Basic Information

Symbol
TBC1D5
RNA class
mRNA
Alias
TBC1 Domain Family Member 5 KIAA0210 TBC1 Domain Family, Member 5
Location (GRCh38)
3:17157162-18444817
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001349074.2
Sequence length
6500.0 nt
GC content
0.4545

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1975.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2090.96 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1760.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((((..(((.(((((((((.((((((((...))))))))((((....)))).((((........))))...)))))))))..)))..)))))).))(((((((.(((.(((..(((.(((....))))))))).(((....)))..((((((((....(((((((..((((.((((((((((..((((((.(((((........((((((((((((..(((((..((((((((((((....(((...(((((((((((((.....((((.....))))......((((((((((((((((.((((((((((((.(((.((((...)))).(((((((((.(((............................))).)))))))))(((.(((((.......))))).)))....((((((......))))))((((.......))))(((....)))...)).).)))))).)))))).((.(((....))).))...(((((((.....))).)))).))))))))...)))))))).....(((....)))...)))))))..))).)))...)))..)))).))).)))))..)))))((((.(((..(((((..(((((.(((.((((((((.((.((((((..((((...))))..(((((.......)))))((((((((((.((((((.......))))))((((......(((((((...))))))).....))))(((((((((((..(((.....))).(((((......)))))((((((((...))))))))))))))))))).(((((((((.........((((....)))).........)))))).))).(((((........)))))((((.((((((....((((((.((.((((.....((.(.((((...(((.(((......))).))).......)))).).)).....(((((....(((((((..(((....))))))))))....)))))(((((((((........)))))))))......)))).)).)))))))))))).))))..........))))))).)))....(.(((((((((.(((...(((.((((((((....))))))......(((.....))).((((.((.((....)).)).(((((.((........))))))).((((..((((.(((...(((((((.((................)))))))))...)))))))..)))).......))))..)).)))))).))))))))).)...)))))).)).))))))))...)))))))))))))...))).)))).(((((...))))).........(((((......))))).)))))))).))))...((((.((((((.(((((((((.(((.......))))))))).........((((...(((.((((((((((.((..((......))..))........(((.(((...(((...(((........))).)))...)))))))))))))))))))...))))..(((((((.(...(((((..((((((..(((.(((....((..(((((((....((((((((((((((.....)))))))))....(((....)))...))))).(((((((....)))))))..((((((...(((....)))...(((((((((....((((...))))...)))))))))...((((......))))...(((((...((.((.((((((..(((((.........(((((..(((.((((........((((.........(((((((.(........).)))))))((((((..((((..(((((((((((((((((((............(((((((..((((....(((..(((.(((.((((((.(((((.((.(((.(((((.(((..((.(((((..((.(((((((((....)))))))))..........((((((((((((...((.....)).))))).........(((((.......)))))...((((((((.(((.......(.(((((......((.(((...))).))......))))).)....((((((..(((..((((((........))))))))).))))))))).))))))))....((((.......))))((((((.(((((.((.((((((((((..........)))...(((...)))..)))))))))...)))))...))))))...)))))))..(((..((((...(((((((......((.((((....((((..((((........))))..)))).)))))).....))))(((((((........))))))).......)))...))))..))).....(((((((..((((....))))..)))))))..))..))))).))..).)).)))))))).)))))))....))))))..))))))..))).......((((((((..((((...(((.((((....))))))).))))..)))))).))))))..))))))))))))..((((((((((((..(((((((((((....((((((..((.(....)))...))))))..((((.((.(((...(((((..((((.((((((......(.((((((((..(((.....(((.....(((((......))))))))..)))..))))).))).)...(((((((((....)))....))))))..........((((.(((..(((((..(((((.....(((((.......(((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((.....))))))(((((((...)))))))...)))).)).............(((.(((((..((((((.((.....)).)))).))..))))).)))..((((((...((.((........)).)).)))))).((((((((.(((.((((((((..(((((((((((..........))))))).(((((((.((.