))))..)).....)))))))...))).....))..)))))).))..)))..))...(((((((((....)))))))))(((((((..((.((....(((((((.(.((.((...((((.(((((.((...)).))))).)))))))).).))))))).))))..)))))))...............(((((((((..(((((((..((((.(((.(((..(((((.((((.(((((((((((((((((((((((..((...(((.((((....)))).)))(((......)))...))..)))))..))))..((((((((..((.(((..((.((((.((....)))))).))..)))...))......))))))))...)))..).))))).......((((..((((.....))))...))))(((((((((...((.......))..)))))))))...........((.(((((((((...)))))........)))).)).))))))))).)))))))).))).))))(((((((((((((........(((((.((......))..(((.(((((.((((...(((...........)))))))))))))))..((((((((((((.((((((((((.......)).)))))((.(((((((((.(((((.......))))).)))))...((........))........)))).))......((((((.(.((((((...(((((....................))))).)))))).).))))))((((((....................))))))...((((((((.((..((..((.((((((.....((((((((((((.(((((((((..((((((.(((.(((((..(((((.............((((....))))...((((...))))...))))).(((..(((((((.(.((....)).).)))))))..))).......((.(((((........))))).)))))))))).))))))((((((((..(((((.(((((..(((......((((((((((..((((....)))).))))..((....(((((((....)))))))....))(((.(((.(((((((...((((((....(((((..((((.(((...(((((...)))))...))).)))))))))))))))....(((((....((.((...)).))...)))))..))))))).))))))....(((....))).))))))......((((.......)))))))..))...))).)))))....))))))))(((((((........(((.....))).............((.((((((.((((((((.((.(((((.(((.((...((.(((((...(((..(((((.(.(((.(......).)))).)))))..)))((((.(((((((........(((((((.......((((....(((....(((..((((((...)))))).)))....)))...))))))))).)).....))))))).)))).((((((((...)))))))).(((.((.........)).))).......((((((......))))))...((((........)))).......(((.(((((...))))).)))))))).))...........(((..((((..(((((...(((.....))).)))))....)))).)))............(((((.(((((....))))).))))).)).)))..))))).)).))))...))))..)))).)).))..))))))))))))))))...))))))))))))..(((((((..((((((.......))))))..)))))))((((((((....................(((...((((((((((((((((((((....(((.........)))...)))))))))))))......)))))))...)))((((((((..((((((...(((((.......(((((((((((((....((((.(((.(((....)))))).))))...))))))))))))).........)))))..........))).)))..)))))))).(((((((((.((...))))))))))).))))))))..(((((.(((((((....))))))).)))))....(((((((...............))))))).....................)))))).))...))..))))))))))....))))))).......(((((((((((((((((((((((.....))))))))...)).)))......((((((((((((........((((((......))))))))))))))))))..(((((.........)))))...((((((((.....(((((....(((((((((.....((((.(........).)))).))))))))).)))))......))))))))..((((..((((....))))))))(((((.....))))))))))))))))))))))).))))).........))))))))))))).....)))))))..))..)))).)))...............(((((.((.......)))))))...)).)))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))...))))))))))))))))))((((((...))))))..........))))))).....)))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{(....(((((((...(((((((((({...,(({,.{(((...((((((((.(({((({,{{{(,{.,,,.,||,,(((,,,,{{({((,.,{((,((({{{{...((((...{{,((.({{..((((....)))))))}),)),.,)))),}..})}}})))))))))),....((((((((((({{{({{{{|,,},,,||||||((({((((..,(.((((((((..({{(,,,,,,..,.,,}},}..))))))))}.)))))))),,{{,.,,.||||,,,,|||||.||||,.{..{||||,{(((((.{{((((..{{..,,....)))))),.}.}|}}||,..,,,||||{{..|||},{{||,||,.{{{{,,.,,((({.,{{((((((..,,...,.,{{((((((((,,,,,||||||}|||,.||}}}}}},,)})),,},)))),.((((.(((..((.....))..))).))))..(({{{(({{{|,,,,))||||..||.{{{.,,||,,|{{...)}}..})}..))),))}))}},,,..,,...(((((((((....)))))))))(((((((..(,,({....(((((((.(.((.((...((((.(((((.((...)),))))).)))))))).).))))))).))))..)))))))....,......}},,,||||||||..{((((((,.((({.(((.(((,.(((((.((((.((((((((((({{{(({{{{({{{((({..{{(,((({....)))).)||((({..,..}})..,)}}})}))),.}}}|,{((((((((..((.(((..((.((((.((....)))))).))..)))...))....,.))))))))...)}|..}.,)))}....,.{((((,.((((.....))))...)))}(((((((((,..({....,}..),.)))))))))......,,,..{{.(({{(((((...)))))........}}}).}}.))))))))).)))))))).))).})))(((((((((((((........(((((.((......))..(((.(((({,((({..,(((...........)))))))))))))))