Basic Information

Symbol
TDRD1
RNA class
mRNA
Alias
Tudor Domain Containing 1 CT41.1 Cancer/Testis Antigen 41.1 Tudor Domain-Containing Protein 1 Testicular Tissue Protein Li 193
Location (GRCh38)
10:114179270-114232666
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001395205.1
Sequence length
8149.0 nt
GC content
0.3971

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2581.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2733.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2008.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((.....((((((.((..(......)..)).)))))).....((((......))))...((((.(((......)))))))....))))))....((((((((((((((((((.((..(((....((((((((((((((...(((((((((..((((.......(((((.....((((.((((....((.(((((((...................)))))))))..)))))))).....)))))................(((((((...)))))))(((((.....)))))...(((.....)))..)))).)))).)))))...)))))))......((((..(....)..)))).....((((((......(((((((((((((((((((((.((.(((..((((((((......((((((...........))))))..((((((((.(((....((((((...((((.........((((.....))))((.((((.....)))).))..((((..(((((((((..((((.(((...)))...((((..(((((((......(((((....))))).....)))))))..))))(((.......)))(((((........)))))((((((((((((........))).(((((((((((......))))))))))).((((((((..(((((((((..(((...((((.......))))......)))..)))))))))................((((((((((((.(((((.......(((((.....)))))(((((((...)))))))...........((((((.((((((..(((..(((.......((((...(((((((.((((...((((.(((((((((((..((((((....(((((((((((((.....((((((..(((...((((((..(((.............((((((....))))))...............)))...))))))..)))))))))((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((((............((((((...........))))))...........)))))((((((............))))))..((((....((((((.......(((((((......)).)))))..(((.(((.......((((((((((((((....((((.......)))))))))(((((((...(((.......))).....))))))).((((((((....))))))))........((((((((((...(((((((....)).)))))..(.((((((((...(((.......)))...)))))))).)((((((.(((((....)))))))))))((((...((....)).)))).((((.....))))....(((((((...)))).)))))))))))))....(((((((.((.......))))))))).(((((((((.(((((......(((((....))))).....))))).).(((((((.((((((((.((....)).))..)))))).))))))))))))))).....)))))))))))))))..((((((((......(((....))))))))))).....((((((..((......)).)))))).............))))))....))))..)))).)))).))).)..)))))))))))...)))).......)))))....)))))))))))))))))))(.((.(((((.((((....((((...((((((.((((.....(((((.(.((((((((.......((((.....))))...(((...((((.(((....))).))))...)))))).)))))))))))..)))).)))))).))))....)))).))))).)).)...(((((((.............(((((.......)))))..))))))))))....))))))))))))..(((((((((((.....(((....))).))))))))..)))...(((((((((.(.(((.....)))).))))))))).)))).)))))))......)))).....(......)...)))..)))..))))))))))))......))))).))))....))))))))..))))))))(((((....))))).......))))))))).....)))).....)))))))))..))))..)))).))))))((((((......))))))........((((((((....)))))))).((((....))))((((((((((.(((....)))......(((((((.((.(((((...))))).)).))))))).((((((.((((..(((...(((((((((((..((........)).....)))....))))))))..............(((((((((((..((.(((((...(((((..((.....))..)))))...........(((((((((...))))))...))).(((((.....((((((((.(((.(((........(((.((.....)))))........))).))))))))))))))))......(((((.(((.(((((((((((((((.(((....(((((((((((..((.(.....).)).))))......)))))))...........(((((((........)))))))((((.........((........)).........))))..(((((....)))))....(((((((((...))))))))).))).)))))).))))).))))...)))..)))))((((((.((.(((((((...((((((......(((((......))))).....))).........((((((((((..(((((.((....))(((((((((((((((.....((((((........))))))