((((.......)))))).)))))))((((................))))...(((((....)))))....(((((((.(((((((....((........))....)))).)))..)))))))......(((........)))...........(((.......)))))))...)))))))))))...............(((((.((((((((........))))...(((((.(((....))))))))...(((((((.........(((((.(((((((((((.((((.....((((((((....))))))))...))))....(((((.........))))).................))).)))))))).)))))....((((..((((.((((((((..((.(((((((((..(((((((...((((.((((((.......(((((....)))))...((((((((..(((((..........(((((...(((((........)))))...)))))((((((((((((((((((((((..((..((.((((...((((((((((.(((((......(((((.(((....)))..)))))((.....)).......))))))))))....)))))))))))..))..))))))....))))).)).(((((.....)))))..........))))))))).)))))..))....))))))((((....(((((((.....(((((......)))))....)))))))..))))((((.(((((((((((.(((...((((.....))))...)))..((((((..(((((((......))).)))))))))))))))))))))....(((...))).)))).))))))))))............((((.(((((.....)).))))))).(((((((((((((((..((...((((((((...((.((((((((((.((((..((....))))))(((((....)))))((((((((..((((..(.....)..))))..)))))))).....)))))))))).))...))))))))(((..((((...))))..)))))..))))).)).))))))))..(((((((((((..(((((........)))))..(((......)))((((((...)))))).....))).)))))))).(((((((((.(((....)))...(((((.(((.((...((.(((((....((((((.........(.(((((........))))).).........))))))...(((((......)))))((((..........))))))))).))...))))).)))))....))))))))).......)))))))((((((((...((((.(((((((............))))))))))))))))))).....))))))).))..))..)))))))).)))).))))..(((((.....))))).....((((....))))((((....))))((((....))))......((((((...))).....))).(((((((((((....)))))))))))((((((.((((((((((...)))))))))))))))).......))))))))))))))))..((((((.(.......).)))))))))))))).((((.((((((...((((((.(((....))).(((((((..........))))))).((((((((.........(((((..(((((.........))))).))))).....(((..((.((((((....((((.......)))).....))))))..)).)))....((((((.(((((((.((((..(((...))).)))).)))))))..)))))).)))))))))))))).....)))))).))))..)))))))).)))))))....(((((((((.(.((((....)))).((((((((((..(((.(((((((((.((((((.....(((((...........)))))..))))))))).......)))))))))))))))))))(((.((((....)))).)))....).))))).....))))...((((.((((......)))).))))..))))))))).)))))))........)))))...((((.((((....((((((((((.....((((.((((((.((((.....)))))))))).))))...........((((.((((((.(((((((((..((((((((...(.(((((((((((..((((.................))))...)))))...)))))))...))))))))(((((((((...(((((((((((....)))))).)))))...(((((((.(((((...)))))))))))).(((((....)))))...................))))))))).....(((((((..............(((((((...))))))).............))))))).))))))))).))))))))))(((((......................)))))))))))))))....)))).))))....)))))....)))))..)))..))))..)))))).))))..)))))..))).))..))))))))))))))).)))))))))....)))...))))))))))))))...).)))..))))))..))))........)))))))..))))).......)))))..)))))).)).))..)))))))))))(((((((((..((((.((((....)))).)))))))))))))((((((...........)))))).((((((((.((((((......)))).....(((((..((.((((....)))))))))))((((.((((.....)))).)))).........((.(((((((((((((.((((((((((.(.((((...))))...)...)))))))))).))))))))....))))))))).)))))))).....)))))))..))..))).)))..))))))))))).))).))))).....))))))))))))).(((((...((((.....)))))))))..((((((((......))))))))(((((.......)))))..)))))))))))(((((.(((.(.((((((((......)))))))))))).)))))..(((.....)))..((((((..(((...(((....)))..)))..)))))).)))))))))))))).))))....))).....))))))))........))).)))))))..)))).........((((.....))))...........(((....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(,((((((..(((.(((((((((.((((((((...))))))))((((....)))).((((........))))...))))))))),.)))..)))))).))(((((((.(((,({..,(((,((({,..}|)}))}}}}|.}}.,,||{,.((((((((..{{(({({{(..