Basic Information

Symbol
TLN1
RNA class
mRNA
Alias
Talin 1 ILWEQ TLN Talin-1 KIAA1027
Location (GRCh38)
9:35696948-35732195
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006289.4
Sequence length
8623.0 nt
GC content
0.5735

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3446.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3587.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2113.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...((((((((..((((.((((((((((((..((((((((.((((((...(.((.((....)))).)...))))(((((..((((((((((((((.(((.....))).((((((.......((((...))))..........))))))((((((((.(((.(((((((((...))))...))))).)))(((..((((......))))..)))....))))))))......))))))))((.(((....)))))))..))).)..)))))..)).))))))))..)))).....)))))))).))))((((((.((((......))))....((((((..(((((......(((((((........).))))))..(((((......(((..((((((.....(((......)))....(((((..(((.....((((((((((....((((((((((.((......(((..((((.(((.....)))))))..)))(((((......))))))))).)))))))).....)))).))))))...)))..))))).......((((((((......(((((((((.....(((...((((.....(((.((......(((((((((..........(((.....))).....((.((.(((((((...((((((((..((((((((..(((..(..(((((((((((((.(((.......))).)).))))((((((((((((((...((((..(((.((((....((.((....((((((((((.(......).)).))))))))..)).))..)))).)))....((((......((((......)))).((((((........(((((.......)))))........)))))).......)))).(((((.((....))))))).))))...)))))))))))).))...(((((.......((....((((((........))))))..)).(((((...)))))(((((((.....(((((((((((((((((((....((((((((.(((((((((....)))...)))).)).((((((........))))))..........((((.((...((((.((((((((....))))))))........(((((.(((((....(((.((((...(((..(((.....)))..).)).....))))))).))))).))))).))))...))))))...))))))))..)))))))))).(((..(((...)))..)))..(((((.......))))).(((((((((...((((((((.......))))...........(((((.................)))))......((((..(((((((((.....))))....(((((.((((((..((................)))))))).)))))...........(((((((((.(((((.(((((((((((.((((((((.(((((((.((.((((((((((.((((((((((..(((((.(.(.(((((((........))))))).).).)))))..))).))))))).))...(((((........)))))......(((((..((((((.(((((((((.........)))))..)).))))).))).))))).(((((....)))))..............((((((..(((.((((((..(((.((((((..(((.((((((.......((((((((...(((.....))).))))).))).......)))))).(((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((....)))))))...))))))))).))))))))))))))...(((((((.((((((((......)).))))))((((((.(((((...(((((..((((((((...........))))))))...((((((.(((.(((((..((((((..((..((.(((((((((((......))))))((.((((((...........)))))).))))))).))..))))))))..))))).)))...(((((((.(((((((((.(((((((((((.(....(((((..(((...)))...))))).......).)))).....))))))).))).(((((((((...((((((..(((((((.........(((((......)))))..((((.(((..((((.(((........))).)))).))))))).(((..(((((.(((((...(((((........)))))(((.(((...(((..(((((((.....((((((((((.((.(((.....))))).))))..))))))......))).))))..)))))).))).((.((((.((((((...)))))).)))).))...)))))))))))))..)))))))..)))))))))))))))......(((((((......((((.(((..(((((........)))))..))).)))))))))))))))))........(((....))).(((((((((...((((((((((...........)))....)))))))....)).))))))).....)))))))....((((....))))...))))))((((....))))....(((((((.(((.(.