Basic Information

Symbol
TCEA1
RNA class
mRNA
Alias
Transcription Elongation Factor A1 TFIIS GTF2S TF2S SII Transcription Elongation Factor S-II Protein 1 Transcription Elongation Factor A Protein 1 Transcription Elongation Factor A (SII), 1 Transcription Elongation Factor TFIIS.O Transcription Factor IIS TCEA Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Location (GRCh38)
8:53966552-54022448
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Sudden death from CNS diseases
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006756.4
Sequence length
2777.0 nt
GC content
0.3932

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-746.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -801.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 770.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006756.4 NCBI
AGCCGGAAGCCACGCCUGCCCACUAGCCCGACGCCCGCCUGGCGGGAAC… 2777 nt 0.3932
NM_201437.3 NCBI
AGCCGGAAGCCACGCCUGCCCACUAGCCCGACGCCCGCCUGGCGGGAAC… 2714 nt 0.3924
Summary

Predicted to enable DNA binding activity; translation elongation factor activity; and zinc ion binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within erythrocyte differentiation and positive regulation of DNA-templated transcription. Located in nucleolus and nucleoplasm. Part of transcription factor TFIID complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human body fluids demonstrated that massively parallel sequencing can accurately analyze degraded RNA from minimal forensic samples, generating high-quality sequencing output and successful read alignment [Lin et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2015.03.005]. A study in humans demonstrated that the TCEA1 mRNA was up-regulated by 64% in pericontusional brain tissue from a patient with traumatic brain injury (TBI) [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].