Basic Information

Symbol
TLR4
RNA class
mRNA
Alias
Toll Like Receptor 4 HToll Toll-Like Receptor 4 ARMD10 CD284 TLR-4 Toll Like Receptor 4 Protein Homolog Of Drosophila Toll CD284 Antigen TOLL
Location (GRCh38)
9:117704175-117724735
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138554.5
Sequence length
12677.0 nt
GC content
0.3914

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3421.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3673.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3190.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003266.4 NCBI
AGACGGUGAUAGCGAGCCACGCAUUCACAGGGCCACUGCUGCUCACAGA… 12797 nt 0.3927
NM_138554.5 NCBI
AGACGGUGAUAGCGAGCCACGCAUUCACAGGGCCACUGCUGCUCACAGA… 12677 nt 0.3914
NM_138557.3 NCBI
AGACGGUGAUAGCGAGCCACGCAUUCACAGGGCCACUGCUGCUCACAGA… 12510 nt 0.3906
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the Toll-like receptor (TLR) family which plays a fundamental role in pathogen recognition and activation of innate immunity. TLRs are highly conserved from Drosophila to humans and share structural and functional similarities. They recognize pathogen-associated molecular patterns that are expressed on infectious agents, and mediate the production of cytokines necessary for the development of effective immunity. The various TLRs exhibit different patterns of expression. In silico studies have found a particularly strong binding of surface TLR4 with the spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of Coronavirus disease-2019 (COVID-19). This receptor has also been implicated in signal transduction events induced by lipopolysaccharide (LPS) found in most gram-negative bacteria. Mutations in this gene have been associated with differences in LPS responsiveness, and with susceptibility to age-related macular degeneration. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in human burn patients demonstrated that the TLR4 mRNA transcript was significantly upregulated in whole blood during the first 8 hours post-injury, with greater magnitude observed in patients with more severe injury and worse clinical outcomes, associating it with immune dysregulation and endotheliopathy [Burook Misganaw et al. DOI:10.1093/jbcr/iraf012].