((((..(((..(((((((((((..(((.((........)))))((((((..((((((.(((...(((((.((((((...((((((..((((((((.(((......(((((.((.((..(((((.((((.(((((((((.((((.(((.(.(((((((..(((...))).))))))).).)))..)))).))........((((((((((((.((((.((.(((((((.....))))))))).)))).............))))))).).)))).))))))).)).((((...(((((..(((((.((.(((((((((((.((.(.(((((((((((((((((.(.......).))))))))(((((.(((((((..(((..((...))....)))))).))))..))))).(((((((((((.((((((((.......((((((((.((((...((((.((....(((((((((((..(((((.(((.......))).))).)).(((....))).))))))))((((((((((((.((...)).)))))...))))))).....))).....)).))))...)))))))))))).((((((.((((.....(((((((((.(((......))).)))))))))...)))).)))))).........))))))))...)))..))))))))..........((((((.(.((.........)).).)))))).((((((((((..(.(((.(((.((((.........))))...)))..)))..)..))))))))))(((..........))).....))))))))).).))..)))))..)))))).))...)))))..)))))....)))).)).))))).)).))))))).((((((..((((((((((((((...((((.(..((.(((((.(((((((..(((((((.((((..(((......)))...)))).))))))).((((((((.((((((((((((((((((((((...(((.(((((..(((((((.((((((((..((.((((..(((..((((((.....)).)))))))..))))....(((((...)))))(((((.....)))))((((((.((......)).))))))..))..))).))))).)))).......)))...))))).)))....)))))))))))))(((..(((((............)))))...))))))))))))..)))))..)))((((((((((((((..((((....((..((...(((((.((((............))))))))).)).))))))))))).))))))))).((((((.((((((((((....))))))...)))).((((((..(((.....((.((((((((((((((....((......))..((..(((((((......((.....((...((((((.((..((((.(((........))).))))..)).))))))..)).....)).....)))))))..)))))))))))))))).))....(((...))))))..))))))))))))(((..(((...)))..))).))))))).))))).)).).)))).)))...((((((((((....((((.(((.(((((.....(((.(((((((((((((((.((((((((((.......((......))((((((...)).))))))))))))))........((((...))))...))))))))))......((((((.....))))))......((((((.....))))))(((.(((((..(((....)))...))))).))).)))))))))))))..)))))))..))))))))))..))))))))).))..))..))))..((((((......)))))).))).)))))))))))))))))))).))))).....((((((((((((((((((..((((.(((.((((.........................)))).))).)))))))))))))..))...))))))).......)))))))))))))))....(((((..(((((((((((((.((((((((((((((.(.....(((....(((...))))))....).)))))).)))))))).).....)))).)))))))))).))).......)))))))))))))))))).).))))))))))..((((((((((((((....((((((...((..((((((.((......)).))))))..))...))).))).....).)))))).))))))))))))..))))))))))).....(((.((((((((....)))))))))))...((((((((((..((((........(((.......))).....((.(.((((((..(((((((((((((((((........))))).)))....)))))))))..))).))).).))((((((.(.(((((((.((..((((((((((((.((...(((((((..(((....)))..)))).)))........(((((((((((.(((.(((((.....)))))..(((((....((((((((((((..((((....)))).(((.(((((((((...))))))))).))).))))))..))).))))))))...))))))))))))))..(((((((.((.((...(((((((.((.((((.((((.((((.((.((((((.......(((((...((((((((((((((........)))))..))).(((((((((....))...((..((((((..(..(((((....)))))..).))))))))...(((((.((.(((((.....)).)))....((.(((((......((((((....))))))))))).))(((((..((((......))))))))).)).))))))))))))..((((((((((..(((.....)))...)).)))))))).....((((........)))))))))).)))))((((((...(((.((.(.((((....((((((.((((.......(((((((...)).))))).....)))).)))))).)))).).)).)))))))))))))))))..))))))))