Basic Information

Symbol
TCF20
RNA class
mRNA
Alias
Transcription Factor 20 SPBP AR1 Stromelysin-1 Platelet-Derived Growth Factor-Responsive Element Binding Protein Stromelysin-1 PDGF-Responsive Element-Binding Protein SPRE-Binding Protein Nuclear Factor SPBP TCF-20 Transcription Factor 20 (AR1) Protein AR1 KIAA0292 DDVIBA
Location (GRCh38)
22:42160013-42343616
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378418.1
Sequence length
7624.0 nt
GC content
0.5186

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2668.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2805.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1894.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001378418.1 NCBI
GUUAUUUCCUGUGUGUUGGGAGAAUGGAGAGAAAAAACCCCGAGCCCAG… 7624 nt 0.5186
NM_005650.4 NCBI
CCUCCUCCCCCGCCUCGGCUCAGGAGUUGUUUUCCUCCCCCGUGGUCGC… 7410 nt 0.5089
NM_181492.3 NCBI
GUUAUUUCCUGUGUGUUGGGAGAAUGGAGAGAAAAAACCCCGAGCCCAG… 7496 nt 0.5164
Summary

This gene encodes a transcription factor that recognizes the platelet-derived growth factor-responsive element in the matrix metalloproteinase 3 promoter. The encoded protein is thought to be a transcriptional coactivator, enhancing the activity of transcription factors such as JUN and SP1. Mutations in this gene are associated with autism spectrum disorders. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2015]

Forensic Context

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