Basic Information
Symbol
BCLAF1
RNA class
mRNA
Alias
BCL2 Associated Transcription Factor 1
BTF
BCLAF1 And THRAP3 Family Member 1
KIAA0164
Bcl-2-Associated Transcription Factor 1
BCL2-Associated Transcription Factor 1
BK211L9.1
Btf
Location (GRCh38)
6:136256627-136289851
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
Sudden cardiac death diagnosis
MANE select
Transcript ID
NM_014739.3
Sequence length
7494.0 nt
GC content
0.3647
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1843.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1999.74 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1947.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAUCGGAAGUGACGGAGACGUGCUAGCGCGUCGAAGGUAGCUCUAUGG… | 5972 nt | 0.3759 | |
| AGAUCGGAAGUGACGGAGACGUGCUAGCGCGUCGAAGGUAGCUCUAUGG… | 5847 nt | 0.3766 | |
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| AGAUCGGAAGUGACGGAGACGUGCUAGCGCGUCGAAGGUAGCUCUAUGG… | 5158 nt | 0.3728 | |
| AGAUCGGAAGUGACGGAGACGUGCUAGCGCGUCGAAGGUAGCUCUAUGG… | 7494 nt | 0.3647 |
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Summary
This gene encodes a transcriptional repressor that interacts with several members of the BCL2 family of proteins. Overexpression of this protein induces apoptosis, which can be suppressed by co-expression of BCL2 proteins. The protein localizes to dot-like structures throughout the nucleus, and redistributes to a zone near the nuclear envelope in cells undergoing apoptosis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in humans evaluating a targeted mRNA panel for forensic age estimation from blood identified the BCLAF1 as an age prediction candidate, but it was excluded from the final primer pool because its primer was not RNA-specific [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282]. In a separate human study on acute left ventricular ischemia, the BCLAF1 was identified as a predicted target of miR-339-5p, showing anticorrelated expression (Pearson r = -0.72) and functioning in transcriptional repression and apoptosis [Saddic et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00049.2015].