...)))).))))))))).((........)).((((((...)).))))......((((((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((..((.((((((..((((((((((...(((((((((.((((......((.((.(((...))).))))(((((.(((......))))))))...((.((((((((....(((((((((..........)))).))))).......)))))))).)).))))..)))))))))))))....(((((.........)).))).)))))).)))((.((((....)))).)).......((((.((((.(((((((.((((((((((((.(((((((..((((..((((((((((......)))))(.(((.....))).)(((..((((((((...((((.(((...)))))))..)))).))))..)))....))))).))))..)))))))..(((((.(((((((.(((((((..((.((....)).)).)))))))(((....)))...(((.(((..((.((..((.........))..)).)).))).)))......))))))).)))))....)))).)))).)))).))).)))))))).))))......)))...))..)))))))))..))).)))..(((((......))))).)))))))).....((((((......))).)))(((((((((.(((..................((((((..(((((((((((((((((.(((((........((((..(((...(((((.((.((..((((..........))))....((((((((((.((....)).))))))).)))....(((((((.(((((.....(((((((.((((.....((((.((((..((((....(((....)))...(((((((.(((...(((..(((((((......))))....)))..)))..)))))))))).))))..))))))))..)))).)))))))..)))))((((((((...((.((.(((((....((.....))...)))..)).))))...)))))))))))))))(((((..((((.((((((((.(((.((.(((..(((.((..((((.....))))..)).)))..)))..((((....)))))))))...).)))))))))))..))))))))).))))).(((((((((........))))))))).....((((.....))))...((((((((.....)))..)).)))....)))..))))..))))).))))))))......)))))))))..)))..))).(((((((((((....)))))...))))))....((((((((..(....((((((.......(((((((....))).))))........)))))).)..)))))))).))))))))))))....((((.....))))(((((((....))))))).....(((((.((((((((...(((.((((.....(((.......)))..((((......))))..))))...)))....)))))))))))))))))))))).))).)))))...(((((....))))).)).)).))))))).......))...)))))))))))).))))))))).).))))))((((...))))......(((((.......))))).((((....)).)).))))..))))))))))))))))).......(((((((((((....))))..)))))))(((.............)))((((.......)))).)))...))))))))).......)))))).)))..))))))..((((.........)))).))))))))..)).)))).)))....(((((...))))).......))))....))))))))).))))))...))))).............((((((.(((((((...((((........(((((((......)))).)))........))))....)))))))..)))))).((((........))))....))))).))))......)))))..))))..(((...)))..))))))))...))))).((((......))))..(.((((..........)))).).)))))))))..))))))).((((....)))))))))))))))))..)))..))))))))))))....))))...))))))))).)).))))))))).......(((((((((.((((.((((.......((((((...........)))))).....(((((.(((...........(((((..(((((...((((.((((((((...((((((.........)))))).))))..))))))))...)))))...))))).........))).))))).)))).)....))).).)))))))))).)))))))...))))))))))))))))))))((((.....(((((...........))))).....)))).(((....)))...))))))..))).....)))))..)))))..)).)))).........))))))..(((((((......)))))))....(((..((((.(((((((..((((((...))))))...)))))))..))))..))).......))).))))).)))......((((.((((....)))).))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.((((((((((((.((((.((({...{(((..((((((((.{(((.((.((({..((({{..(((,{,.(((({{((((({((,(((,{({,{(,.(((.....))).{||{{|,,.,,|...|||.,|||},.........)))))|((((((((.({{,(((({((({...}))),..)))}}.}}}(((..((((......))))..)))},,.))))))))}..,,.)))))))))).})..))),}..)),.,))).}.))).)).))).))))))))..))))))).)))).))))))))...,.{{{((((......)))).}}}.,)))}.}})(((.