................(((.((((((((...(((............)))......)))))).))..)))((((.......))))..))))..)))))))))))(((((((.(((((.((((((((((((((((.((((((((((.((((((.....))))))..)))).......(((((((....)))).)))..............(((....)))((((((.(((....(((((((.(.(((....))).).)))))))....))).)))))).........((((((.......)))))).....(((.((......)))))((((((.(((((...)))))..)))))).......)))))))))))))...)))....)))))).))))).(((((((((...(((((....))))).))))....)))))(((((....((((........((((((...))))))..(((((.......)))))..))))..)))))))))))))))))....))))))))))......)))...)).))))))))))))).......((.(((((..(((........)))..))))).))....((((.......)))).))))).))...))).)))))))))))....)))).)))))).....(((..((((((((((.....((.((((.(((((((((........)))))....)))).))...)).)).....))).)))))))....))).....))))))))))..))).)))))))).(((((((((((((((((.((((((((.((.(((((.((((....))))....))))).)).))))..((((((.((((((((((((...((((((...(((((((((.....((((((((((((((((((..(((((.((((((.....((((.((((((((.......))))))))............((........)).....))))....)))))))))))..)))))))))((((.......((((.(((((((((..(.((((...((((.........(((((((((((......((((((...((((((.((((((((....(((((((((.((((.(((..(((.....)))..))).))))...((((((((.........))))))))..((.(((.(((((((((((..........((((..((((....(((.(((..(((((((((((((....)))))))....)))))).))).)))....)))).))))))))))))).))((((.(((.....((((((....)))))))))))))..))).))(((((((((((((((((...........))))))...(((.((((......)))))))..............((((((((((..((((((((..(.(((((...(((((((((((((((((((((....(((((((.((.((((((..(((((.((.(.((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((..(((((..((((((((.........(((((.(((......))).....)))))........(((((..(((((.((((.((((((.((.....))...)))))).))))..)))))((((((((((....(((((((...............(((((((....)))))))...(((((.((((((......((((((((...)))))))))))))).)).))).......)))))))........))))....)))))).......)))))..((((.(((......))).))))(((((((...((((((..((((.((((((((((.....((((((((((.....)))).)))..)))......)))))...))))).)))).......)))))))))))))........(((........))))))))))).)))))(((.(((((....))))).)))...........))))).)))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))))).).))).)))))))))))).).)).)))))..)))))).)).)))))))....)))))))))))))))))))))...))))).)..))))))))..))))))))))..........((((((((((.(((((((.(((((......((((......))))))))).))))))).............))))))))))......................(((((((((((....(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((.((.((((.(((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((..((((((...(((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((.((((...(((((((...)))))))..)))).((((..((...((((((((((((..(((((...((((.(((((((((((....)))...........(((((....)))))...((((((.....))))))....)))))))).))))...)))))..)))).))....)))))).))..)))).(((....)))))))).)))(((((((.......))))))).....(((((((.((((..(((((.......))))))))))))))))....((((((((((...........(((((..((((..(((.....)))..)))))))))..((((((((((...((((((((((...(((((((.((((...((((((((((......((((......).))).....((((((....))))))..))))))))))...)))).)))))))))).(((((((.(((.((((((((.(((..((.........))...)))..)))))))).)))((((((.......)))))))))))))...((((...((((((......))))))......))))........................)))))))..))))))))))))))))))))....))))))))).)))))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))..))))..)))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))..)))).))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)).))))))).)))).)).)))))).))))))).)))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))))...(((..((.(((((.((....)).))))).))..)))(((((((((.......))))))))).((((((..(((.(.(((..(((....)))..)))