..(((((((({{(((.,,(((((((.......))|}))))..,}},,(((((.(((((.......))))).)))))....,{....,.,{((({.,.,{{{|{{{{,,,,{{((((((.(.((((((...(((((....................))}}}.)))))).).)))))}((((((.....,.....,,}......))))))...(((((((||((.,{{..{(.((((((..,,.((((((((((((.{((((((((..((((,(.((({(((((((((......,}.}}},...((((....))))...,,,{...}}},...{({.,.{({.,(((((((.{.((....)).).)))))))..}}}........|,||{{|.....,.,|}|||{{{{(((({(({,,,.,,,.,,|,|}}.|||||.|}}|}}}}},,...|}||||||{{||.,|{{,,,,,||||.}|||.,{{,|..{((((((....))))))},|,{|{({(.(({,((((((,...(((((,...{(((((..{{{{,(({...{((((,,,))))}...}}}.|||||}}||||}}}}....{{{{{....,,......,}}))}..}}))}..}))))}),}}}|||..,.(((({...((({(({{|,,,..,,..,.......|||||||...|||}}},}}}},..,.,)}))))||({,.,|,...,.}},|.{,,..,|||............,{{.{{,,{{|{{|{{||,.||.||,,,.,,|}|....}},}||}|.,,{{{|||{{{{||,({|.{,,,...},|||..|{{{,.....}}}},|})}}|}..}}},,.,,||||||,,,}}||{|||..,|||,,..(((..((((((...)))))).))).{,,|,|...,,,),)))).||{....))}.,,.{(((((((((((((...})))))))..)))))}..,,,,}}}},}},..,....((((((......))))))...((((........)))).......(((.(((((...))))).})).,,{{{.(({......)))}}|..||{|||{||||}},}|}}}},,}})}))}}},},,}))),)))............(((((.(((({....})))).))))).,|,|||,{||}|}{||.}}},...,,,,..)),),}..,)}},}}))))))))))))}.,.))))))))))))..{((((((..((((((.......))))))..))))))}((((((((...................,(((.,.((((((((((((((((((((....(({.........)))...)))))))))))))......))))))).,.))){(((((((..((((((...(((((,......(((((((((((((....{(((.(((.(((....)))))).)))}...))))))))))))).....,.}.}))))..........)))}}})..)))))))}.((((((((,{((...))))))))))).))))))))..{({({.,,,||||..,,|||{({({{||,......})))))))}...........,.|{{|||...,})))}..,},...,,..)))))).}}...}}..)))))))))),.,,}}}}|(((({{,((({..{{{{{{((,((((((((((.....)))))))}.,||}.}}},|{,.,({{{(({{{{{{,,,.....{{|||{,,,,,.))}}})))))))))))})..|||.}}}},}.,....,{{...((((((({.,,..{((((....(((((((({.....((((.{........).)))).))))))))).))))}...}}}))))))))..||||..((((....)))))))).}}}}}}}}..)}}}}}))),.}).)))))))).))))).........)))))))))))))..,,,}}})))}..,|.{{{||,.,,,,},,..,,.,....(((({,((.......)))))))....},}}}.,}}}})}))},,,,}.}}))))))))).))))))))))...))))})))))))))))))((((((...))))))..........))))))).....}||,,....,,,..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130845.2 NCBI
ACAAGCGAGCUGGUGGUUGAAGCUGGUUAAAGAACAGCCUAGGUAUUCC… 3659 nt 0.4958
NM_001134738.1 NCBI
GUUUUGAGCAAAAUUUUGGACUGUGAAGCAAGGCAUUGGUGAAGACAAA… 3086 nt 0.4945
NM_001706.5 NCBI
AGAACUGGGGUUCUUAGAAGUGGUGAUGCAAGAAGUUUCUAGGAAAGGC… 3306 nt 0.4997
Summary

The protein encoded by this gene is a zinc finger transcription factor and contains an N-terminal POZ domain. This protein acts as a sequence-specific repressor of transcription, and has been shown to modulate the transcription of STAT-dependent IL-4 responses of B cells. This protein can interact with a variety of POZ-containing proteins that function as transcription corepressors. This gene is found to be frequently translocated and hypermutated in diffuse large-cell lymphoma (DLCL), and may be involved in the pathogenesis of DLCL. Alternatively spliced transcript variants encoding different protein isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2015] CIViC Summary for BCL6 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the BCL6 transcript increased in relative abundance within 0.5 hours postmortem, exhibiting a profile with two maxima [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267]. In a separate investigation of human sepsis, the BCL6 was identified as a transcription factor with activated activity in plasma cell subgroups characterized by low propionate metabolism [Yang et al. DOI:10.1038/s41598-025-06463-2]. A study in humans undergoing cardiac surgery with cardiopulmonary bypass identified 21 differentially expressed microRNAs in left ventricular tissue following acute ischemia, including upregulated miR-339-5p and miR-483-3p and downregulated miR-139-5p [Saddic et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00049.2015].