Basic Information

Symbol
TET1
RNA class
mRNA
Alias
Tet Methylcytosine Dioxygenase 1 LCX Leukemia-Associated Protein With A CXXC Domain BA119F7.1 KIAA1676 CXXC6 Ten-Eleven Translocation 1 Gene Protein Methylcytosine Dioxygenase TET1 CXXC-Type Zinc Finger Protein 6 CXXC Zinc Finger 6 Tet Oncogene 1 Ten-Eleven Translocation 1 Ten-Eleven Translocation-1 CXXC Finger 6 EC 1.14.11.80 EC 1.14.11.N2
Location (GRCh38)
10:68560310-68694586
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_030625.3
Sequence length
9612.0 nt
GC content
0.4207

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2545.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2735.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2546.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001406376.1 NCBI
AUCCUUUGUCUAGGAAGGGCUAGGCUGAGAAGAUCACUUUGGAGUUGCU… 5158 nt 0.3971
NM_030625.3 NCBI
ACUCCCUGAGGUCUGUCCUGGGGAGACACUGCUGCUCCGGGGGGCUGAC… 9612 nt 0.4207
Showing 11 to 12 of 12 entries
Summary

DNA methylation is an epigenetic mechanism that is important for controlling gene expression. The protein encoded by this gene is a demethylase that belongs to the TET (ten-eleven translocation) family. Members of the TET protein family play a role in the DNA methylation process and gene activation. [provided by RefSeq, Sep 2015] CIViC Summary for TET1 Gene

Forensic Context

A study in mice and postmortem human brain demonstrated that chronic cocaine exposure decreases the TET1 in the nucleus accumbens, and its downregulation potentiates behavioral responses to cocaine [Nestler DOI:10.1016/J.Neuropharm.2013.04.004].