Basic Information
Symbol
TMEM56-RWDD3
RNA class
mRNA
Alias
TLCD4-RWDD3 Readthrough
TMEM56-RWDD3 Readthrough
TMEM56-RWDD3
TMEM56-RWDD3 Protein
Location (GRCh38)
1:95117923-95247225
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_001199691.1
Sequence length
1520.0 nt
GC content
0.4118
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-426.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-454.48 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
326.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((.........)))......((((.((.((....)))).)))).(((.....)))))))))...))).(((((((((...((((((..((((........((((.((.((.((((....)))).)).))))))((((((....((((((((((..((.(((((.............))))).))....((..(((((((.((.((((..((((((((.....((...((((((((((((((...........((((.....(((....)))...))))((((((......((((((((.....)))).)))).))))))...(((((..((((((((..(((((..((.(((((((...((.((((...(((((((((.(((((.......((((((...((((((.(((..((((.(((....((((........)))).....(((.((((..(((((((((((((((........((((.((((....)))).))))))))))..))))..............((((((....))))))((((((((((.((((.((..............))))))...)))))))..))).......)))))...)))))))...))).))))...))).))))))......((((((.(((...((((....((((...(((.........)))..))))....)))).)))))))))...((((.(((((..((.((......)))))).))).)))).((((((..............)))))).(((.((.((((((.(((.((((((....))))))(((((((((.((((.((.(((((((((((((((...(((..((((((......))))))...))).)))).))).))).))))).)).)))).)).)).)))))(((((((((.....((((((((...))))).)))...)))))))))(((((....)))))..))).)))))).)).))).((((...)))).))))))))))))))))))))....)))).))...))))))).)).)))))..)))))))))))))(((((.((((.......)))).)))))(((.......)))......))))))))).)))))..))....)))))))))))))).)))))))..))..((((((((.......)))))))).((((((..((((..((..(((((.((.............)).)))))..))..)))).....)))))).......))))))))))....))))))...........((((.(((((...(((((((((((................)).)))))))))))))))))).(((((....)))))....................))))..)))))).))))))..)))...........(((((((((((.((((((((....)))))))))))).))))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((.,,||}(({.,({.({{({,,,,({{((((,{(.((,...}|||.|||}.,{{,.{{,||,}|||||..,,||||}||}|{{{|..}}}}},))))}),.,}}}..||||,||}||},|||{{..||||{||.}}||||{(((((....((((((((((,,,{{(({((,,,.....,....}}}}}.,.....{(..(((((((.((.((((,.{(((((((.....,{...(((({(((((((((.,{,.......((((.....{((....))}...)))){{{{{{.((((((..(((({.....}|}},||||{||}||}..{(((((..((((((((..(((((,.((.(((((((,,.{{.((((...(((((((((,,,,,..{{{{.(((((({,,{(|{{,,.{{|}}||,|}|||}}}}||{{..,{,...))}|.,,,,(((,((((,.(((((,,,,{{{(({.,,{,,,.((((.((((....)))).))))))))}}..)))),.............{(((((....))))}|((((((((((.((((.((..............))))))...)))))))..)))}......)))))...})}}})|,,{,|(((.....((((({{|.||......((((((.(((...((((....((((...(((.........)))..))))....)))).)))))))))...((((.(((((..{.{((......)))})).))).)))).},}}))))}.....)))),}}}}}}}.||{.||,((((((.(((.((((((....)))))){((((((((.((({.((.(((((((((((((((..,((,{.((((((......)))))).,,))}.)))).))).))).))))).)).}))).))},).))))}(((((((((.....((((((((...))))).)))...)))))))))(((((....)))))..))).)))))).}},|||.{{{{...}})),}}))))})))})))))))))....)))).}},,.))))))).)).)))))..))))))))))))))||{|,||||,.,,...)))),))},)|||,,.....}})......))))))))).}))))..}}....)))))))))))))).)))))))..)}.,((((((((.......)))))))).|{{{{({.((((..((..(((((.((.............)).)))))..))..)))).|,.,}}))}),,.....))))))))))....)))))}......,,,..((((.(((({...((((((((({{................}},}))))))))))))))))).{((({....})))}..{{{....(((..,,.(((((....))))).,})))....))).,,,)}.})).{((((((((((.((((((((....)))))))))))).))))))}.............................
Summary
This locus represents naturally occurring read-through transcription between the neighboring TMEM56 (transmembrane protein 56) and RWDD3 (RWD domain containing 3) genes on chromosome 1. The read-through transcript encodes a protein that shares sequence identity with the upstream gene product, but it contains a distinct C-terminus due to frameshifts versus the downstream gene coding sequence. [provided by RefSeq, Dec 2010]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.