Basic Information

Symbol
TJP2
RNA class
mRNA
Alias
Tight Junction Protein 2 X104 ZO2 Friedreich Ataxia Region Gene X104 (Tight Junction Protein ZO-2) Zonula Occludens Protein 2 Zona Occludens 2 DFNA51 ZO-2 Deafness, Autosomal Dominant 51 Tight Junction Protein ZO-2 Zona Occludens Protein 2 C9DUPq21.11 DUP9q21.11 FHCA1 PFIC4
Location (GRCh38)
9:69121264-69274615
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden unexpected death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004817.4
Sequence length
4503.0 nt
GC content
0.5150

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1569.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1644.40 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1154.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001170414.2 NCBI
CACCCUCUCCGCCUUUCCCGACACCCCAAAGUAGCGCUGCGAGCAGCUG… 4129 nt 0.5149
NM_001170415.1 NCBI
AUAUGGAUGUGUCACUGUGUGAGAUGACAACAGGAUUUGCUGGAAAUGU… 4459 nt 0.5066
NM_001170416.2 NCBI
AGAGACCAUGAAGACUGCUCAAGCCCUACAUAGGAUGUGGAUCCAGGCU… 4503 nt 0.5090
NM_001369870.1 NCBI
ACAAUAAUAUACGGGAGCAGCCGCGGAGGCCGCUGGCGCCCUCCCAUUC… 4685 nt 0.5234
NM_001369871.1 NCBI
CUUUUGAAAUGCAGGAUCUCAGGCCCCACCCAGAUCUGCUGAAUCAGGA… 4681 nt 0.5125
NM_001369872.1 NCBI
AGAGCACUGUCCGGUGGUGCCCAGGAGGAGUAGGAGCAGGAGCAGAAGC… 4388 nt 0.5134
NM_001369873.1 NCBI
AGAGCACUGUCCGGUGGUGCCCAGGAGGAGUAGGAGCAGGAGCAGAAGC… 4175 nt 0.5087
NM_001369874.1 NCBI
AGAGACCAUGAAGACUGCUCAAGCCCUACAUAGGAUGUGGAUCCAGGCU… 3981 nt 0.5082
NM_001369875.1 NCBI
AGAGACCAUGAAGACUGCUCAAGCCCUACAUAGGAUGUGGAUCCAGGCU… 4422 nt 0.5088
NM_004817.4 NCBI
AGAGCACUGUCCGGUGGUGCCCAGGAGGAGUAGGAGCAGGAGCAGAAGC… 4503 nt 0.5150
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a zonula occluden that is a member of the membrane-associated guanylate kinase homolog family. The encoded protein functions as a component of the tight junction barrier in epithelial and endothelial cells and is necessary for proper assembly of tight junctions. Mutations in this gene have been identified in patients with hypercholanemia, and genomic duplication of a 270 kb region including this gene causes autosomal dominant deafness-51. Alternatively spliced transcripts encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2011]

Forensic Context

A systematic review of postmortem human brain studies found that the TJP2 mRNA, a tight junction protein, exhibited decreased transcription in the anterior cingulate cortex of individuals who died by suicide compared to controls [Yamamoto et al. DOI:10.3390/Ijms25115750].