((({{((((((((({..(((({{{(((((........(((((((((((({((((((..((((((((((((....{{{...(((((((((((((,....{{({.....}}}}..,...((((((((((((((({.((((((((((((.(((,(,..(({{..{.{{{{||{{{.||{{{{,........}}}}.........,,,||}.||||||}}}}}},))))}}},....{((({{{.,,....,||||}},...}}},||((.....,,,..}},{((....}}}...)).).)))))).)))))).({.((({...}}),)).,.{(((((({,...})),)))}.)))))))),..}))))))),....(((....)))...)))))))..)))},))...}},..)))).))).)))))..)))))}|{,.,,,..,,{{{,.{((((,(((.{(((((((.((.((((((..{{{,.,.}))}..{{(({.......}))}}((((((((((,((((((.......))))))|,,.......(((((((...)))))))..,{,{|||.,,{|{{||||,.{{{....,|||{{((((,.,{{.||,..{((((((|...}))))))),,}|}))|||((((....,,|}}}}},...|{(({{,{|||,....,{{{{}}|,,,,,.}..||||}}}}....|||||,{{{,({({{(((((,((({{{,,.((,,........}}..}}).}}|,,{...,,.}})))}))}..,}}}.}}))},,,,..,(,(((((....(((((((..(((....)))))))))}....))))).)),,}})))},...,,}}}||{{{..{{{{{{{.{,...}),))))))),,}))}},.........))))))).))),,,.|.((((((({{.,(({{,,((,,,((((((....)))))).}}.,}|||..,,,{{{,,{{|,||.{({.,{|,,|,.(((((.((........)}))))).{||{..{||{.{{{...{(((((({(,..,......}},...}))))))))},{,|}}}}}|,,|}}}.||||.....}}})},}}}))),))))))))),}...)))))).)).))))))))...))))))))},)))|,,,,,.}}},.(((((...))))).........(((((......))))).))))))))},)))...((((.((((((.(((((((((.(((.......))))))))).........((((...(((.((((((((((.{{..{{....,.},..))........(((.(((...{{{...{{{........))).,},...}))))))))))))))))))...))))..(((((((.{...((((,.,((((((..(((.(((.,..,,..(((((((........((((((((((.....))))))))))...{{.((((((((((((({..,((((((....)))))))))))))((,{{(({{{.,{,..,,,||||||||}...((((.{{|||,{{{|,,,,)))).....,{(((((((((((,,(((.....(({,{,({{{{{{((((((...,.{{,..((((((((,({........)}.)))),}))),{{{(((((((..((.((....)).))..)))))))...|}}}..,{{{|.(({...,|||,..,}))}}.....}})))))},.,,{((,.(((((.{{.,,((((((((((((((.(((,,....((((((....((((.,,{{{,.{{(((((((....))))))))),,.....{,,.{((((,(((((...{{.....}}.)))))})}...}},}.})).))))....)),,)))..,,,))})))))))),.}))))},,.,,}),)})}))}))..,|))).....)))))))..)))))))).,...,,((((({,,,{{,{||,,,,}.)}}}})))}))}...,}}||,,..,,,{,,.,...})))||||||}||||,}||},|,,,,,.({{{.......,{|{....(({{,.{{{.|||||,,,,,}})))))...)}))))....)))}.,....)})).)))))))}}.......{{.((((((({,(((((..((({.,(((,..,||}..}))).{,(((((,...{(..(((((((........))))))).)}..}}}|||((|(((,,||{,,{{{((((({(,.((((....))))..))}))))...,,,{|,{.,((({{{{(.(({.(((({{.,..,}}}|||..|||||||},}|,||)},,,,,.,||||(({{..((((...{(||((((....))))))).))))..))}}||||(((.....)))),}))))},)}}|(((((((((..(((((((((((....((((((..((.(....})).,.)))))).,((({.((,{{,...(((((..((((.((((((......{.((((((((..(((.....(((.....(((((......))))))))..)))..))))).))).}...(((((((((....)))....))))))..........((((.(((..(((((..(((((.....(((((.......(((((((.((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((.....)))))}(((((({...|)))))).,,)))}.}}......{((((..((((((...}))))),||||,..,,||...)),}...}}},,.,},..((((((...((.((........)).)).)))))).((((((((.{((.((((((((..{{,,(((((((..........))))))).(((((((.((.((((......,)))})).)))))))((((................))))...{((((....))))}....({(((({.{{{(({{..,,({........}}...,|||},|||.,||}}}}),..,,.||{...,....)))..,,},,}}},{{|......,)))))))...))))))))))}...............{((((.{{((({{,...,..,{{{{....(((((.(((....)))))))).|||||{{({{,,......(((((.(((((((((((.(({,.....((((((((....))))))))...,},,....(((((.........))))).................))),}))))))).)))))....,,,,..{(((.((((((((..({,({(((((((,{(((((({.{{,((({(((((({{,....(({{{....}}})}..,,{(({,,...,|||,..........(((((...(((((......,,))}))...)))))|{{{((((({({{{{(((((((.,((.,{,{((((...((((((((((.(((((......(((({.{{{....))}..})))),,.....},..,..,.))))))))))....)))))))))),..,)},))))))}...