..).))).))))))))))))))))).........(((((((((((((((....(((((.......)))))...))...........)))))).)))))))..))))))))).....(((((((((((((((...)))))))(((((((((.((((((((.....)))).)))).......((......)).(((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).)))))))))...))))))))).....(((.((((((...)))))).))).((((......(((((.....))))))))).((((((((((.((...((((.((.............)))))).)).))))))))))...))))))))......))))))))...)))))))))))).....))))))))))).........))))..))))))))))))))))))))))((((((..(((...)))..))))))..................)))))))))......))))..)))))....)))))))))))).)))).........)).))))))((((((.((.(.....)))...)))))).................)))).)))))))))))..))).))).(((....)))))))))))))))).))))))..((((...))))((.((((..(((((.........(((((.((.........))))))).))))).)))).)).((((.....))))..(((((((((((((((((((((....(((((...((((.(((...((..(((((((((((...........(((..(......)..))).......................(((((((................(((((...(((((((((((..............((((........))))............))))))))))).)))))(((((((...(((((.((.......(((((.(((((.....))))).)))))....))))))).(((((((((...((((((((..((((..(((.(((.((((((......)))))).))))))..))))..))))).)))))))))))).................(((((((....))))))).((((.((((((((.(((.(((((((............((....))........(((.((((.(......).)))).)))...)))))))))).)))))))).))))...))))))))))))))..)))))))))))..)).....))).)))))))))...))))))))))))))))))))).))))))))......))))))).....))))))..))))))).((((((....))).)))................)))..)).))))))))........(((((.......)))))........)))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{.((((((.....((((((.((..(......)..)).)))))).....((((......))))...((((.(((......)))))))....)))))).,..((((((((((((({{{{,.||,.(((....,{|||{{(((((((...(((((((({..((({......,(((((.....((((.((({....((.(((((({...................}))))))))..}))))))).....)))}}....,,,......,}}}||(((({.{||}},..(((((.....)))))...{||}.}}}),),.}))).))))}})))}...))))))).,|.,.(((({{(,{{,|{,||||..,{{{((((({{{,..,{{{{{.((((((....((.{((..{{,,,.,(.(((...{((,{(((((........,..))))))))}.)))))))..})}.))....))))))...........,{{{.....}}}|(((.((((.{((((((.{,..{{({..(((((((((..((((,,,,...||{{{.,{{,..{|||||,.....,({(((.,,,|||||,....})),,||{{||||.,,,}}}}}}),,{((((,.......}}}}}||||}))|||{{........)}).(((((((((((......))))))))))).((((((((..(((((((((..(((...,,,,.......,,})......)))..)))))))))...........,,..,{(((((((((((.|((({.......{((((.....))))){{{{{,,...|||||||,,.{{{{{...,||,|||{|||||,,|||..{{|.......{(((...{{||{|{.{{((...(({{{(((((({{|{{..((((((....(((((((((((((...,.....,..{{.....,{,{{{,.,,,......,,.....((((((....)))))}....,{{{{...{((((,...})))),.})))}((({{,,,,|||||{(({(((((((..((((((((.(((((,,((,{,.....{{||||{(({,,{,....,,{|||||.|}},,......{|.|,((((((.(.......,..)))))).,|.||,...,,,{|,,.,,..|(((({((......}}|||}||.,{{|||{|,,....,||{,{|||{{||||,,,.{(((.,,....)))},||||((({{(({{.,,|}}}..}}).),,},,||||}}}.((((((((....)))))))).,,,,,..,{,,{|||||....|||||}}}}}}|,||}}|||||{{{{{||||,|{|{|{{..,{|{{{{..{|{{{||,.((((((.(({{{....}}))})))))){|{{...{{...,)).)))}.,{{{....,))),....,,,.||}}})),.))))))},,}||||}....{{(((((.((....,,.}})))))||.(((((((({.(((((....,.(((((....))))),....))))).}.(((((((.(((((({{.((....}}.,}..)))))).))))))))))))))).,|.,||||,,||||||,|...(((((((({.....,{{....}}))))))))).,,|.{{{|||,.|{......)),)})))),,},,,}})},,.,))))),..}))}},))))).)))).))).)..))))))},))}...}}|||......,})))..,,)))))))))))))))))))|}|{,(((((.((((.,,.((((...({{(((.((({.,,..{((((.(.(((({{{(,..,,,.((((.....))))...(((.,.((((.(((....))).)))).,.)))))}.}))))}))))),,)))}.)))})}.))))....)))}.))))},}}.,...{((((((.,...........,{{{{.......))}))}.)))))))|||....})))))})))))}.||||{{{{{{{..,..{{(....