(((((((((((((......{((((({...{({,,.,.,},))||}}|.,{({.....,,{,,,.{(((({..{((((...,,|}}}}(((((((((.,{{,{({{(((({((,((((,,,.{(,.,(((,.{||}}...|||{||,...,,(((((......))))),,....)))))),,....{||||{((({...,}))|})))}}.......((((((((......(((((((((,....{((...(({,...{((((.((......(((((((((,((,......(((,...,))).....,..{{.(((((((...((((((((..((((((((..(((..(,.((((((((,{(((.{((......,|||,||.|||}((((((((((((((...((((..(((.{(((,{..{(.((,,..((((((((((.{......,.)}.))))))))..}).)},.}))).)))...{((((.|,.{,((((......)))).||{{||.|},|,..(((((.......)))))...,..,,}))}},,......}}}}.(((((.({....))))))).})))...)))))))))))).))..,|{|||,.}},..{{....((((((.,....,.))))))..)).(((({...}))))(((((((...,.(((((((((((((((((((....((((((((.(((((((((,...}}}...)))).)).((((((........))))))..........((({,((...((((.((((((((....))))))))........(((((.(((((....(((.((((...{((..(((.....)))..}.}),,...))))))).))))).))))),))))...))))))...))))))))..)))))))))).{((..(({...}))..)}}..(((((.......))))).(((({((((...((((,((,....,|,||}}....,,.....(((((.................)))))..,,,.((((..((((({{{(,.{{.||,,....(((((.((((((..,({.,.........}.},,})))))).)))))...........(((((((((.(((((.(((((((((((.((((((((.(((((((.((.((((((((((.((((((((((..(((((.{.(.(((((((........))))))).).).)))))..))).))))))).))...(((((........)))))......(((((..((((((.(((((((((.........)))))..)).))))).))).))))).(((((....)))))..,,,,,.,,,.,(((((((..(((.((((((..(((.((((((..(((,((((((.......((((((((...(({.....}}}.))))).)))...,,..)))))}.(((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((....)))))))...))))))))).)))))))))))))),..(((((((.((((((((......)}.))))))((((((.(((((...(((((..((((((((,{,,.,,|.,,}}||||||.{{{|{{{{{(((|((,((||({|||...((((.(((((,,((((((......)))))).))))).))))...{{{{..,.}||},|,,,,.|,,,.,|.{(((((,,((((((.{......(((((.((....(((.(((((((((((.{....(((((..(((...)))...))))).,,...,}.)))).....))))))).))}.(((((((((...((((((..(((((((.,{((,{..(((((......)))))..|{||,|{{..((((.(((........))).)))).}}}))}}.(((,,({(((.(((((.{{(((((........)))}}(((.(((...(((..(((((((.....((((((((((.((.(((.....))))).))))..})))))......))).))))..)))))).))).{(.((((.((((((...)))))).)))).})}}}))))))))))))),,)))))))..))))))))))))))).....}}.)))))....}.))))))))))))}{|},...}}},.))).}))))))))}}|)|}}}}))}}.,..{{{{{{(||,..{{.(((((((((...(((((((,((...........,}}..,.)))))))...})),}})))))|,..,||||.}}..,,}))))...}}},,..,||,}}|||}}}..}}},....(((((((.(((.(,((((,.(((..(((((((((((..((,,((........)))))((((((..((((((.(((...(((((.((((((...((((((..((((((((.(((,,,...(((((.((.((..(((((.(({(.(((((((,(.((((.(((.(.(((((((..(((...))).))))))).).)))..)))).))........((((((((((((.((((.((.(((((((.....))))))))).)))).............))))))).},)))).))))))).)).{(((,..(((((..(((((.{(,(((((((((((.((.(.(((((((((((((((((.{.......},))))))))(((((.{(((,((..,{|,.||,..))}},,||||}}.}}}},,)}))}.(((((((((((.((((((((..{{...((((((((.((((...((((.{(.{,,(((((((((((..((({{.{{{,,,....}}}.}}}.}}.(((....))).))))))))((((((((((((.,{...}}.)))}}.,,))))))).....})}..),,)).))))...)))))))))))).{(((((.((((.....(((((((((.(((.....,))).)))))))))...)))).)))))).........))))))))...)))..))))))))....,,....((((((.{.((.........)).}.)))))).((((((((((.,{.{{{.,((.{((,{{...||,.||}|,,{|}}.})))}.),,)))))))))){{,,{,....,,,))).,,,.))))))))).).))