Basic Information

Symbol
BDNF
RNA class
mRNA
Alias
Brain Derived Neurotrophic Factor Neurotrophic Factor BDNF Precursor Form Neurotrophin Abrineurin ProBDNF Brain-Derived Neurotrophic Factor ANON2 BULN2
Location (GRCh38)
11:27654893-27722058
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001709.5
Sequence length
3985.0 nt
GC content
0.4324

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1172.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1250.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1014.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143805.1 NCBI
AAUAUCAAGUAUCACUUAAUUAGAGAUUUUUAAGCCUUUUCCUCCUGCU… 3827 nt 0.4095
NM_001143806.1 NCBI
AAUAUCAAGUAUCACUUAAUUAGAGAUUUUUAAGCCUUUUCCUCCUGCU… 4042 nt 0.4171
NM_001143807.2 NCBI
AGCUGCCGAGACCGCGCUCCGCUCCCCAGCCGGGCCGGAUGCCUCACUG… 3749 nt 0.4116
NM_001143808.2 NCBI
GUAAACCAAUAGCCCCCAUGCUCUGUGCGAUUUCAUUGUGUGCUCGCGU… 3766 nt 0.4089
NM_001143809.2 NCBI
GUAAACCAAUAGCCCCCAUGCUCUGUGCGAUUUCAUUGUGUGCUCGCGU… 3776 nt 0.4097
NM_001143810.2 NCBI
GUAAACCAAUAGCCCCCAUGCUCUGUGCGAUUUCAUUGUGUGCUCGCGU… 4059 nt 0.4112
NM_001143811.2 NCBI
GUAAACCAAUAGCCCCCAUGCUCUGUGCGAUUUCAUUGUGUGCUCGCGU… 4176 nt 0.4097
NM_001143812.2 NCBI
AGAGUUGAAAGCUAGGGGAGCGAGACCUCGGGGCGUGCGAUUCUCACUC… 3918 nt 0.4247
NM_001143813.2 NCBI
GCAGCCUGGAGCUCCGGGUCCCCGACGCUGCCGCCGCCGCGCCCGGGCG… 3967 nt 0.4316
NM_001143814.2 NCBI
GCAGCCUGGAGCUCCGGGUCCCCGACGCUGCCGCCGCCGCGCCCGGGCG… 4092 nt 0.4308
Showing 1 to 10 of 17 entries
Summary

This gene encodes a member of the nerve growth factor family of proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature protein. Binding of this protein to its cognate receptor promotes neuronal survival in the adult brain. Expression of this gene is reduced in Alzheimer's, Parkinson's, and Huntington's disease patients. This gene may play a role in the regulation of the stress response and in the biology of mood disorders. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in rats and mice demonstrated that the BDNF mRNA and protein levels increased after experimental traumatic brain injury, with elevated protein primarily localized to microglia in the hippocampus, suggesting a neuroprotective role [Dash et al. DOI:10.23/B:NERE.0000023614.30084.eb]. A study in humans demonstrated that the expression of six long noncoding RNAs in peripheral blood mononuclear cells was significantly down-regulated in patients with major depressive disorder compared to healthy controls, with expression levels being markedly lower in patients exhibiting suicidal ideation or a past suicide attempt [Cui et al. DOI:10.1002/brb3.711].