}||,||||||||..|||...(((((((((.(.(((,...,)))).))))))))).}}}}.||||}}}.,....})))|.,||||||.......,})..))),.)))))))))}}},.....})))}.)))}...|)))))))}.,)))))))){((((....)))}|{{{....,))))}}))}}|||}}}}.....)))))))))...,}|,|||{{,,,.,|{{{,,{({{..,.}|,},,,,...,},((((((((....)))))))),((({....||||((((....({{((({...},,..,...(((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))))))),,,,))}))}},,.))))}..}.))))))}.)))))))}((((((((((.{((((.(((((.((((((....(((..((((..((......))...))))...)))|.,{(|...,}}},..........{{{((((((...))))))...}||.(((((.,,,.{(((((({,(((.(((.,......(((,{{.....}))))......,.))).)))))))))))))))).,,...(((((.(((.(((((((((((((((.(((....((((((((((({.((.......,.,,.})),,,,,.,)))))))...........(((((((........)))))))((((.......,,(,.............,,,...)))}..(((((....)))))....(((((((((...))))))))).))).))))))}}}))),})))...)))..)))))((.((((((((((,.(({{((.((({{..{{.,{{,,..((((((.,.{(((((..,,({((.({{{{{((((((.{(((..{(({{,.|,(((((((((((((((.....((((((........))))))..............,,((,.,{((((((...(((............)))......)))))).,}}}}||((((.......)))}.}},.)))))))))))))){|((((({(((((.((((((((((((((((.((((((.{(({{{{,{||,...,||||,..},,,{,....,{(({{{|..}})))),))}......,.......(((....)))((((((.(((....(((((((.(.(((....))).).)))))))....))).))))))..,,,{.,.({{{({....,..,}}},....,,,,|,}}}))}...}}},((((((.(((((...)))))..}))))).......)))))))))))))...))}....)))))).))))),,}|||||{,..,(((((....})))}.,|||.|}}})),,}}}}.}}}}},,,.((((({{.,{{({(((((({....(((((.......))))).{{.{{....((((((((((.{,{((((((((...((.(((({{{((((........(((..{{{.,,.{{.{{((.{({{..,{{(,{{......,},,)))}..)),...,,,|}}}....))..,)).)))........)))))))))).)).))))))))),..(((((((.,,.{((((,{{.(((({{{..,,,,..)))}})))}})),..)))))))...(({{...{{{{{{.,.....((((((........))))))...{{..,,}),,,....||||{,...{((,...((.(((((((((((..((((.((.(((((,((((....))))..,.))))).)).)))).....(((,.{({{(((((((...((((((...(((((((((..,.,((((((((((((((((((..{{{((,({((((,{{{{(((,.((((((((.......)))))))).......,..}}||,...,,,,))},,.,||||....}}}}}})))))..))))))|{((((,....,..((({{(((((((({..(.((((...{(((..,,...,.(((((((((((......((((((...((((((.((((((((....(((((((((,{{,(,((({,(((,{,..|},..}}}.,,,|{{,({((((((.........)))))))),,,,.{{{.(((((((((((..........((((..((((....(((.(((..(((((((((((({....})))))}...,)))))).))).)))....)))).))))))))))))).)){{{,,((((....((((({....}))))),}},,))})))).|,(((((((((((((((((...........))))))...(((.((((......}))))))..............((((((((((..((((((((..(.(((((...(((((((((((((((((((((....(((((((.((.((((((..(((((.((.(.((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((,{{{{..{{{{{..{(((((,(,,,,,,,,.{{{((.({(......}}}....,||}|}.......,{{{({.((((((.((((.((((((.((.....))...)))))).))))..)))))}..||||.,..{{((((,,..,}))}}.........{((((((....})))))}.,||||||,{{{,,,...,,,,{((((({...,)))))}|||||||{||{|,,,,{{{{{|{,||.}|||,,..{((({....}))}}.....,},}))))},,.((((.((((((........)))))))))).{{{{{({{(((,.,,,,.|||||}},,,,((((((.....}}}))),,.....}}},,,,,..,}},.,,}}}))}))))}}}},,..,||||,..,.,,.,.,,...{{{........)))})}}}))).)}},,{||.{{{{{....})))}.})},,,}},}}}},}))))})))))))).))))))))))))))))))))))))))).))))))).}.))).)))))))))))).).)).)))))..)))))).)).)))))))....)))))))))))))))))))))...))))).)..))))))))..))))))))))..........{{{{{(((({.{{{({{.{((((,..{{{{((((....,,|}}}|||}}|}|||,,,.,.,}}.,,.,},}}))))}}||,,.....,}},.......,,,.((((((((((({(({(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((.((.((((.(((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.((((..((((({..,(((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((.,{{,...,((((((...})))))|{{|||,.{,,,..{,.,.,((((({{{{,({.,...(((...)))