..)))))}.}))))).))...)))))..)))))....)))).)).))))).)).))))))).,{((({..{((((((((({(((...((((.{,.((.(((((.(((((((..(((((((.((((..((,......),}...)))).))))))).((((((((.((((((((((((((((((((((...(((.(((((..(((((((.((((((((..({.((((..,({|.((((((.....))}})))}}}..))))....(((((...)))))(((((.....)))))((((((.((......)).))))))..})..))).))))).)))}.......)))...))))).)))....))))))))))))){(({.{{{((.,..,.......})))).},)}})))))))))..)))))..)))((((((((((((((..((((....{,..{{...({((({({((.....,,..),,))))))}}}.}}.,,))))))))),})))))))).((((((.((((((((((....))))))...)))).((((((..((({...{((.((((((((((((((....{(,,,,{,,...|}.,|,((((({{{..........{.{.((((((....)))))).|,))))))},.,||,.|||..,..,,,)))..}}.....}|{{...,,)))))}.,.)))))))))))))){||....|||..,))))))..))))))))))))(((..(((...)))..))).))))))).))))).)).).)))).)))..{((((((((((....((({,{((.(((((...,{((({(,,,,(((((,,(({.((((((((((.{{,.{,,{..,...||...,}}}.,,..,))}))))))))))....,,..||||}..,)))}}})}||||||||{{.,,.((((((.....))))))....,.{(((((.,,,.},)))}|||.(((((..(((....)))...)))))})))}))))))},))))).,)}}))))..))))))))}}}}))))))))))}),.}}.,)))}..((((((......)))))).))).)))))))))))))))))))).))))).....((((((((({(((((({,,{((((.(((.((((.........................)))).))).))))))))))))}..))...))))))).......)))))))))))))))....(((((..(((((((((((({.((((((((((((((.(.....(((....({{...))})))....}.)))))).)))))))).}.....)))),}))))))))).))).......)))))))))))))))))).),))))))))))..(((((((((((((.,.((((((((...((..((((((.((......)).))))))..))...))).)},.,})}}.)))))))}}))))))))))..))))))))))).....(((.((((((((....)))))))))))...((((((((((..((((........(((.......)))....,(,.{.((({(({.(((((((((((((((({........))))}|))),...}))))))))..})),))).,.))((((((.(.(((((((.((..((((((((((((.,,,,,{{{{|||..{(({,,.|||{{||||,|||,,,,.,..(((((((((((,{((,(((((.....))))).,||(((.||,{({(({((((((,,((((....)))).{{{.(((((((((...))))))))).})).))))))..})},))}|}|||...,))))|)}}}|})|||((((({{.{(.{(,,,((((((({((.((((.((((.((((.((.((((((.......(((((...((((((((((((((.,......)))))..))).(((((((((,...}}...((..((((((..(..(((((....)))))..).))))))))...,,.{{,||.{{{((,,.,,||.}}}.....{.{{|||}.,,,.((((((....))))))}}|||,,|{(((({,.(((......)))))))))}})})})),}))))))..((((((((((..(((.....)))...)),,))))))).....((((........)))))))))).))))}((((((...(((.((.(.((((....((((((.((((.......(((((((...)).))))),....)))).)))))).)))).}.)).)))))))))))))))))..))))))))...)))).))))))))).|,........,,.({{{((...|}.}}))......,{|||{{{||||{{((((,.|(({|{{{|||||,{||||.|,,,}|||||}}}}},||.||)||)|}...||||{||{{.,.,.....,|||||||{{.}}))}}}),,{|||{|||||||||,||((((|({{,((,((((((((,,{,(((((((({.....,,{{.}}}}|||}||,......))))))}|,||,(((((.(((,{(,.,,,|,}||,,|}}}}(((((((((.({.((((....}))),{.((({....)))){||,..,...((((.((((.(((((((.(((((((((({{.(((((((..((((..((((((((((......)))))(.(((.....))).)(((..((((((((...((((.(({...))))))),.)))).))))..)))....))))).))))..)))))))..(((((.(((((((.{((((((..((.((....)).)).))))))}{{{....,}}...(((.(((..({.((..(({......}})}..)).)).))).)))......))))))).)))))....}))).)))).)))).))).)))))))).))))..,.,}}}}}}.)))))))))..{{,,{,,.,,,|||||((,..,.,,{{,,.,|||}|||....,((((((......))).)))|(((,((((.((,....{(((((.((...((((....))))...)}.}))))),}}}))),)}}...{{||,,|,..,,{{{{{,,|..