}}|}}.}},{(({{....,))))}...,|}...,)))))))}}.,}}}}..}},{,,||||}}|,{(|...{{{{{{{.....||{{{,.,,,,))))),,..)))))),,,,|||(((({(((((((((((,((,,..((((..{{{|||}...,,,..||||||.}|||,,|,}},..{|||.},,,,}))))))))))))))|{{{{(((...|||,|,{{{,,|{{|,||{.,{...||....((((.(((((.....}}.|||}}}}.(((((((((((((((..((...((((((((...((.((((((((((.((({.{((....)))))){{{{{....))))}((((((((..((((..(.....)..))))..)))))))).....)))))))))).))...))))))))(((..((((...))))..)))))..))))).)).)))))))).{((((((((,(((.(((((........))))).)||(,,,...|||((((((...))))),.....)))),,))))}}....{{{{{,..,..,}}}}....||||},,....}}}},..,,,}}},,})))),{{{......})}(((((........))))))))})))..)})}))))}}}}}|||}}}}}})),,,{(((..........))))||||,.,,}}}}|{(((({{|{....}))),.)))},.....}))))))||{(((((..,({{{{((({{{|.........,.,})}||}}}}))))))))},.....}))))))|)}..)),,)))))))).)))}||}}},.(((((.....))))),,}}}|(((....)))}{{{{....}))){{{,..,.||||....{{(,.,,)))..,,.,}}}},}.(((((((((((....)))))))))))((((((.((((((((({...}))))))))))))))).....,,,,,,..))))))))))..{(((((.{.......,,)))))))))))))}.((((.((((((...(((((({((.....,|),|,((((({{.{{,|.|.|||||||.{(((((((.........{{{{{..{||||,,},.....})))}.)))),}},,.|||,,||.((((((....((((.......)))).....))))))..}|,||}....((((((.(((((((.((((..{{{...}}}.)))).)))))))..)))))).}))))})))))))).....)))))).))))..)))))))).)))))))....(((((((((.,.{((({,..}))),|(((((((({.,(((.(((((((((.((((((.....(((((...........)))))..))))))))).......))))))))))))))))))}{((.((((....)))).))}....}.))))).....))))..,((((.((((......)))).)))),.))))))))).)))))))........)))))...{(((.{(({....((((((((((....,((((.((((((.((((.....)))))))))).)))).|{,.....,,{(((.((((((.(((((((((..,{((((({...|,||{{(((((((..{(({.................}}}}...}}}},..|||}||},...))))))},{{{{{((((,..{{{{{{,|||{.}}}))}}||{|||},...||||||{,(((((,..|}||||||||},.(((((....)))))....}}}....,,,,,...))))))))}.....(((((((...........,..,,{{{||,...,||||.......}}}}...))))))).))))))))).)))))})))}(((((......................)))))))))))))))....}}}}.)))}....)))))....)))))..)))..)))).,)))))).))))..)))))..))).)),,))}}))))))))))).))))))))).....||((({{({{{({.,,,||}|}}}}}}}.||((((..,,,}}||,,,.{(((((((.....)))},)))}.,||,..|||||},|||||,}},)))}},,|,{{(({{{{{..|{{{.{{||,,,,)))).)))}}}}})))}|,,,,....,,,......}}}}||||{||||,...}||||.....,)))),|||||||||..((.((((....)))))),}})}|||{,|{{,,,,,,)))),)))),..,,,})))).(((((((((((((.((((((((((.{.((((...))))...)...)))))))))).))))))))....))))))))))))))))))}}.,.)))))))..,},.))).)))..))))))))))).})).))))).....})})))))))))).(((((...((((.....)))))))))..((((((((......)))))))){{{{{.......}))}}..)))))))))))(((((.(((.(.((((((((......)))))))))))).)))))..,,,.,,..|,},.{|{|{{..{,,.,,{{{....}}},.}}},.},})}},)))))))))))))).)))),,.,),,...,.)))))))}.,......))).)))))))..)))).........((((.....))))...........(((....)))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014744.2 NCBI
UGACUGCAUCACCUGGUCUGUGAAUUUUCCAUUAGAAGCUUGGUGUGCU… 7869 nt 0.4445
Showing 21 to 21 of 21 entries
Summary

Enables AP-2 adaptor complex binding activity and retromer complex binding activity. Involved in several processes, including macroautophagy; positive regulation of receptor internalization; and retrograde transport, endosome to Golgi. Located in several cellular components, including Atg1/ULK1 kinase complex; autophagosome; and cytoplasmic vesicle membrane. Part of retromer complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in Wistar-albino rats demonstrated that the TBC1D5 gene, identified as part of the response to brain injury, was down-regulated at 12 hours post-mild traumatic brain injury and subsequently up-regulated at 48 hours [Colak et al. DOI:10.1016/j.injury.2012.01.021].