....|,||{||.}}))))).....,....{((((....})))},,,|(({{{.....}))))),}||{{{....}||||({,,..,....,}},.....}})}.,}}}}}..},}},(((....)))})))).))){{{((((,,,....))))))),....(((((((.((((..(((((.......))))))))))))))))....(((((((((({,,,,.{,...{{(((..((((,.(((...,,|||,.}}}}|}||}|,{{{{{||||{...{{|{{{{(((...(((((((.((((...((((((((((......{{,,.....,}.}},.....((((((....))))))..))))))))))...)))).)))))))}}}.((((((({(((.((((((((.(((..((.........,),,.)))..)))))))).))),{((((.......}})))))))))))...((,,...((((((......))))))......|||}.({,,{,{{{......}}},..,}))})))),.}}))})))))))))))))))....))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))..)))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))....)))))))))))))))))..)))).))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)).))))))).)))).)).)))))).))))))).)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))}.,))))))))))))))))))))))))).,}|.,,,|},{{|||.{{,,,,)}.)))))..,..},{(((((((((.......)))))))))}((((((..(((.{.(((..(({....}))..)))..,.))).))))))))))))))))),,.,,.,}.|||{|||}||,|,,|,...{(((({,,,,,,||}}},|{{,,..,,,|}}...,,))},)}})))),,))))))))).....(((((((((((((((...))))))}(((((((((.((((((((.....}}}}.)))).......((......)).(((((((((.{{.(((((((((...))))))))).}}.)))))))))...))))))))}.....(((,((({{,,,|})}}}|.,|}.{{{{.||,,.,,|||,...,))))))}}}.((((((((((.((...((({.{{..........,..}}}))).)).))))))))))..,))))))))......))))))))...)))))))))))).....))))))))))).,.,..}}.))))..))))))))))))))))))}}|}((((((..(({...)))..))))))....,..,,)))),)))})))))))))...,,.))))..)))))....)))))))))))),))})))).....}))))))))).}},|||}|,...}))}),...,,.|||{(((((........))))))},)))))),,))))..)))))))))),,.||||||||}||}}}.,,,}}))})))),||,....|{{|{||}},,,,.,))))))),,.{{{{{.{|,,,..,,}}})))))))))}}|.}}}))))}{((({...,})))..................,}}}}....}),)))),..)))))),.))))))....,,,..)},.}}}))}))))).,.)))))))))).))...)))))).))))).)))))....))))))))))......,,,||||||...|,|||||||||.,,,,,,,,...,,}||||||.....,)))},,,,,,,}},}}}}}|,|||||||||||({,{{{|...{((({,((.......(((((.(((((.....))))).))))).,..))))))).(((((((((.,,((((((({..({{{..{{{,|||,||||{(......||||}}.||,}}}.,)})},,)))}}.)}}))))))))),{{{{{{{{{{{{{{{.(((((((.,..,,,},},.((({.((((((((.(((.(((((((............((....)).......,(((.((((.{......,.)))).})),,.}))))))))).)))))))).,)}}.,,|}}}},,...{{{{{.......))))),,,.,..,}}|||||,.....||,|,}}}}})}.}))))))))))))}},,,,|||{{{{{||||||,{,,,||||}}|..,||.|{{.((((((....))).))).,,,..,}|}}}},..))),.))}))))}}})}}}}}.,,|||||.,,.,,,)))}),,},,,..)))))))))).........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001385372.1 NCBI
GCACUGGGGAUUGGAGGCGAGGGAAGUGCAGGGCGCAUCCCAGGCGGCA… 4539 nt 0.4047
NM_001395205.1 NCBI
AGUCGCCAUCACCGCCAGACCGCAGAGACAGGUUCGGAUCCGCGGUCCU… 8149 nt 0.3971
NM_198795.2 NCBI
GCACUGGGGAUUGGAGGCGAGGGAAGUGCAGGGCGCAUCCCAGGCGGCA… 4855 nt 0.3988
Showing 11 to 13 of 13 entries
Summary

This gene encodes a protein containing a tudor domain that is thought to function in the suppression of transposable elements during spermatogenesis. The related protein in mouse forms a complex with piRNAs and Piwi proteins to promote methylation and silencing of target sequences. This gene was observed to be upregulated by ETS transcription factor ERG in prostate tumors. [provided by RefSeq, Sep 2018]

Forensic Context

A study in humans identified the TDRD1 as a potential biomarker for sepsis diagnosis, where it was found to be lowly expressed in the sepsis group based on RNA sequencing data and its mRNA expression pattern was consistent with its corresponding protein according to nine-quadrant analysis [Wang et al. DOI:10.2147/IDR.S380137].