},,|{{.,,,},,.......)))))...||.|||||.,.||}}.|)}.||}}||||||}|},,((((({{.{||||,....{{{{{{(.((((,{...{(((.((({..((((....(((....)))...(((((((.(((,..(((..(((((((......))))....)))..)))..)))))))))).))))..}))))))},|)))),))}))))..))))){(((((((...{{.((.((({{.....,||,...},..,}}.}}).})})...)))))))))}))))){{{{{..{(({.((((((({,{({.{{.(((..(((.((..((((.....))))..)).)))..)))..((((....))))},))),},,.}))))))}))),.|}}))||||||||||.(((((((((........))))))))).....,{({.,.,,}))}...|||(|(((|,...,,|{{||{,}|....}..||||||....}})}))}}}}}},.}}.,,.{(((({{,,,,,.,||||||{{|{{{{||,,..))))}...||||||{{.(((((((((.{.{{,.,,,((({({{...,,,.,,|,},.)))})|||{|.....,,,})))},..,{||||||{|{|,,.,)))),,....,,)))))))}|.(((((((....)))))))....})),|,)},))))||}.}))|})))|},,..|||,..))),})),}|||..}},.,}}}}..||}}|..}|}||,,})}}})}}},,,))))))))))}}))}|))}}...|||{{.,,,)))))})).)).))))))}.......,....)))))))))))).))))))))).).))))))((({...)))),.....(((((.{....}))))).||||....,}.)).))))..))))))))))))))))).......(((((({{({{||..,))),.))))))){{{,,.,.....,...}})|(((.......)))}.)))...))))))))).......)))))).)))..)))))).}|{,|,..,,}}}.}}}},))))))))..)).)))).)))....(((((...))))).......))))....))))))))).))))))...))))).............((((((.(((((((...((((........(((((((......))))},))........))))....)))))))..)))})).((((........))))....))))),,)))...,},)))))..))))..{||...}}}..)))))))).,}))}}|,((((..,,,.||||...}|||.,,....,.}}),}},..))))))))).,))))))).((((....)))),))))))))))))..)))..)))))))))))}...,))))...)))))))))})).)))))))))..,....(((((((({.{((({((((.......{((({{{{{{{{{,...||||||,....((((({,,,.........}}||||{..{{{,,...((((.((({,(((,..((((((.........)))))).}))}})})))))))...,)))))),,))))})},..,},|||,}},.,.)))).}....))).).)))))))))).)))))))...))))))))))))))))))))((((.....(((({..,.....,..))))).....)))),|{||.,}}}},.}}}}}})..))}}},.}}},|.||}}|||,.,..{||..{{{...))),,))}.,|{|((((|,,...)))))))...)))))))))..(((((((..((((({...))))))...)))))))))))))..,|},......)))))))){(({......,}}}..,,,,....)))))))).)}}.......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_006289.4 NCBI
GUUCCCAGGACGGAAGUGGCCGAGAGAGUGUCGAAGGGAGGGCGAGGCC… 8623 nt 0.5735
Summary

This gene encodes a cytoskeletal protein that is concentrated in areas of cell-substratum and cell-cell contacts. The encoded protein plays a significant role in the assembly of actin filaments and in spreading and migration of various cell types, including fibroblasts and osteoclasts. It codistributes with integrins in the cell surface membrane in order to assist in the attachment of adherent cells to extracellular matrices and of lymphocytes to other cells. The N-terminus of this protein contains elements for localization to cell-extracellular matrix junctions. The C-terminus contains binding sites for proteins such as beta-1-integrin, actin, and vinculin. [provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

A study in humans identified Talin-1 (TLN1) as part of a six-protein panel with predictive value for sudden cardiac death risk in patients with hypertrophic cardiomyopathy, demonstrating high diagnostic accuracy when analyzed using ultraperformance liquid chromatography-tandem mass spectrometry [Cătinas & Hostiuc DOI:10.3390/ijms26146818].