Basic Information

Symbol
TGFBR3
RNA class
mRNA
Alias
Transforming Growth Factor Beta Receptor 3 Betaglycan Transforming Growth Factor Beta Receptor III BGCAN Transforming Growth Factor Beta Receptor Type 3 TGF-Beta Receptor Type III TGF-Beta Receptor Type 3 Betaglycan Proteoglycan TGFR-3 Transforming Growth Factor, Beta Receptor III
Location (GRCh38)
1:91680343-91906335
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003243.5
Sequence length
6339.0 nt
GC content
0.4307

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1866.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1981.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1587.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195683.2 NCBI
AAUCGAGGGUUUCGGGGACGCCGAGCGGCACUUUCCUCUUCCCAGCGAG… 6336 nt 0.4306
NM_001195684.1 NCBI
UCUUUAAGAUUUGUAGCUACUAAGAAAGAAAGGAGCUUUUUUUCCUUGG… 6308 nt 0.4199
NM_003243.5 NCBI
AAUCGAGGGUUUCGGGGACGCCGAGCGGCACUUUCCUCUUCCCAGCGAG… 6339 nt 0.4307
Summary

This locus encodes the transforming growth factor (TGF)-beta type III receptor. The encoded receptor is a membrane proteoglycan that often functions as a co-receptor with other TGF-beta receptor superfamily members. Ectodomain shedding produces soluble TGFBR3, which may inhibit TGFB signaling. Decreased expression of this receptor has been observed in various cancers. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified for this gene.[provided by RefSeq, Sep 2010] CIViC Summary for TGFBR3 Gene

Forensic Context

A study in mice and rats demonstrated that the TGFBR3 is a target of miR-223-3p and miR-147-5p, with its expression being negatively correlated with miR-223-3p in myocardial infarction models [Tuerxun et al. DOI:10.1007/s12013-024-01528-x]. In human sepsis patients, the TGFBR3 was identified as a core prognostic gene, with its expression significantly down-regulated in peripheral blood and associated with positive 28-day survival, and it is part of a constructed ceRNA regulatory network involving specific miRNAs and lncRNAs [Zhang et al. DOI:10.1186/s12920-023-01460-8]. In a rat model of polytrauma, local mRNA expression of the TGFBR3 was significantly downregulated at the fracture site at 10 days post-trauma compared to osteotomy alone [Mangum et al. DOI:10.1186/s13018-019-1082-4].